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Structure paper

タイトルEye patches: Protein assembly of index-gradient squid lenses.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 357, Issue 6351, Page 564-569, Year 2017
掲載日2017年8月11日
著者J Cai / J P Townsend / T C Dodson / P A Heiney / A M Sweeney /
PubMed 要旨A parabolic relationship between lens radius and refractive index allows spherical lenses to avoid spherical aberration. We show that in squid, patchy colloidal physics resulted from an evolutionary ...A parabolic relationship between lens radius and refractive index allows spherical lenses to avoid spherical aberration. We show that in squid, patchy colloidal physics resulted from an evolutionary radiation of globular S-crystallin proteins. Small-angle x-ray scattering experiments on lens tissue show colloidal gels of S-crystallins at all radial positions. Sparse lens materials form via low-valence linkages between disordered loops protruding from the protein surface. The loops are polydisperse and bind via a set of hydrogen bonds between disordered side chains. Peripheral lens regions with low particle valence form stable, volume-spanning gels at low density, whereas central regions with higher average valence gel at higher densities. The proteins demonstrate an evolved set of linkers for self-assembly of nanoparticles into volumetric materials.
リンクScience / PubMed:28798124 / PubMed Central
手法SAS (X-ray synchrotron)
構造データ

SASDCQ5:
SAXS on intact Doryteuthis squid lens 100% layer (S-crystallin, Q25367_DOROP, S-crystallin, Q25367)
手法: SAXS/SANS

SASDCR5:
SAXS on intact Doryteuthis squid lens 80% layer (S-crystallin, Q25367_DOROP, S-crystallin, Q25367)
手法: SAXS/SANS

SASDCS5:
SAXS on intact Doryteuthis squid lens 60% layer (S-crystallin, Q25367_DOROP, S-crystallin, Q25367)
手法: SAXS/SANS

SASDCT5:
SAXS on intact Doryteuthis squid lens 40% layer (S-crystallin, Q25367_DOROP, S-crystallin, Q25367)
手法: SAXS/SANS

SASDCU5: SAXS dilution series on ground Doryteuthis squid lens 100% layer
手法: SAXS/SANS

由来
  • Doryteuthis pealeii (無脊椎動物)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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