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Structure paper

タイトルStructural insights into integrin αβ opening by fibronectin ligand.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 7, Issue 19, Year 2021
掲載日2021年5月7日
著者Stephanie Schumacher / Dirk Dedden / Roberto Vazquez Nunez / Kyoko Matoba / Junichi Takagi / Christian Biertümpfel / Naoko Mizuno /
PubMed 要旨Integrin αβ is a major fibronectin receptor critical for cell migration. Upon complex formation, fibronectin and αβ undergo conformational changes. While this is key for cell-tissue connections, ...Integrin αβ is a major fibronectin receptor critical for cell migration. Upon complex formation, fibronectin and αβ undergo conformational changes. While this is key for cell-tissue connections, its mechanism is unknown. Here, we report cryo-electron microscopy structures of native human αβ with fibronectin to 3.1-angstrom resolution, and in its resting state to 4.6-angstrom resolution. The αβ-fibronectin complex revealed simultaneous interactions at the arginine-glycine-aspartate loop, the synergy site, and a newly identified binding site proximal to adjacent to metal ion-dependent adhesion site, inducing the translocation of helix α1 to secure integrin opening. Resting αβ adopts an incompletely bent conformation, challenging the model of integrin sharp bending inhibiting ligand binding. Our biochemical and structural analyses showed that affinity of αβ for fibronectin is increased with manganese ions (Mn) while adopting the half-bent conformation, indicating that ligand-binding affinity does not depend on conformation, and αβ opening is induced by ligand-binding.
リンクSci Adv / PubMed:33962943 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 4.6 Å
構造データ

12634

7nwl

EMDB-12634, PDB-7nwl:
Cryo-EM structure of human integrin alpha5beta1 (open form) in complex with fibronectin and TS2/16 Fv-clasp
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

12637

7nxd

EMDB-12637, PDB-7nxd:
Cryo-EM structure of human integrin alpha5beta1 in the half-bent conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

化合物

ChemComp-MN:
Unknown entry

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • Human (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードCELL ADHESION / integrin / fibronectin / TS2/16 / plasma membrane protein / a5b1 / alpha5beta1 / focal adhesion / open conformation / half-bent conformation

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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