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Structure paper

タイトルExtracellular cap domain is an essential component of the TRPV1 gating mechanism.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 12, Issue 1, Page 2154, Year 2021
掲載日2021年4月12日
著者Kirill D Nadezhdin / Arthur Neuberger / Yury A Nikolaev / Lyle A Murphy / Elena O Gracheva / Sviatoslav N Bagriantsev / Alexander I Sobolevsky /
PubMed 要旨Transient receptor potential (TRP) channels are polymodal molecular sensors involved in numerous physiological processes and implicated in a variety of human diseases. Several structures of the ...Transient receptor potential (TRP) channels are polymodal molecular sensors involved in numerous physiological processes and implicated in a variety of human diseases. Several structures of the founding member of the TRP channel family, TRPV1, are available, all of which were determined for the protein missing the N- and C-termini and the extracellular S5-P-loop. Here, we present structures of the full-length thirteen-lined ground squirrel TRPV1 solved by cryo-EM. Our structures resolve the extracellular cap domain formed by the S5-P-loops and the C-terminus that wraps around the three-stranded β-sheet connecting elements of the TRPV1 intracellular skirt. The cap domain forms a dome above the pore's extracellular entrance, with four portals leading to the ion conductance pathway. Deletion of the cap increases the TRPV1 average conductance, reduces the open probability and affects ion selectivity. Our data show that both the termini and the cap domain are critical determinants of TRPV1 function.
リンクNat Commun / PubMed:33846324 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.19 - 3.81 Å
構造データ

23491

7lqy

EMDB-23491, PDB-7lqy:
Structure of squirrel TRPV1 in apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.19 Å

23492

7lqz

EMDB-23492, PDB-7lqz:
Structure of squirrel TRPV1 in complex with RTX
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.41 Å

23493

7lr0

EMDB-23493, PDB-7lr0:
Structure of squirrel TRPV1 in complex with capsaicin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.81 Å

化合物

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

ChemComp-YBG:
1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoinositol

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-6EU:
resiniferatoxin / レシニフェラトキシン / toxin*YM

ChemComp-4DY:
(6E)-N-(4-hydroxy-3-methoxybenzyl)-8-methylnon-6-enamide / N-(3-メトキシ-4-ヒドロキシベンジル)-8-メチル-6-ノネンアミド

由来
  • ictidomys tridecemlineatus (哺乳類)
  • Homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Transient Receptor Potential V Family Member 1 / TRP channel / TRPV1 full length / TRPV1 wild type / RTX / resiniferatoxin / capsaicin

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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