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タイトルCryo-EM structure of the polycystic kidney disease-like channel PKD2L1.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 9, Issue 1, Page 1192, Year 2018
掲載日2018年3月22日
著者Qiang Su / Feizhuo Hu / Yuxia Liu / Xiaofei Ge / Changlin Mei / Shengqiang Yu / Aiwen Shen / Qiang Zhou / Chuangye Yan / Jianlin Lei / Yanqing Zhang / Xiaodong Liu / Tingliang Wang /
PubMed 要旨PKD2L1, also termed TRPP3 from the TRPP subfamily (polycystic TRP channels), is involved in the sour sensation and other pH-dependent processes. PKD2L1 is believed to be a nonselective cation channel ...PKD2L1, also termed TRPP3 from the TRPP subfamily (polycystic TRP channels), is involved in the sour sensation and other pH-dependent processes. PKD2L1 is believed to be a nonselective cation channel that can be regulated by voltage, protons, and calcium. Despite its considerable importance, the molecular mechanisms underlying PKD2L1 regulations are largely unknown. Here, we determine the PKD2L1 atomic structure at 3.38 Å resolution by cryo-electron microscopy, whereby side chains of nearly all residues are assigned. Unlike its ortholog PKD2, the pore helix (PH) and transmembrane segment 6 (S6) of PKD2L1, which are involved in upper and lower-gate opening, adopt an open conformation. Structural comparisons of PKD2L1 with a PKD2-based homologous model indicate that the pore domain dilation is coupled to conformational changes of voltage-sensing domains (VSDs) via a series of π-π interactions, suggesting a potential PKD2L1 gating mechanism.
リンクNat Commun / PubMed:29567962 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.38 Å
構造データ

6877

5z1w

EMDB-6877, PDB-5z1w:
Cryo-EM structure of polycystic kidney disease-like channel PKD2L1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.38 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / channel / cryo-EM

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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