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Structure paper

タイトルMolecular mechanisms of retroviral integrase inhibition and the evolution of viral resistance.
ジャーナル・号・ページProc. Natl. Acad. Sci. USA, Vol. 107, Page 20057-20062, Year 2010
掲載日2010年9月23日 (構造データの登録日)
著者Hare, S. / Vos, A.M. / Clayton, R.F. / Thuring, J.W. / Cummings, M.D. / Cherepanov, P.
リンクProc. Natl. Acad. Sci. USA / PubMed:21030679
手法X線回折
解像度2.02 - 2.74 Å
構造データ

PDB-3oya:
Crystal structure of the Prototype Foamy Virus (PFV) intasome in complex with magnesium and raltegravir at 2.65 resolution
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.65 Å

PDB-3oyb:
Crystal structure of the Prototype Foamy Virus (PFV) intasome in complex with magnesium and the INSTI MK2048
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.54 Å

PDB-3oyc:
Crystal structure of the Prototype Foamy Virus (PFV) intasome in complex with magnesium and the INSTI PICA
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.66 Å

PDB-3oyd:
Crystal structure of the Prototype Foamy Virus (PFV) intasome in complex with magnesium and the INSTI GS9160
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.54 Å

PDB-3oye:
Crystal structure of the Prototype Foamy Virus (PFV) intasome in complex with magnesium and the INSTI Compound2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.74 Å

PDB-3oyf:
Crystal structure of the Prototype Foamy Virus (PFV) intasome in complex with magnesium and the INSTI L-870,810
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.51 Å

PDB-3oyg:
Crystal structure of the Prototype Foamy Virus (PFV) intasome in complex with magnesium and the INSTI Compound1 (CompoundG)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.56 Å

PDB-3oyh:
Crystal structure of the Prototype Foamy Virus (PFV) intasome in complex with magnesium and the INSTI MK0536
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.74 Å

PDB-3oyi:
Crystal structure of the PFV S217Q mutant intasome in complex with manganese
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.72 Å

PDB-3oyj:
Crystal structure of the PFV S217Q mutant intasome in complex with magnesium and the INSTI MK2048
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.68 Å

PDB-3oyk:
Crystal structure of the PFV S217H mutant intasome bound to manganese
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.72 Å

PDB-3oyl:
Crystal structure of the PFV S217H mutant intasome bound to magnesium and the INSTI MK2048
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.54 Å

PDB-3oym:
Crystal structure of the PFV N224H mutant intasome bound to manganese
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.02 Å

PDB-3oyn:
Crystal structure of the PFV N224H mutant intasome bound to magnesium and the INSTI MK2048
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.68 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-NH4:
AMMONIUM ION / アンモニウム

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-RLT:
N-(4-fluorobenzyl)-5-hydroxy-1-methyl-2-(1-methyl-1-{[(5-methyl-1,3,4-oxadiazol-2-yl)carbonyl]amino}ethyl)-6-oxo-1,6-di / ラルテグラビル / 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-ZZX:
(6S)-2-(3-chloro-4-fluorobenzyl)-8-ethyl-10-hydroxy-N,6-dimethyl-1,9-dioxo-1,2,6,7,8,9-hexahydropyrazino[1',2':1,5]pyrrolo[2,3-d]pyridazine-4-carboxamide / 阻害剤*YM

ChemComp-ZZW:
9-(4-fluorobenzyl)-N-hydroxy-9H-beta-carboline-3-carboxamide

ChemComp-ZZV:
N-[7-(4-fluorobenzyl)-9-hydroxy-8-oxo-7,8-dihydro-6H-pyrrolo[3,4-g]quinolin-5-yl]-N-methylmethanesulfonamide

ChemComp-ZYY:
N-[(6S)-2-(4-fluorobenzyl)-10-hydroxy-6-methyl-8-(1-methylethyl)-1,9-dioxo-1,2,6,7,8,9-hexahydropyrazino[1',2':1,5]pyrrolo[2,3-d]pyridazin-4-yl]-N-methylmethanesulfonamide

ChemComp-ZYP:
5-(1,1-dioxido-1,2-thiazinan-2-yl)-N-(4-fluorobenzyl)-8-hydroxy-1,6-naphthyridine-7-carboxamide / L-870810

ChemComp-ZYO:
(6S)-2-(3-chloro-4-fluorobenzyl)-8-ethyl-10-hydroxy-6-methyl-4-(5-methyl-1,1-dioxido-1,2,5-thiadiazolidin-2-yl)-7,8-dihydropyrazino[1',2':1,5]pyrrolo[2,3-d]pyridazine-1,9(2H,6H)-dione

ChemComp-ZYN:
6-(3-chloro-4-fluorobenzyl)-4-hydroxy-N,N-dimethyl-2-(1-methylethyl)-3,5-dioxo-2,3,5,6,7,8-hexahydro-2,6-naphthyridine-1-carboxamide / N,N-ジメチル-2-イソプロピル-3,5-ジオキソ-4-ヒドロキシ-6-(3-クロロ-4-フルオロベンジル)-2,3(以下略)

ChemComp-MN:
Unknown entry

ChemComp-HEZ:
HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル

由来
  • human spumaretrovirus (ウイルス)
キーワードRECOMBINATION / VIRAL PROTEIN/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / TETRAMER / DNA INTEGRATION / ENDONUCLEASE / METAL-BINDING / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / NUCLEASE / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / NUCLEUS / TRANSFERASE / VIRAL NUCLEOPROTEIN / VIRION / DNA-BINDING / ZINC BINDING / HHCC MOTIF / VIRAL PROTEIN / INHIBITOR / DNA-BINDING PROTEIN-DNA complex / VIRAL PROTEIN-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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