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タイトルFragment Binding to Kinase Hinge: If Charge Distribution and Local pK a Shifts Mislead Popular Bioisosterism Concepts.
ジャーナル・号・ページAngew. Chem. Int. Ed. Engl., Year 2020
掲載日2017年2月8日 (構造データの登録日)
著者Oebbeke, M. / Siefker, C. / Wagner, B. / Heine, A. / Klebe, G.
リンクAngew. Chem. Int. Ed. Engl. / PubMed:33021032
手法X線回折
解像度1.12 - 1.817 Å
構造データ

PDB-5n33:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule 3-amino-5-(trifluoromethyl)-1H-pyridin-2-one
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.434 Å

PDB-5n3c:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule Thiophene-3-Carboximidamide
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.772 Å

PDB-5n3d:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule 4-(trifluoromethyl)benzenecarboximidamide
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.77 Å

PDB-5n3e:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule 6-dimethylaminopyridine-3-carboxylic acid
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.529 Å

PDB-5n3h:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule pyridine-3-carboxamide
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.36 Å

PDB-5n3j:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule 4-Nitrobenzoic acid
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.12 Å

PDB-5n3q:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule 3-Aminobenzamide
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.31 Å

PDB-5n3s:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule 4-Hydroxybenzamide
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.14 Å

PDB-6snn:
Crystal structure of cAMP-dependent protein kinase A (CHO PKA) in complex with benzoic acid
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.817 Å

PDB-6snx:
Crystal structure of cAMP-dependent protein kinase A (CHO PKA) in complex with benzamide
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-6sox:
Crystal structure of cAMP-dependent protein kinase A (CHO PKA) in complex with 4-carbamoylbenzoic acid
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.38 Å

PDB-6spm:
Crystal structure of cAMP-dependent protein kinase A (CHO PKA) in complex with 4-(trifluoromethyl)benzoic acid
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.37 Å

PDB-6sps:
Crystal structure of cAMP-dependent protein kinase A (CHO PKA) in complex with 4-(trifluoromethyl)benzamide
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.65 Å

PDB-6spu:
Crystal structure of cAMP-dependent protein kinase A (CHO PKA) in complex with 3-aminobenzoic acid
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.39 Å

PDB-6spy:
Crystal structure of cAMP-dependent protein kinase A (CHO PKA) in complex with 6-(morpholin-4-yl)pyridine-3-carboxamide
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-6yps:
Crystal structure of the cAMP-dependent protein kinase A in complex with 4-hydroxybenzamidine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.35 Å

PDB-6z08:
Crystal structure of cAMP-dependent protein kinase A (CHO PKA) in complex with 4-Nitrophenol
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.49 Å

PDB-6z44:
Crystal structure of the cAMP-dependent protein kinase A in complex with phenol
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.38 Å

PDB-6zn0:
Crystal structure of cAMP-dependent protein kinase A (CHO PKA) in complex with isonicotinamidine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.59 Å

化合物

ChemComp-8JW:
3-azanyl-5-(trifluoromethyl)-1~{H}-pyridin-2-one

ChemComp-MPD:
(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 沈殿剤*YM / 2-Methyl-2,4-pentanediol

ChemComp-DMS:
DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / DMSO, 沈殿剤*YM / ジメチルスルホキシド

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-8M2:
[azanyl(thiophen-3-yl)methylidene]azanium

ChemComp-8NE:
[azanyl-[4-(trifluoromethyl)phenyl]methylidene]azanium

ChemComp-46L:
6-(dimethylamino)pyridine-3-carboxylic acid / 6-(ジメチルアミノ)-3-ピリジンカルボン酸

ChemComp-NCA:
NICOTINAMIDE / ニコチンアミド / 薬剤*YM / ニコチンアミド

ChemComp-4NB:
4-NITROBENZOIC ACID / 4-Nitrobenzoic acid

ChemComp-3AB:
3-aminobenzamide / 3-アミノベンズアミド / 3-Aminobenzamide

ChemComp-HBD:
4-HYDROXYBENZAMIDE / 4-ヒドロキシベンズアミド

ChemComp-BEZ:
BENZOIC ACID / 安息香酸 / 安息香酸

ChemComp-UNU:
BENZAMIDE / ベンズアミド / ベンズアミド

ChemComp-LQ2:
4-aminocarbonylbenzoic acid / 4-カルバモイル安息香酸

ChemComp-3AE:
4-(trifluoromethyl)benzoic acid / 4-(トリフルオロメチル)安息香酸

ChemComp-MOH:
METHANOL / ヒドロキシメチリジンラジカル / メタノール

ChemComp-LR5:
4-(trifluoromethyl)benzamide / 4-(トリフルオロメチル)ベンズアミド

ChemComp-GAB:
3-AMINOBENZOIC ACID / 3-アミノ安息香酸 / 3-Aminobenzoic acid

ChemComp-LR8:
6-morpholin-4-ylpyridine-3-carboxamide

ChemComp-P72:
4-oxidanylbenzenecarboximidamide / 4-ヒドロキシベンズアミジン

ChemComp-NPO:
P-NITROPHENOL / 4-ニトロフェノール

ChemComp-IPH:
PHENOL / フェノ-ル / フェノール

ChemComp-MRD:
(4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 沈殿剤*YM / 2-Methyl-2,4-pentanediol

ChemComp-NTN:
ISONICOTINAMIDINE / ピリジン-4-カルボアミジン

由来
  • cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / fragment / complex / serine threonine kinase / cAMP (CAMP) / kinase (キナーゼ) / PKA / phosphotransferase / signalling pathways (シグナル伝達) / glycogen metabolism / serine/threonine kinase

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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