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Structure paper

タイトルStructural basis for anthrax toxin receptor 1 recognition by Seneca Valley Virus.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 115, Issue 46, Page E10934-E10940, Year 2018
掲載日2018年11月13日
著者Nadishka Jayawardena / Laura N Burga / Richard A Easingwood / Yoshimasa Takizawa / Matthias Wolf / Mihnea Bostina /
PubMed 要旨Recently, the use of oncolytic viruses in cancer therapy has become a realistic therapeutic option. Seneca Valley Virus (SVV) is a newly discovered picornavirus, which has earned a significant ...Recently, the use of oncolytic viruses in cancer therapy has become a realistic therapeutic option. Seneca Valley Virus (SVV) is a newly discovered picornavirus, which has earned a significant reputation as a potent oncolytic agent. Anthrax toxin receptor 1 (ANTXR1), one of the cellular receptors for the protective antigen secreted by , has been identified as the high-affinity cellular receptor for SVV. Here, we report the structure of the SVV-ANTXR1 complex determined by single-particle cryo-electron microscopy analysis at near-atomic resolution. This is an example of a shared receptor structure between a mammalian virus and a bacterial toxin. Our structure shows that ANTXR1 decorates the outer surface of the SVV capsid and interacts with the surface-exposed BC loop and loop II of VP1, "the puff" of VP2 and "the knob" of VP3. Comparison of the receptor-bound capsid structure with the native capsid structure reveals that receptor binding induces minor conformational changes in SVV capsid structure, suggesting the role of ANTXR1 as an attachment receptor. Furthermore, our results demonstrate that the capsid footprint on the receptor is not conserved in anthrax toxin receptor 2 (ANTXR2), thereby providing a molecular mechanism for explaining the exquisite selectivity of SVV for ANTXR1.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:30381454 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.8 Å
構造データ

7772

6cx1

EMDB-7772, PDB-6cx1:
Cryo-EM structure of Seneca Valley Virus-Anthrax Toxin Receptor 1 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • senecavirus a (ウイルス)
キーワードVIRUS / Virus-receptor complex / Picornavirus / Senecavirus / Anthrax Toxin Receptor

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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