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タイトルStructure of a diatom photosystem II supercomplex containing a member of Lhcx family and dimeric FCPII.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 9, Issue 43, Page eadi8446, Year 2023
掲載日2023年10月27日
著者Yue Feng / Zhenhua Li / Xiaoyi Li / Lili Shen / Xueyang Liu / Cuicui Zhou / Jinyang Zhang / Min Sang / Guangye Han / Wenqiang Yang / Tingyun Kuang / Wenda Wang / Jian-Ren Shen /
PubMed 要旨Diatoms rely on fucoxanthin chlorophyll -binding proteins (FCPs) for their great success in oceans, which have a great diversity in their pigment, protein compositions, and subunit organizations. We ...Diatoms rely on fucoxanthin chlorophyll -binding proteins (FCPs) for their great success in oceans, which have a great diversity in their pigment, protein compositions, and subunit organizations. We report a unique structure of photosystem II (PSII)-FCPII supercomplex from at 2.68-Å resolution by cryo-electron microscopy. FCPIIs within this PSII-FCPII supercomplex exist in dimers and monomers, and a homodimer and a heterodimer were found to bind to a PSII core. The FCPII homodimer is formed by Lhcf7 and associates with PSII through an Lhcx family antenna Lhcx6_1, whereas the heterodimer is formed by Lhcf6 and Lhcf11 and connects to the core together with an Lhcf5 monomer through Lhca2 monomer. An extended pigment network consisting of diatoxanthins, diadinoxanthins, fucoxanthins, and chlorophylls is revealed, which functions in efficient light harvesting, energy transfer, and dissipation. These results provide a structural basis for revealing the energy transfer and dissipation mechanisms and also for the structural diversity of FCP antennas in diatoms.
リンクSci Adv / PubMed:37878698 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.68 - 3.19 Å
構造データ

35766

8iwh

EMDB-35766, PDB-8iwh:
Structure and characteristics of a photosystem II supercomplex containing monomeric LHCX and dimeric FCPII antennae from the diatom Thalassiosira pseudonana
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.68 Å

35899

8j0d

EMDB-35899, PDB-8j0d:
FCP heterodimer, Lhca2, and Lhcf5 together as the M1 side binds to the PSII core in the diatom Thalassiosira pseudonana
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.19 Å

化合物

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

ChemComp-OEX:
CA-MN4-O5 CLUSTER

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン / pH緩衝剤*YM

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

ChemComp-FE2:
Unknown entry

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

ChemComp-LMU:
DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

ChemComp-KC1:
Chlorophyll c1

ChemComp-A86:
(3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'-

ChemComp-DD6:
(3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol

ChemComp-KC2:
Chlorophyll c2

ChemComp-ET4:
(1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15-octaen-17-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol / ジアトキサンチン

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

由来
  • thalassiosira pseudonana (珪藻)
キーワードPHOTOSYNTHESIS / PSII supercomplex / LHCX / FCP / heterodimer

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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