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Structure paper

タイトルCryo-EM structures of human RNA polymerase I.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 28, Issue 12, Page 997-991008, Year 2021
掲載日2021年12月9日
著者Agata D Misiaszek / Mathias Girbig / Helga Grötsch / Florence Baudin / Brice Murciano / Aleix Lafita / Christoph W Müller /
PubMed 要旨RNA polymerase I (Pol I) specifically synthesizes ribosomal RNA. Pol I upregulation is linked to cancer, while mutations in the Pol I machinery lead to developmental disorders. Here we report the ...RNA polymerase I (Pol I) specifically synthesizes ribosomal RNA. Pol I upregulation is linked to cancer, while mutations in the Pol I machinery lead to developmental disorders. Here we report the cryo-EM structure of elongating human Pol I at 2.7 Å resolution. In the exit tunnel, we observe a double-stranded RNA helix that may support Pol I processivity. Our structure confirms that human Pol I consists of 13 subunits with only one subunit forming the Pol I stalk. Additionally, the structure of human Pol I in complex with the initiation factor RRN3 at 3.1 Å resolution reveals stalk flipping upon RRN3 binding. We also observe an inactivated state of human Pol I bound to an open DNA scaffold at 3.3 Å resolution. Lastly, the high-resolution structure of human Pol I allows mapping of disease-related mutations that can aid understanding of disease etiology.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:34887565 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 3.3 Å
構造データ

12795

7ob9

EMDB-12795, PDB-7ob9:
Cryo-EM structure of human RNA Polymerase I in elongation state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

12796

7oba

EMDB-12796, PDB-7oba:
Cryo-EM structure of human RNA Polymerase I in complex with RRN3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

12797

7obb

EMDB-12797, PDB-7obb:
Cryo-EM structure of human RNA Polymerase I Open Complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSCRIPTION / RNA polymerase I / human / rRNA transcription / DNA-dependent RNA polymerase / elongation state / pre-initiation / RRN3 / Open Complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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