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Structure paper

タイトルStructural insights into stressosome assembly.
ジャーナル・号・ページIUCrJ, Vol. 6, Issue Pt 5, Page 938-947, Year 2019
掲載日2019年9月1日
著者Eunju Kwon / Deepak Pathak / Han-Ul Kim / Pawan Dahal / Sung Chul Ha / Seung Sik Lee / Hyeongseop Jeong / Dooil Jeoung / Hyeun Wook Chang / Hyun Suk Jung / Dong Young Kim /
PubMed 要旨The stressosome transduces environmental stress signals to SigB to upregulate SigB-dependent transcription, which is required for bacterial viability. The stressosome core is composed of RsbS and at ...The stressosome transduces environmental stress signals to SigB to upregulate SigB-dependent transcription, which is required for bacterial viability. The stressosome core is composed of RsbS and at least one of the RsbR paralogs. A previous cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the RsbRA-RsbS complex determined under a 2 symmetry restraint showed that the stressosome core forms a pseudo-icosahedron consisting of 60 STAS domains of RsbRA and RsbS. However, it is still unclear how RsbS and one of the RsbR paralogs assemble into the stressosome. Here, an assembly model of the stressosome is presented based on the crystal structure of the RsbS icosahedron and cryo-EM structures of the RsbRA-RsbS complex determined under diverse symmetry restraints (nonsymmetric 1, dihedral 2 and icosahedral envelopes). 60 monomers of the crystal structure of RsbS fitted well into the -restrained cryo-EM structure determined at 4.1 Å resolution, even though the STAS domains in the envelope were averaged. This indicates that RsbS and RsbRA share a highly conserved STAS fold. 22 protrusions observed in the 1 envelope, corresponding to dimers of the RsbRA N-domain, allowed the STAS domains of RsbRA and RsbS to be distinguished in the stressosome core. Based on these, the model of the stressosome core was reconstructed. The mutation of RsbRA residues at the binding interface in the model (R189A/Q191A) significantly reduced the interaction between RsbRA and RsbS. These results suggest that nonconserved residues in the conserved STAS folds between RsbS and RsbR paralogs determine stressosome assembly.
リンクIUCrJ / PubMed:31576226 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度3.101 - 9.1 Å
構造データ

EMDB-9923:
Structural insights into stressosome assembly
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.1 Å

EMDB-9924:
Structural insights into stressosome assembly
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-9953:
Structural insights into stressosome assembly
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.3 Å

PDB-6jhk:
Crystal Structure of Bacillus subtilis RsbS
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.101 Å

由来
  • bacillus subtilis (枯草菌)
キーワードPROTEIN BINDING / RsbS / stressosome / icosahedron / STAS domain

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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