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タイトル4.0-A resolution cryo-EM structure of the mammalian chaperonin TRiC/CCT reveals its unique subunit arrangement.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 107, Issue 11, Page 4967-4972, Year 2010
掲載日2010年3月16日
著者Yao Cong / Matthew L Baker / Joanita Jakana / David Woolford / Erik J Miller / Stefanie Reissmann / Ramya N Kumar / Alyssa M Redding-Johanson / Tanveer S Batth / Aindrila Mukhopadhyay / Steven J Ludtke / Judith Frydman / Wah Chiu /
PubMed 要旨The essential double-ring eukaryotic chaperonin TRiC/CCT (TCP1-ring complex or chaperonin containing TCP1) assists the folding of approximately 5-10% of the cellular proteome. Many TRiC substrates ...The essential double-ring eukaryotic chaperonin TRiC/CCT (TCP1-ring complex or chaperonin containing TCP1) assists the folding of approximately 5-10% of the cellular proteome. Many TRiC substrates cannot be folded by other chaperonins from prokaryotes or archaea. These unique folding properties are likely linked to TRiC's unique heterooligomeric subunit organization, whereby each ring consists of eight different paralogous subunits in an arrangement that remains uncertain. Using single particle cryo-EM without imposing symmetry, we determined the mammalian TRiC structure at 4.7-A resolution. This revealed the existence of a 2-fold axis between its two rings resulting in two homotypic subunit interactions across the rings. A subsequent 2-fold symmetrized map yielded a 4.0-A resolution structure that evinces the densities of a large fraction of side chains, loops, and insertions. These features permitted unambiguous identification of all eight individual subunits, despite their sequence similarity. Independent biochemical near-neighbor analysis supports our cryo-EM derived TRiC subunit arrangement. We obtained a Calpha backbone model for each subunit from an initial homology model refined against the cryo-EM density. A subsequently optimized atomic model for a subunit showed approximately 95% of the main chain dihedral angles in the allowable regions of the Ramachandran plot. The determination of the TRiC subunit arrangement opens the way to understand its unique function and mechanism. In particular, an unevenly distributed positively charged wall lining the closed folding chamber of TRiC differs strikingly from that of prokaryotic and archaeal chaperonins. These interior surface chemical properties likely play an important role in TRiC's cellular substrate specificity.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:20194787 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.0 - 4.7 Å
構造データ

5145

3iyg

3ktt

EMDB-5145: 4.7 Angstrom asymmetric cryo-EM map of TRiC in the both-ring closed ATP-AlFx state
PDB-3iyg: Ca model of bovine TRiC/CCT derived from a 4.0 Angstrom cryo-EM map
PDB-3ktt: Atomic model of bovine TRiC CCT2(beta) subunit derived from a 4.0 Angstrom cryo-EM map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

5148

3iyg

3ktt

EMDB-5148: 4.0 Angstrom two-fold imposed cryo-EM map of TRiC in the both-ring closed ATP-AlFx state
PDB-3iyg: Ca model of bovine TRiC/CCT derived from a 4.0 Angstrom cryo-EM map
PDB-3ktt: Atomic model of bovine TRiC CCT2(beta) subunit derived from a 4.0 Angstrom cryo-EM map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

由来
  • bos taurus (ウシ)
キーワードCHAPERONE / TRiC/CCT / Asymmetric / Cryo-EM / subunit arrangement / ATP-binding / Isopeptide bond / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Disulfide bond / CCT2(beta) / Acetylation / Cytoplasm

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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