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タイトルThe Structural Basis of Actin Organization by Vinculin and Metavinculin.
ジャーナル・号・ページJ Mol Biol, Vol. 428, Issue 1, Page 10-25, Year 2016
掲載日2016年1月16日
著者Laura Y Kim / Peter M Thompson / Hyunna T Lee / Mihir Pershad / Sharon L Campbell / Gregory M Alushin /
PubMed 要旨Vinculin is an essential adhesion protein that links membrane-bound integrin and cadherin receptors through their intracellular binding partners to filamentous actin, facilitating mechanotransduction. ...Vinculin is an essential adhesion protein that links membrane-bound integrin and cadherin receptors through their intracellular binding partners to filamentous actin, facilitating mechanotransduction. Here we present an 8.5-Å-resolution cryo-electron microscopy reconstruction and pseudo-atomic model of the vinculin tail (Vt) domain bound to F-actin. Upon actin engagement, the N-terminal "strap" and helix 1 are displaced from the Vt helical bundle to mediate actin bundling. We find that an analogous conformational change also occurs in the H1' helix of the tail domain of metavinculin (MVt) upon actin binding, a muscle-specific splice isoform that suppresses actin bundling by Vt. These data support a model in which metavinculin tunes the actin bundling activity of vinculin in a tissue-specific manner, providing a mechanistic framework for understanding metavinculin mutations associated with hereditary cardiomyopathies.
リンクJ Mol Biol / PubMed:26493222 / PubMed Central
手法EM (らせん対称)
解像度7.6 - 19.2 Å
構造データ

6446

3jbi

EMDB-6446: Cryo-EM reconstruction of the vinculin-actin interface
PDB-3jbi: MDFF model of the vinculin tail domain bound to F-actin
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.5 Å

6447

3jbk

EMDB-6447, PDB-3jbk:
Cryo-EM reconstruction of the metavinculin-actin interface
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.2 Å

6448

3jbj

EMDB-6448, PDB-3jbj:
Cryo-EM reconstruction of F-actin
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 7.6 Å

EMDB-6449:
Unsharpened cryo-EM reconstruction of the vinculin-actin interface for difference map calculation
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.5 Å

EMDB-6450:
Unsharpened cryo-EM reconstruction of the Vt-GFP-actin interface for difference map calculation
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 19.2 Å

EMDB-6451:
Unsharpened cryo-EM reconstruction of the GFP-E892-Vt-actin interface for difference map calculation
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 16.4 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • oryctolagus cuniculus (ウサギ)
  • gallus gallus (ニワトリ)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / cytoskeleton / adhesion / actin / cell migration / mechanosensation / metavinculin / vinculin

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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