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タイトルDeterministic chaos in the self-assembly of β sheet nanotubes from an amphipathic oligopeptide.
ジャーナル・号・ページMatter, Vol. 4, Issue 10, Page 3217-3231, Year 2021
掲載日2021年10月6日
著者Fengbin Wang / Ordy Gnewou / Shengyuan Wang / Tomasz Osinski / Xiaobing Zuo / Edward H Egelman / Vincent P Conticello /
PubMed 要旨The self-assembly of designed peptides into filaments and other higher-order structures has been the focus of intense interest because of the potential for creating new biomaterials and biomedical ...The self-assembly of designed peptides into filaments and other higher-order structures has been the focus of intense interest because of the potential for creating new biomaterials and biomedical devices. These peptide assemblies have also been used as models for understanding biological processes, such as the pathological formation of amyloid. We investigate the assembly of an octapeptide sequence, Ac-FKFEFKFE-NH, motivated by prior studies that demonstrated that this amphipathic β strand peptide self-assembled into fibrils and biocompatible hydrogels. Using high-resolution cryoelectron microscopy (cryo-EM), we are able to determine the atomic structure for two different coexisting forms of the fibrils, containing four and five β sandwich protofilaments, respectively. Surprisingly, the inner walls in both forms are parallel β sheets, while the outer walls are antiparallel β sheets. Our results demonstrate the chaotic nature of peptide self-assembly and illustrate the importance of cryo-EM structural analysis to understand the complex phase behavior of these materials at near-atomic resolution.
リンクMatter / PubMed:34632372 / PubMed Central
手法EM (らせん対称)
解像度3.4 - 3.8 Å
構造データ

23483

7lqe

EMDB-23483, PDB-7lqe:
Cryo-EM of 1-protofilament of the KFE8 thinner nanotube
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.4 Å

23484

7lqf

EMDB-23484, PDB-7lqf:
Cryo-EM of KFE8 ribbon filament
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.8 Å

23485

7lqg

EMDB-23485, PDB-7lqg:
Cryo-EM of the KFE8 thinner nanotube (class 1, C2)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.4 Å

23486

7lqh

EMDB-23486, PDB-7lqh:
Cryo-EM of KFE8 thinner nanotube (class 2, 2-sub-1)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.4 Å

23487

7lqi

EMDB-23487, PDB-7lqi:
Cryo-EM of KFE8 thicker nanotube
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.5 Å

由来
  • synthetic construct (人工物)
キーワードPROTEIN FIBRIL / filament / self-assembly peptide filament / Cryo-EM / peptide fibril / nanotube

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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