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タイトルStructural basis of ribosomal frameshifting during translation of the SARS-CoV-2 RNA genome.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 372, Issue 6548, Page 1306-1313, Year 2021
掲載日2021年6月18日
著者Pramod R Bhatt / Alain Scaiola / Gary Loughran / Marc Leibundgut / Annika Kratzel / Romane Meurs / René Dreos / Kate M O'Connor / Angus McMillan / Jeffrey W Bode / Volker Thiel / David Gatfield / John F Atkins / Nenad Ban /
PubMed 要旨Programmed ribosomal frameshifting is a key event during translation of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) RNA genome that allows synthesis of the viral RNA-dependent ...Programmed ribosomal frameshifting is a key event during translation of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) RNA genome that allows synthesis of the viral RNA-dependent RNA polymerase and downstream proteins. Here, we present the cryo-electron microscopy structure of a translating mammalian ribosome primed for frameshifting on the viral RNA. The viral RNA adopts a pseudoknot structure that lodges at the entry to the ribosomal messenger RNA (mRNA) channel to generate tension in the mRNA and promote frameshifting, whereas the nascent viral polyprotein forms distinct interactions with the ribosomal tunnel. Biochemical experiments validate the structural observations and reveal mechanistic and regulatory features that influence frameshifting efficiency. Finally, we compare compounds previously shown to reduce frameshifting with respect to their ability to inhibit SARS-CoV-2 replication, establishing coronavirus frameshifting as a target for antiviral intervention.
リンクScience / PubMed:34029205 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.2 - 6.0 Å
構造データ

12756

7o7y

EMDB-12756, PDB-7o7y:
Rabbit 80S ribosome stalled close to the mutated SARS-CoV-2 slippery site by a pseudoknot (high resolution)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.2 Å

12757

7o7z

EMDB-12757, PDB-7o7z:
Rabbit 80S ribosome stalled close to the mutated SARS-CoV-2 slippery site by a pseudoknot (classified for pseudoknot)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

12758

7o80

EMDB-12758, PDB-7o80:
Rabbit 80S ribosome in complex with eRF1 and ABCE1 stalled at the STOP codon in the mutated SARS-CoV-2 slippery site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

12759

7o81

EMDB-12759, PDB-7o81:
Rabbit 80S ribosome colliding in another ribosome stalled by the SARS-CoV-2 pseudoknot
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-12760:
Disome of rabbit ribosomes with the leading one stalled by the SARS-CoV-2 pseudoknot
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.0 Å

化合物

ChemComp-SPD:
SPERMIDINE / スペルミジン

ChemComp-SPM:
SPERMINE / スペルミン

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-UNX:
Unknown entry

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

由来
  • oryctolagus cuniculus (ウサギ)
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • bos taurus (ウシ)
キーワードRIBOSOME / Frameshift / virus / pseudoknot

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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