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タイトルEngineering SARS-CoV-2 neutralizing antibodies for increased potency and reduced viral escape pathways.
ジャーナル・号・ページiScience, Vol. 25, Issue 9, Page 104914, Year 2022
掲載日2022年9月16日
著者Fangzhu Zhao / Celina Keating / Gabriel Ozorowski / Namir Shaabani / Irene M Francino-Urdaniz / Shawn Barman / Oliver Limbo / Alison Burns / Panpan Zhou / Michael J Ricciardi / Jordan Woehl / Quoc Tran / Hannah L Turner / Linghang Peng / Deli Huang / David Nemazee / Raiees Andrabi / Devin Sok / John R Teijaro / Timothy A Whitehead / Andrew B Ward / Dennis R Burton / Joseph G Jardine /
PubMed 要旨The rapid spread of SARS-CoV-2 variants poses a constant threat of escape from monoclonal antibody and vaccine countermeasures. Mutations in the ACE2 receptor binding site on the surface S protein ...The rapid spread of SARS-CoV-2 variants poses a constant threat of escape from monoclonal antibody and vaccine countermeasures. Mutations in the ACE2 receptor binding site on the surface S protein have been shown to disrupt antibody binding and prevent viral neutralization. Here, we used a directed evolution-based approach to engineer three neutralizing antibodies for enhanced binding to S protein. The engineered antibodies showed increased functional activity in terms of neutralization potency and/or breadth of neutralization against viral variants. Deep mutational scanning revealed that higher binding affinity reduces the total number of viral escape mutations. Studies in the Syrian hamster model showed two examples where the affinity-matured antibody provided superior protection compared to the parental antibody. These data suggest that monoclonal antibodies for antiviral indications would benefit from affinity maturation to reduce viral escape pathways and appropriate affinity maturation in vaccine immunization could help resist viral variation.
リンクiScience / PubMed:35971553 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 3.8 Å
構造データ

24693

7ru1

EMDB-24693, PDB-7ru1:
SARS-CoV-2-6P-Mut7 S protein (C3 symmetry)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

24694

7ru2

EMDB-24694, PDB-7ru2:
SARS-CoV-2-6P-Mut7 S protein (asymmetric)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

24695

7ru3

EMDB-24695, PDB-7ru3:
CC6.33 IgG in complex with SARS-CoV-2-6P-Mut7 S protein (non-uniform refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

24696

7ru4

EMDB-24696, PDB-7ru4:
CC6.33 IgG in complex with SARS-CoV-2-6P-Mut7 S protein (RBD/Fv local refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

24697

7ru5

EMDB-24697, PDB-7ru5:
CC6.30 fragment antigen binding in complex with SARS-CoV-2-6P-Mut7 S protein (non-uniform refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

24699

7ru8

EMDB-24699, PDB-7ru8:
CC6.30 fragment antigen binding in complex with SARS-CoV-2-6P-Mut7 S protein (RBD/Fv local refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN / COVID / SARS-CoV-2 / stabilizing mutations / VIRAL PROTEIN/Immune System / neutralizing antibody / RBD / VIRAL PROTEIN-Immune System complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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