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Structure paper

タイトルCryo-EM structure of the gasdermin A3 membrane pore.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 557, Issue 7703, Page 62-67, Year 2018
掲載日2018年4月25日
著者Jianbin Ruan / Shiyu Xia / Xing Liu / Judy Lieberman / Hao Wu /
PubMed 要旨Gasdermins mediate inflammatory cell death after cleavage by caspases or other, unknown enzymes. The cleaved N-terminal fragments bind to acidic membrane lipids to form pores, but the mechanism of ...Gasdermins mediate inflammatory cell death after cleavage by caspases or other, unknown enzymes. The cleaved N-terminal fragments bind to acidic membrane lipids to form pores, but the mechanism of pore formation remains unresolved. Here we present the cryo-electron microscopy structures of the 27-fold and 28-fold single-ring pores formed by the N-terminal fragment of mouse GSDMA3 (GSDMA3-NT) at 3.8 and 4.2 Å resolutions, and of a double-ring pore at 4.6 Å resolution. In the 27-fold pore, a 108-stranded anti-parallel β-barrel is formed by two β-hairpins from each subunit capped by a globular domain. We identify a positively charged helix that interacts with the acidic lipid cardiolipin. GSDMA3-NT undergoes radical conformational changes upon membrane insertion to form long, membrane-spanning β-strands. We also observe an unexpected additional symmetric ring of GSDMA3-NT subunits that does not insert into the membrane in the double-ring pore, which may represent a pre-pore state of GSDMA3-NT. These structures provide a basis that explains the activities of several mutant gasdermins, including defective mutants that are associated with cancer.
リンクNature / PubMed:29695864 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.8 - 4.6 Å
構造データ

7449

6cb8

EMDB-7449, PDB-6cb8:
Cryo-EM structure of the Gasdermin A3 membrane pore
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-7450:
Cryo-EM structure of the Gasdermin A3 membrane pore
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-7451:
Cryo-EM structure of the Gasdermin A3 membrane pore
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

化合物

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Pyroptosis / Pore forming protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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