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タイトルStructural insight into an Arl1-ArfGEF complex involved in Golgi recruitment of a GRIP-domain golgin.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 1942, Year 2024
掲載日2024年3月2日
著者H Diessel Duan / Bhawik K Jain / Hua Li / Todd R Graham / Huilin Li /
PubMed 要旨Arl1 is an Arf-like (Arl) GTP-binding protein that interacts with the guanine nucleotide exchange factor Gea2 to recruit the golgin Imh1 to the Golgi. The Arl1-Gea2 complex also binds and activates ...Arl1 is an Arf-like (Arl) GTP-binding protein that interacts with the guanine nucleotide exchange factor Gea2 to recruit the golgin Imh1 to the Golgi. The Arl1-Gea2 complex also binds and activates the phosphatidylserine flippase Drs2 and these functions may be related, although the underlying molecular mechanism is unclear. Here we report high-resolution cryo-EM structures of the full-length Gea2 and the Arl1-Gea2 complex. Gea2 is a large protein with 1459 residues and is composed of six domains (DCB, HUS, SEC7, HDS1-3). We show that Gea2 assembles a stable dimer via an extensive interface involving hydrophobic and electrostatic interactions in the DCB and HUS region. Contrary to the previous report on a Gea2 homolog in which Arl1 binds to the dimerization surface of the DCB domain, implying a disrupted dimer upon Arl1 binding, we find that Arl1 binds to the outside surface of the Gea2 DCB domain, leaving the Gea2 dimer intact. The interaction between Arl1 and Gea2 involves the classic FWY aromatic residue triad as well as two Arl1-specific residues. We show that key mutations that disrupt the Arl1-Gea2 interaction abrogate Imh1 Golgi association. This work clarifies the Arl1-Gea2 interaction and improves our understanding of molecular events in the membrane trafficking.
リンクNat Commun / PubMed:38431634 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.3 - 4.2 Å
構造データ

EMDB-28743, PDB-8ezj:
Cryo-EM structure of the S. cerevisiae Arf-like protein Arl1 bound to the Arf guanine nucleotide exchange factor Gea2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-28744: Cryo-EM consensus map of the S. cerevisiae Arf-like protein Arl1 bound to the Arf guanine nucleotide exchange factor Gea2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-28746: Cryo-EM local map covering Gea2 protomer B HDS domains of the S. cerevisiae Arf-like protein Arl1 bound to the Arf guanine nucleotide exchange factor Gea2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-28747: Cryo-EM local map covering Gea2 protomer A HDS domains of the S. cerevisiae Arf-like protein Arl1 bound to the Arf guanine nucleotide exchange factor Gea2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-28748, PDB-8ezq:
Cryo-EM structure of the S. cerevisiae guanine nucleotide exchange factor Gea2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-28749: Cryo-EM consensus map of the S. cerevisiae guanine nucleotide exchange factor Gea2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-28750: Cryo-EM local map covering Gea2 protomer B HDS domains of the S. cerevisiae guanine nucleotide exchange factor Gea2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-28751: Cryo-EM local map covering Gea2 protomer A HDS domains of the S. cerevisiae guanine nucleotide exchange factor Gea2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

化合物

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードLIPID TRANSPORT / small GTPase / guanine nucleotide exchange factor / membrane trafficking / lipid flippase / trans-Golgi network / protein transport

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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