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Structure paper

タイトルStructure of the complete, membrane-assembled COPII coat reveals a complex interaction network.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 12, Issue 1, Page 2034, Year 2021
掲載日2021年4月1日
著者Joshua Hutchings / Viktoriya G Stancheva / Nick R Brown / Alan C M Cheung / Elizabeth A Miller / Giulia Zanetti /
PubMed 要旨COPII mediates Endoplasmic Reticulum to Golgi trafficking of thousands of cargoes. Five essential proteins assemble into a two-layer architecture, with the inner layer thought to regulate coat ...COPII mediates Endoplasmic Reticulum to Golgi trafficking of thousands of cargoes. Five essential proteins assemble into a two-layer architecture, with the inner layer thought to regulate coat assembly and cargo recruitment, and the outer coat forming cages assumed to scaffold membrane curvature. Here we visualise the complete, membrane-assembled COPII coat by cryo-electron tomography and subtomogram averaging, revealing the full network of interactions within and between coat layers. We demonstrate the physiological importance of these interactions using genetic and biochemical approaches. Mutagenesis reveals that the inner coat alone can provide membrane remodelling function, with organisational input from the outer coat. These functional roles for the inner and outer coats significantly move away from the current paradigm, which posits membrane curvature derives primarily from the outer coat. We suggest these interactions collectively contribute to coat organisation and membrane curvature, providing a structural framework to understand regulatory mechanisms of COPII trafficking and secretion.
リンクNat Commun / PubMed:33795673 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度4.6 - 40.0 Å
構造データ

11193

6zg5

EMDB-11193, PDB-6zg5:
COPII on membranes, outer coat right-handed rod, class1
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 40.0 Å

11194

6zg6

EMDB-11194, PDB-6zg6:
COPII on membranes, outer coat vertex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 12.0 Å

EMDB-11197:
COPII assembled on membranes, outer coat right-handed rod, class 2
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 15.0 Å

EMDB-11198:
COPII assembled on membranes - outer coat extra rod
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 15.0 Å

11199

6zga

EMDB-11199, PDB-6zga:
COPII on membranes, inner coat
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.6 Å

11264

6zl0

EMDB-11264, PDB-6zl0:
COPII on membranes, outer coat left-handed rod
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 40.0 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-GNP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c) (パン酵母)
  • Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • Saccharomyces cerevisiaeaSaccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
キーワードPROTEIN TRANSPORT / SECRETION / TRAFFICKING

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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