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タイトルProtein synthesis. Rqc2p and 60S ribosomal subunits mediate mRNA-independent elongation of nascent chains.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 347, Issue 6217, Page 75-78, Year 2015
掲載日2015年1月2日
著者Peter S Shen / Joseph Park / Yidan Qin / Xueming Li / Krishna Parsawar / Matthew H Larson / James Cox / Yifan Cheng / Alan M Lambowitz / Jonathan S Weissman / Onn Brandman / Adam Frost /
PubMed 要旨In Eukarya, stalled translation induces 40S dissociation and recruitment of the ribosome quality control complex (RQC) to the 60S subunit, which mediates nascent chain degradation. Here we report ...In Eukarya, stalled translation induces 40S dissociation and recruitment of the ribosome quality control complex (RQC) to the 60S subunit, which mediates nascent chain degradation. Here we report cryo-electron microscopy structures revealing that the RQC components Rqc2p (YPL009C/Tae2) and Ltn1p (YMR247C/Rkr1) bind to the 60S subunit at sites exposed after 40S dissociation, placing the Ltn1p RING (Really Interesting New Gene) domain near the exit channel and Rqc2p over the P-site transfer RNA (tRNA). We further demonstrate that Rqc2p recruits alanine- and threonine-charged tRNA to the A site and directs the elongation of nascent chains independently of mRNA or 40S subunits. Our work uncovers an unexpected mechanism of protein synthesis, in which a protein--not an mRNA--determines tRNA recruitment and the tagging of nascent chains with carboxy-terminal Ala and Thr extensions ("CAT tails").
リンクScience / PubMed:25554787 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.5 - 8.4 Å
構造データ

EMDB-2811:
Electron cryo-microscopy of yeast 60S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-2812:
Electron cryo-microscopy of Rqc2 bound to yeast 60S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.0 Å

EMDB-6169:
Electron cryo-microscopy of Rqc2 bound to yeast 60S ribosome, Rqc2-focused alignment
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.7 Å

EMDB-6170:
Electron cryo-microscopy of Ltn1, Rqc2 bound to yeast 60S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.2 Å

EMDB-6171:
Electron cryo-microscopy of peptidyl-tRNA bound to yeast 60S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.9 Å

EMDB-6172:
Electron cryo-microscopy of Tif6p bound to peptidyl-tRNA-60S ribosomes
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.4 Å

EMDB-6173:
Electron cryo-microscopy of peptidyl-(~A/P)tRNA-60S particles, ES27out
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.6 Å

EMDB-6174:
Electron cryo-microscopy of peptidyl-(~A/P)tRNA-60S particles, ES27in
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.6 Å

EMDB-6175:
Electron cryo-microscopy of peptidyl-(~E and ~P/E)tRNA-60S particles, L1 closed
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.6 Å

EMDB-6176:
Electron cryo-microscopy of RQC particles purified from Rqc2-deletion yeast strain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.4 Å

EMDB-6201:
Electron cryo-microscopy of peptidyl-tRNA bound to yeast 60S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

由来
  • Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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