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タイトルInhibition of SRP-dependent protein secretion by the bacterial alarmone (p)ppGpp.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 1069, Year 2022
掲載日2022年2月25日
著者Laura Czech / Christopher-Nils Mais / Hanna Kratzat / Pinku Sarmah / Pietro Giammarinaro / Sven-Andreas Freibert / Hanna Folke Esser / Joanna Musial / Otto Berninghausen / Wieland Steinchen / Roland Beckmann / Hans-Georg Koch / Gert Bange /
PubMed 要旨The stringent response enables bacteria to respond to nutrient limitation and other stress conditions through production of the nucleotide-based second messengers ppGpp and pppGpp, collectively known ...The stringent response enables bacteria to respond to nutrient limitation and other stress conditions through production of the nucleotide-based second messengers ppGpp and pppGpp, collectively known as (p)ppGpp. Here, we report that (p)ppGpp inhibits the signal recognition particle (SRP)-dependent protein targeting pathway, which is essential for membrane protein biogenesis and protein secretion. More specifically, (p)ppGpp binds to the SRP GTPases Ffh and FtsY, and inhibits the formation of the SRP receptor-targeting complex, which is central for the coordinated binding of the translating ribosome to the SecYEG translocon. Cryo-EM analysis of SRP bound to translating ribosomes suggests that (p)ppGpp may induce a distinct conformational stabilization of the NG domain of Ffh and FtsY in Bacillus subtilis but not in E. coli.
リンクNat Commun / PubMed:35217658 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.4 - 3.33 Å
構造データ

12734

7o5b

EMDB-12734, PDB-7o5b:
Cryo-EM structure of a Bacillus subtilis MifM-stalled ribosome-nascent chain complex with (p)ppGpp-SRP bound
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.33 Å

EMDB-12735:
Cryo-EM map of a Bacillus subtilis MifM-stalled ribosome-nascent chain complex with GMPPNP-SRP bound
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.96 Å

EMDB-13839:
Cryo-EM structure of an Escherichia coli TnaC-stalled FtsQ ribosome-nascent chain complex with GMPPNP-SRP bound
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-13840:
Cryo-EM structure of an Escherichia coli TnaC-stalled FtsQ ribosome-nascent chain complex with (p)ppGpp-SRP bound
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

PDB-7o9f:
Bacillus subtilis Ffh in complex with ppGpp
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.51 Å

PDB-7o9g:
Escherichia coli Ffh in complex with ppGpp
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-7o9h:
Escherichia coli FtsY in complex with pppGpp
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-7o9i:
Escherichia coli Ffh in complex with pppGpp
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.49 Å

化合物

ChemComp-G4P:
GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE / ppGpp

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-0O2:
guanosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) 3'-(trihydrogen diphosphate) / pppGpp

由来
  • bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
  • escherichia coli (大腸菌)
  • bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
  • escherichia coli dh5[alpha] (大腸菌)
  • escherichia coli (strain k12) (大腸菌)
キーワードRIBOSOME / signal recognition particle co-translational targeting alarmones translation GTPases stress response / TRANSLATION / stringent response / targeting complex / signal recognition particle / alarmones / stress

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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