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タイトルSubstrate processing by the Cdc48 ATPase complex is initiated by ubiquitin unfolding.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 365, Issue 6452, Year 2019
掲載日2019年8月2日
著者Edward C Twomey / Zhejian Ji / Thomas E Wales / Nicholas O Bodnar / Scott B Ficarro / Jarrod A Marto / John R Engen / Tom A Rapoport /
PubMed 要旨The Cdc48 adenosine triphosphatase (ATPase) (p97 or valosin-containing protein in mammals) and its cofactor Ufd1/Npl4 extract polyubiquitinated proteins from membranes or macromolecular complexes for ...The Cdc48 adenosine triphosphatase (ATPase) (p97 or valosin-containing protein in mammals) and its cofactor Ufd1/Npl4 extract polyubiquitinated proteins from membranes or macromolecular complexes for subsequent degradation by the proteasome. How Cdc48 processes its diverse and often well-folded substrates is unclear. Here, we report cryo-electron microscopy structures of the Cdc48 ATPase in complex with Ufd1/Npl4 and polyubiquitinated substrate. The structures show that the Cdc48 complex initiates substrate processing by unfolding a ubiquitin molecule. The unfolded ubiquitin molecule binds to Npl4 and projects its N-terminal segment through both hexameric ATPase rings. Pore loops of the second ring form a staircase that acts as a conveyer belt to move the polypeptide through the central pore. Inducing the unfolding of ubiquitin allows the Cdc48 ATPase complex to process a broad range of substrates.
リンクScience / PubMed:31249135 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.6 - 4.1 Å
構造データ

0665

6oa9

EMDB-0665: Cdc48-Ufd1/Npl4 complex processing poly-ubiquitinated substrate in the presence of ATP
PDB-6oa9: Cdc48-Npl4 complex processing poly-ubiquitinated substrate in the presence of ATP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

0666

6oaa

EMDB-0666: Cdc48-Ufd1/Npl4 complex processing poly-ubiquitinated substrate in the presence of ADP-BeFx, state 1
PDB-6oaa: Cdc48-Npl4 complex processing poly-ubiquitinated substrate in the presence of ADP-BeFx, state 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

20000

6oab

EMDB-20000: Cdc48-Ufd1/Npl4 complex processing poly-ubiquitinated substrate in the presence of ADP-BeFx, state 2
PDB-6oab: Cdc48-Npl4 complex processing poly-ubiquitinated substrate in the presence of ADP-BeFx, state 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

化合物

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae s288c (パン酵母)
キーワードMOTOR PROTEIN / ATPase / ATPase complex / ubiquitin / quality control

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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