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タイトルThe structural basis of the pH-homeostasis mediated by the Cl/HCO exchanger, AE2.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 1812, Year 2023
掲載日2023年3月31日
著者Qing Zhang / Liyan Jian / Deqiang Yao / Bing Rao / Ying Xia / Kexin Hu / Shaobai Li / Yafeng Shen / Mi Cao / An Qin / Jie Zhao / Yu Cao /
PubMed 要旨The cell maintains its intracellular pH in a narrow physiological range and disrupting the pH-homeostasis could cause dysfunctional metabolic states. Anion exchanger 2 (AE2) works at high cellular pH ...The cell maintains its intracellular pH in a narrow physiological range and disrupting the pH-homeostasis could cause dysfunctional metabolic states. Anion exchanger 2 (AE2) works at high cellular pH to catalyze the exchange between the intracellular HCO and extracellular Cl, thereby maintaining the pH-homeostasis. Here, we determine the cryo-EM structures of human AE2 in five major operating states and one transitional hybrid state. Among those states, the AE2 shows the inward-facing, outward-facing, and intermediate conformations, as well as the substrate-binding pockets at two sides of the cell membrane. Furthermore, critical structural features were identified showing an interlock mechanism for interactions among the cytoplasmic N-terminal domain and the transmembrane domain and the self-inhibitory effect of the C-terminal loop. The structural and cell-based functional assay collectively demonstrate the dynamic process of the anion exchange across membranes and provide the structural basis for the pH-sensitive pH-rebalancing activity of AE2.
リンクNat Commun / PubMed:37002221 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.89 - 3.32 Å
構造データ

34287

8gv8

EMDB-34287, PDB-8gv8:
The cryo-EM structure of hAE2 with DIDS
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.08 Å

34288

8gv9

EMDB-34288, PDB-8gv9:
The cryo-EM structure of hAE2 with chloride ion
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.06 Å

34289

8gva

EMDB-34289, PDB-8gva:
The intermediate structure of hAE2 in basic pH
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.25 Å

34290

8gvc

EMDB-34290, PDB-8gvc:
The cryo-EM structure of hAE2 with bicarbonate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.89 Å

34291

8gve

EMDB-34291, PDB-8gve:
The asymmetry structure of hAE2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.17 Å

34292

8gvf

EMDB-34292, PDB-8gvf:
The outward-facing structure of hAE2 in basic pH
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.09 Å

34293

8gvh

EMDB-34293, PDB-8gvh:
Human AE2 in acidic KNO3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.32 Å

化合物

ChemComp-4KU:
2,2'-ethane-1,2-diylbis{5-[(sulfanylmethyl)amino]benzenesulfonic acid}

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン / pH緩衝剤*YM

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / chloride and bicarbonate transporter human-AE2 / chloride / bicarbonate

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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