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タイトルStructures of Tetrahymena thermophila respiratory megacomplexes on the tubular mitochondrial cristae.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 2542, Year 2023
掲載日2023年5月29日
著者Fangzhu Han / Yiqi Hu / Mengchen Wu / Zhaoxiang He / Hongtao Tian / Long Zhou /
PubMed 要旨Tetrahymena thermophila, a classic ciliate model organism, has been shown to possess tubular mitochondrial cristae and highly divergent electron transport chain involving four transmembrane protein ...Tetrahymena thermophila, a classic ciliate model organism, has been shown to possess tubular mitochondrial cristae and highly divergent electron transport chain involving four transmembrane protein complexes (I-IV). Here we report cryo-EM structures of its ~8 MDa megacomplex IV+ (I + III+ II), as well as a ~ 10.6 MDa megacomplex (IV + I + III+ II) at lower resolution. In megacomplex IV+ (I + III+ II), each CIV protomer associates one copy of supercomplex I + III and one copy of CII, forming a half ring-shaped architecture that adapts to the membrane curvature of mitochondrial cristae. Megacomplex (IV+ I + III+ II) defines the relative position between neighbouring half rings and maintains the proximity between CIV and CIII cytochrome c binding sites. Our findings expand the current understanding of divergence in eukaryotic electron transport chain organization and how it is related to mitochondrial morphology.
リンクNat Commun / PubMed:37248254 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 6.77 Å
構造データ

34373

8gym

EMDB-34373, PDB-8gym:
Cryo-EM structure of Tetrahymena thermophila respiratory mega-complex MC IV2+(I+III2+II)2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.96 Å

EMDB-34380: Cryo-EM map of Tetrahymena thermophila respiratory complex I peripheral arm
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.96 Å

EMDB-34381: Cryo-EM map of Tetrahymena thermophila respiratory complex I membrane arm distal portion
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.83 Å

EMDB-34382: Cryo-EM map of Tetrahymena thermophila respiratory complex I membrane arm proximal portion
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-34383: Cryo-EM map of Tetrahymena thermophila respiratory complex IV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.89 Å

EMDB-34384: Cryo-EM map of Tetrahymena thermophila respiratory complex III
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.86 Å

EMDB-34385: Cryo-EM map of Tetrahymena thermophila respiratory complex II
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.22 Å

EMDB-34386: Cryo-EM map of Tetrahymena thermophila respiratory complex I membrane arm distal portion, digitonin sample
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.92 Å

34403

8gzu

EMDB-34403, PDB-8gzu:
Cryo-EM structure of Tetrahymena thermophila respiratory Megacomplex MC (IV2+I+III2+II)2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.18 Å

EMDB-34404: Cryo-EM structure of Tetrahymena thermophila respiratory super-complex SC IV2+I+III2+II
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.18 Å

EMDB-34405: Cryo-EM structure of Tetrahymena thermophila respiratory super-complex SC IV2+I+III2+II, copy2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.77 Å

EMDB-36375: Cryo-EM map of Tetrahymena thermophila megacomplex IV2+(I+III2+II)2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.96 Å

化合物

ChemComp-HEC:
HEME C / Heme C

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM / ホスファチジルコリン

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM / Cardiolipin

ChemComp-HEA:
HEME-A / Heme A

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION / 銅

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM / ホスファチジルエタノールアミン

ChemComp-P5S:
O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / O-(1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)セリン / ホスファチジルセリン

ChemComp-PX2:
1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / FAD*YM / フラビンアデニンジヌクレオチド

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

ChemComp-F3S:
FE3-S4 CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

ChemComp-U10:
UBIQUINONE-10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略) / ユビキノン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Heme B

ChemComp-NDP:
NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸

ChemComp-ZMP:
S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate

ChemComp-T7X:
Phosphatidylinositol / ホスファチジルイノシトール

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN / フラビンモノヌクレオチド

由来
  • tetrahymena thermophila sb210 (真核生物)
  • Tetrahymena thermophila (真核生物)
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / Electron transport chain (電子伝達系) / supercomplex / membrane protein (膜タンパク質) / Tetrahymena thermophila

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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