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タイトルHow IGF-II Binds to the Human Type 1 Insulin-like Growth Factor Receptor.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 28, Issue 7, Page 786-798.e6, Year 2020
掲載日2020年7月7日
著者Yibin Xu / Nicholas S Kirk / Hariprasad Venugopal / Mai B Margetts / Tristan I Croll / Jarrod J Sandow / Andrew I Webb / Carlie A Delaine / Briony E Forbes / Michael C Lawrence /
PubMed 要旨Human type 1 insulin-like growth factor receptor (IGF-1R) signals chiefly in response to the binding of insulin-like growth factor I. Relatively little is known about the role of insulin-like growth ...Human type 1 insulin-like growth factor receptor (IGF-1R) signals chiefly in response to the binding of insulin-like growth factor I. Relatively little is known about the role of insulin-like growth factor II signaling via IGF-1R, despite the affinity of insulin-like growth factor II for IGF-1R being within an order of magnitude of that of insulin-like growth factor I. Here, we describe the cryoelectron microscopy structure of insulin-like growth factor II bound to a leucine-zipper-stabilized IGF-1R ectodomain, determined in two conformations to a maximum average resolution of 3.2 Å. The two conformations differ in the relative separation of their respective points of membrane entry, and comparison with the structure of insulin-like growth factor I bound to IGF-1R reveals long-suspected differences in the way in which the critical C domain of the respective growth factors interact with IGF-1R.
リンクStructure / PubMed:32459985 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.21 - 4.26 Å
構造データ

21415

6vwg

EMDB-21415, PDB-6vwg:
Head region of the open conformation of the human type 1 insulin-like growth factor receptor ectodomain in complex with human insulin-like growth factor II.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.21 Å

21416

6vwh

EMDB-21416, PDB-6vwh:
Leg region of the open conformation of the human type 1 insulin-like growth factor receptor ectodomain in complex with human insulin-like growth factor II.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.26 Å

21417

6vwi

EMDB-21417: Head region of the close conformation of the human type 1 insulin-like growth factor receptor ectodomain in complex with human insulin-like growth factor II.
PDB-6vwi: Head region of the closed conformation of the human type 1 insulin-like growth factor receptor ectodomain in complex with human insulin-like growth factor II.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

21418

6vwj

EMDB-21418, PDB-6vwj:
Leg region of the closed conformation of the human type 1 insulin-like growth factor receptor ectodomain in complex with human insulin-like growth factor II
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.21 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c) (パン酵母)
キーワードSIGNALING PROTEIN / Type 1 insulin-like growth factor receptor / Insulin-like growth factor II / ectodomain receptor / tyrosine kinase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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