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タイトルStructure of the multi-subunit chloroplast RNA polymerase.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 84, Issue 5, Page 910-925.e5, Year 2024
掲載日2024年3月7日
著者Paula F V do Prado / Frederik M Ahrens / Monique Liebers / Noah Ditz / Hans-Peter Braun / Thomas Pfannschmidt / Hauke S Hillen /
PubMed 要旨Chloroplasts contain a dedicated genome that encodes subunits of the photosynthesis machinery. Transcription of photosynthesis genes is predominantly carried out by a plastid-encoded RNA polymerase ...Chloroplasts contain a dedicated genome that encodes subunits of the photosynthesis machinery. Transcription of photosynthesis genes is predominantly carried out by a plastid-encoded RNA polymerase (PEP), a nearly 1 MDa complex composed of core subunits with homology to eubacterial RNA polymerases (RNAPs) and at least 12 additional chloroplast-specific PEP-associated proteins (PAPs). However, the architecture of this complex and the functions of the PAPs remain unknown. Here, we report the cryo-EM structure of a 19-subunit PEP complex from Sinapis alba (white mustard). The structure reveals that the PEP core resembles prokaryotic and nuclear RNAPs but contains chloroplast-specific features that mediate interactions with the PAPs. The PAPs are unrelated to known transcription factors and arrange around the core in a unique fashion. Their structures suggest potential functions during transcription in the chemical environment of chloroplasts. These results reveal structural insights into chloroplast transcription and provide a framework for understanding photosynthesis gene expression.
リンクMol Cell / PubMed:38428434
手法EM (単粒子)
解像度2.83 - 3.52 Å
構造データ

EMDB-18496, PDB-8qma:
Structure of the plastid-encoded RNA polymerase complex (PEP) from Sinapis alba
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-18499: Structure of the plastid-encoded RNA polymerase complex (PEP) from Sinapis alba - Map A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.43 Å

EMDB-18500: Structure of the plastid-encoded RNA polymerase complex (PEP) from Sinapis alba - Map B.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.95 Å

EMDB-18501: Structure of the plastid-encoded RNA polymerase complex (PEP) from Sinapis alba - Map C
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.52 Å

EMDB-18502: Structure of the plastid-encoded RNA polymerase complex (PEP) from Sinapis alba - Map D
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.34 Å

EMDB-18503: Structure of the plastid-encoded RNA polymerase complex (PEP) from Sinapis alba.- Map E
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.89 Å

EMDB-18504: Structure of the plastid-encoded RNA polymerase complex (PEP) from Sinapis alba - Map F
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.83 Å

化合物

ChemComp-FE:
Unknown entry

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-SAM:
S-ADENOSYLMETHIONINE

由来
  • sinapis alba (シロガラシ)
キーワードTRANSCRIPTION / Chloroplasts / Gene Expression / RNA / Polymerase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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