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タイトルCrystal structure of CD155 and electron microscopic studies of its complexes with polioviruses.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 105, Issue 47, Page 18284-18289, Year 2008
掲載日2008年11月25日
著者Ping Zhang / Steffen Mueller / Marc C Morais / Carol M Bator / Valorie D Bowman / Susan Hafenstein / Eckard Wimmer / Michael G Rossmann /
PubMed 要旨When poliovirus (PV) recognizes its receptor, CD155, the virus changes from a 160S to a 135S particle before releasing its genome into the cytoplasm. CD155 is a transmembrane protein with 3 Ig-like ...When poliovirus (PV) recognizes its receptor, CD155, the virus changes from a 160S to a 135S particle before releasing its genome into the cytoplasm. CD155 is a transmembrane protein with 3 Ig-like extracellular domains, D1-D3, where D1 is recognized by the virus. The crystal structure of D1D2 has been determined to 3.5-A resolution and fitted into approximately 8.5-A resolution cryoelectron microscopy reconstructions of the virus-receptor complexes for the 3 PV serotypes. These structures show that, compared with human rhinoviruses, the virus-receptor interactions for PVs have a greater dependence on hydrophobic interactions, as might be required for a virus that can inhabit environments of different pH. The pocket factor was shown to remain in the virus during the first recognition stage. The present structures, when combined with earlier mutational investigations, show that in the subsequent entry stage the receptor moves further into the canyon when at a physiological temperature, thereby expelling the pocket factor and separating the viral subunits to form 135S particles. These results provide a detailed analysis of how a nonenveloped virus can enter its host cell.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:19011098 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度3.5005 - 9.0 Å
構造データ

1562

3epd

EMDB-1562: CryoEM reconstructions of PV3 complexed with deglycosylated CD155
PDB-3epd: CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.0 Å

1563

3epf

EMDB-1563: CryoEM reconstructions of PV2 complexed with deglycosylated CD155
PDB-3epf: CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.0 Å

1570

3epc

EMDB-1570: CryoEM reconstructions of PV1 complexed with deglycosylated CD155
PDB-3epc: CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.0 Å

PDB-3uro:
Poliovirus receptor CD155 D1D2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.5005 Å

化合物

ChemComp-SPH:
SPHINGOSINE

ChemComp-MYR:
MYRISTIC ACID / ミリスチン酸

ChemComp-SC4:
1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE / Sch-48973

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • human poliovirus 1 mahoney (ポリオウイルス)
  • human poliovirus 3 (ポリオウイルス)
  • poliovirus type 2 (ポリオウイルス)
キーワードVIRUS / CD155 structure Immunoglobulin Superfamily / poliovirus capsid jelly role / Cell adhesion / Cell membrane / Glycoprotein / Host-virus interaction / Immunoglobulin domain / Membrane / Receptor / Secreted / Transmembrane / VIRAL PROTEIN / poliovirus receptor ectodomain / Immunoglobulin Super Family

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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