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タイトルRegulated degradation of HMG CoA reductase requires conformational changes in sterol-sensing domain.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 4273, Year 2022
掲載日2022年7月25日
著者Hongwen Chen / Xiaofeng Qi / Rebecca A Faulkner / Marc M Schumacher / Linda M Donnelly / Russell A DeBose-Boyd / Xiaochun Li /
PubMed 要旨3-Hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase (HMGCR) is the rate-limiting enzyme in cholesterol synthesis and target of cholesterol-lowering statin drugs. Accumulation of sterols in endoplasmic ...3-Hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase (HMGCR) is the rate-limiting enzyme in cholesterol synthesis and target of cholesterol-lowering statin drugs. Accumulation of sterols in endoplasmic reticulum (ER) membranes accelerates degradation of HMGCR, slowing the synthesis of cholesterol. Degradation of HMGCR is inhibited by its binding to UBIAD1 (UbiA prenyltransferase domain-containing protein-1). This inhibition contributes to statin-induced accumulation of HMGCR, which limits their cholesterol-lowering effects. Here, we report cryo-electron microscopy structures of the HMGCR-UBIAD1 complex, which is maintained by interactions between transmembrane helix (TM) 7 of HMGCR and TMs 2-4 of UBIAD1. Disrupting this interface by mutagenesis prevents complex formation, enhancing HMGCR degradation. TMs 2-6 of HMGCR contain a 170-amino acid sterol sensing domain (SSD), which exists in two conformations-one of which is essential for degradation. Thus, our data supports a model that rearrangement of the TMs in the SSD permits recruitment of proteins that initate HMGCR degradation, a key reaction in the regulatory system that governs cholesterol synthesis.
リンクNat Commun / PubMed:35879350 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.23 - 3.6 Å
構造データ

27460

8djk

EMDB-27460: HMGCR-UBIAD1 Complex Dimer
PDB-8djk: HMGCR-UBIAD1 Complex State 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.33 Å

27461

8djm

EMDB-27461: HMGCR-UBIAD1 Complex Monomer
PDB-8djm: HMGCR-UBIAD1 Complex State 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.23 Å

EMDB-27475: HMGCR-UBIAD1-BRIL-Fab-Nb Complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-27477: HMGCR(40-55 deletion)-UBIAD1 Complex Dimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-27478: HMGCR(40-55 deletion)-UBIAD1 Complex Monomer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.57 Å

化合物

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

ChemComp-AJP:
Digitonin / ジギトニン / 可溶化剤*YM / ジギトニン

由来
  • cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
  • escherichia coli (大腸菌)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードOxidoreductase/Immune System / Cholesterol (コレステロール) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Oxidoreductase-Immune System complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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