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タイトルAn Algorithm for Enhancing the Image Contrast of Electron Tomography.
ジャーナル・号・ページSci Rep, Vol. 8, Issue 1, Page 16711, Year 2018
掲載日2018年11月12日
著者Hao Wu / Xiaobo Zhai / Dongsheng Lei / Jianfang Liu / Yadong Yu / Rongfang Bie / Gang Ren /
PubMed 要旨Three-dimensional (3D) reconstruction of a single protein molecule is essential for understanding the relationship between the structural dynamics and functions of the protein. Electron tomography ...Three-dimensional (3D) reconstruction of a single protein molecule is essential for understanding the relationship between the structural dynamics and functions of the protein. Electron tomography (ET) provides a tool for imaging an individual particle of protein from a series of tilted angles. Individual-particle electron tomography (IPET) provides an approach for reconstructing a 3D density map from a single targeted protein particle (without averaging from different particles of this type of protein), in which the target particle was imaged from a series of tilting angles. However, owing to radiation damage limitations, low-dose images (high noise, and low image contrast) are often challenging to be aligned for 3D reconstruction at intermediate resolution (1-3 nm). Here, we propose a computational method to enhance the image contrast, without increasing any experimental dose, for IPET 3D reconstruction. Using an edge-preserving smoothing-based multi-scale image decomposition algorithm, this method can detect the object against a high-noise background and enhance the object image contrast without increasing the noise level or significantly decreasing the image resolution. The method was validated by using both negative staining (NS) ET and cryo-ET images. The successful 3D reconstruction of a small molecule (<100 kDa) indicated that this method can be used as a supporting tool to current ET 3D reconstruction methods for studying protein dynamics via structure determination from each individual particle of the same type of protein.
リンクSci Rep / PubMed:30420636 / PubMed Central
手法EM (トモグラフィー)
解像度17.0 - 97.7 Å
構造データ

EMDB-9262:
Single-Molecule 3D Image of Double Complexes of DNA-Nanogold Conjugates (No. 01)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 17.6 Å

EMDB-9263:
Single-Molecule 3D Image of Double Complexes of DNA-Nanogold Conjugates (No. 02)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 17.0 Å

EMDB-9266:
Single-Molecule 3D Image of DNA Origami Bennett Linkage by Image Contrast Enhancement and Individual Particle Electron Tomography (No. 01)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 97.7 Å

EMDB-9267:
Single-Molecule 3D Image of DNA Origami Bennett Linkage by Image Contrast Enhancement and Individual Particle Electron Tomography (No. 02)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 97.4 Å

EMDB-9268:
Single-Molecule 3D Image of Low-Density Lipoprotein in Complex with Cholesteryl Ester Transfer Protein (No. 01)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 71.0 Å

EMDB-9269:
Single-Molecule 3D Image of Low-Density Lipoprotein in Complex with Cholesteryl Ester Transfer Protein (No. 02)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 71.0 Å

EMDB-9270:
Single-Molecule 3D Image of Cholesteryl Ester Transfer Protein by Individual-Particle Electron Tomography (No. 01)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 95.5 Å

EMDB-9271:
Single-Molecule 3D Image of Cholesteryl Ester Transfer Protein by Individual-Particle Electron Tomography (No. 02)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 95.5 Å

由来
  • synthetic construct (人工物)
  • Enterobacteria phage M13 (ファージ)
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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