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タイトルFlexibility and Distributive Synthesis Regulate RNA Priming and Handoff in Human DNA Polymerase α-Primase.
ジャーナル・号・ページJ Mol Biol, Vol. 435, Issue 24, Page 168330, Year 2023
掲載日2023年12月15日
著者John J Cordoba / Elwood A Mullins / Lauren E Salay / Brandt F Eichman / Walter J Chazin /
PubMed 要旨DNA replication in eukaryotes relies on the synthesis of a ∼30-nucleotide RNA/DNA primer strand through the dual action of the heterotetrameric polymerase α-primase (pol-prim) enzyme. Synthesis of ...DNA replication in eukaryotes relies on the synthesis of a ∼30-nucleotide RNA/DNA primer strand through the dual action of the heterotetrameric polymerase α-primase (pol-prim) enzyme. Synthesis of the 7-10-nucleotide RNA primer is regulated by the C-terminal domain of the primase regulatory subunit (PRIM2C) and is followed by intramolecular handoff of the primer to pol α for extension by ∼20 nucleotides of DNA. Here, we provide evidence that RNA primer synthesis is governed by a combination of the high affinity and flexible linkage of the PRIM2C domain and the surprisingly low affinity of the primase catalytic domain (PRIM1) for substrate. Using a combination of small angle X-ray scattering and electron microscopy, we found significant variability in the organization of PRIM2C and PRIM1 in the absence and presence of substrate, and that the population of structures with both PRIM2C and PRIM1 in a configuration aligned for synthesis is low. Crosslinking was used to visualize the orientation of PRIM2C and PRIM1 when engaged by substrate as observed by electron microscopy. Microscale thermophoresis was used to measure substrate affinities for a series of pol-prim constructs, which showed that the PRIM1 catalytic domain does not bind the template or emergent RNA-primed templates with appreciable affinity. Together, these findings support a model of RNA primer synthesis in which generation of the nascent RNA strand and handoff of the RNA-primed template from primase to polymerase α is mediated by the high degree of inter-domain flexibility of pol-prim, the ready dissociation of PRIM1 from its substrate, and the much higher affinity of the POLA1cat domain of polymerase α for full-length RNA-primed templates.
リンクJ Mol Biol / PubMed:37884206 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度7.41 - 15.38 Å
構造データ

EMDB-42033: RNA priming complex of Human Polymerase-Alpha-Primase (Conformation 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 11.88 Å

EMDB-42034: RNA priming complex of Human polymerase alpha-primase (Conformation 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.38 Å

EMDB-42035: RNA priming complex of Human Polymerase alpha-primase (Conformation 3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.41 Å

EMDB-42036: Human Polymerase alpha-Primase, polymerase alpha catalytic domain deletion mutant (Conformation 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 14.51 Å

EMDB-42037: Human Polymerase alpha-Primase, polymerase alpha catalytic domain deletion mutant (Conformation 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.96 Å

由来
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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