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タイトルType IV pilus structure by cryo-electron microscopy and crystallography: implications for pilus assembly and functions.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 23, Issue 5, Page 651-662, Year 2006
掲載日2006年9月1日
著者Lisa Craig / Niels Volkmann / Andrew S Arvai / Michael E Pique / Mark Yeager / Edward H Egelman / John A Tainer /
PubMed 要旨Type IV pili (T4P) are long, thin, flexible filaments on bacteria that undergo assembly-disassembly from inner membrane pilin subunits and exhibit astonishing multifunctionality. Neisseria ...Type IV pili (T4P) are long, thin, flexible filaments on bacteria that undergo assembly-disassembly from inner membrane pilin subunits and exhibit astonishing multifunctionality. Neisseria gonorrhoeae (gonococcal or GC) T4P are prototypic virulence factors and immune targets for increasingly antibiotic-resistant human pathogens, yet detailed structures are unavailable for any T4P. Here, we determined a detailed experimental GC-T4P structure by quantitative fitting of a 2.3 A full-length pilin crystal structure into a 12.5 A resolution native GC-T4P reconstruction solved by cryo-electron microscopy (cryo-EM) and iterative helical real space reconstruction. Spiraling three-helix bundles form the filament core, anchor the globular heads, and provide strength and flexibility. Protruding hypervariable loops and posttranslational modifications in the globular head shield conserved functional residues in pronounced grooves, creating a surprisingly corrugated pilus surface. These results clarify T4P multifunctionality and assembly-disassembly while suggesting unified assembly mechanisms for T4P, archaeal flagella, and type II secretion system filaments.
リンクMol Cell / PubMed:16949362
手法EM (らせん対称) / X線回折
解像度2.3 - 12.5 Å
構造データ

1236

2hil

EMDB-1236: Type IV pilus structure by cryo-electron microscopy and crystallography: implications for pilus assembly and functions.
PDB-2hil: Structure of the Neisseria gonorrhoeae Type IV pilus filament from x-ray crystallography and electron cryomicroscopy
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 12.5 Å

PDB-2hi2:
Crystal structure of native Neisseria gonorrhoeae Type IV pilin at 2.3 Angstroms Resolution
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

化合物

ChemComp-HTO:
HEPTANE-1,2,3-TRIOL

ChemComp-OPE:
PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER / ホスホエタノ-ルアミン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • neisseria gonorrhoeae (淋菌)
キーワードCELL ADHESION / TYPE IV PILIN / FIBER-FORMING PROTEIN / membrane protein / DNA binding protein / contractile protein / TYPE IV PILI / virulence factors / natural transformation / antigenic variation

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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