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タイトルModular basis for potent SARS-CoV-2 neutralization by a prevalent VH1-2-derived antibody class.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 35, Issue 1, Page 108950, Year 2021
掲載日2021年4月6日
著者Micah Rapp / Yicheng Guo / Eswar R Reddem / Jian Yu / Lihong Liu / Pengfei Wang / Gabriele Cerutti / Phinikoula Katsamba / Jude S Bimela / Fabiana A Bahna / Seetha M Mannepalli / Baoshan Zhang / Peter D Kwong / Yaoxing Huang / David D Ho / Lawrence Shapiro / Zizhang Sheng /
PubMed 要旨Antibodies with heavy chains that derive from the VH1-2 gene constitute some of the most potent severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)-neutralizing antibodies yet identified. To ...Antibodies with heavy chains that derive from the VH1-2 gene constitute some of the most potent severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)-neutralizing antibodies yet identified. To provide insight into whether these genetic similarities inform common modes of recognition, we determine the structures of the SARS-CoV-2 spike in complex with three VH1-2-derived antibodies: 2-15, 2-43, and H4. All three use VH1-2-encoded motifs to recognize the receptor-binding domain (RBD), with heavy-chain N53I-enhancing binding and light-chain tyrosines recognizing F486. Despite these similarities, class members bind both RBD-up and -down conformations of the spike, with a subset of antibodies using elongated CDRH3s to recognize glycan N343 on a neighboring RBD-a quaternary interaction accommodated by an increase in RBD separation of up to 12 Å. The VH1-2 antibody class, thus, uses modular recognition encoded by modular genetic elements to effect potent neutralization, with the VH-gene component specifying recognition of RBD and the CDRH3 component specifying quaternary interactions.
リンクCell Rep / PubMed:33794145 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度3.18 - 5.87 Å
構造データ

23165

7l56

EMDB-23165, PDB-7l56:
Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein bound to Fab 2-43
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

23166

7l57

EMDB-23166, PDB-7l57:
Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein bound to Fab 2-15
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.87 Å

23167

7l58

EMDB-23167, PDB-7l58:
Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein bound to Fab H4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.07 Å

PDB-7l5b:
Crystallographic structure of neutralizing antibody 2-15 in complex with SARS-CoV-2 spike receptor-binding Domain (RBD).
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.18 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN/Immune System / SARS-CoV-2 / spike / glycoprotein / antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Immune System complex / Spike protein S1 / receptor binding protein SARS COV-2

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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