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タイトルAtomic structure of the entire mammalian mitochondrial complex I.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 538, Issue 7625, Page 406-410, Year 2016
掲載日2016年10月20日
著者Karol Fiedorczuk / James A Letts / Gianluca Degliesposti / Karol Kaszuba / Mark Skehel / Leonid A Sazanov /
PubMed 要旨Mitochondrial complex I (also known as NADH:ubiquinone oxidoreductase) contributes to cellular energy production by transferring electrons from NADH to ubiquinone coupled to proton translocation ...Mitochondrial complex I (also known as NADH:ubiquinone oxidoreductase) contributes to cellular energy production by transferring electrons from NADH to ubiquinone coupled to proton translocation across the membrane. It is the largest protein assembly of the respiratory chain with a total mass of 970 kilodaltons. Here we present a nearly complete atomic structure of ovine (Ovis aries) mitochondrial complex I at 3.9 Å resolution, solved by cryo-electron microscopy with cross-linking and mass-spectrometry mapping experiments. All 14 conserved core subunits and 31 mitochondria-specific supernumerary subunits are resolved within the L-shaped molecule. The hydrophilic matrix arm comprises flavin mononucleotide and 8 iron-sulfur clusters involved in electron transfer, and the membrane arm contains 78 transmembrane helices, mostly contributed by antiporter-like subunits involved in proton translocation. Supernumerary subunits form an interlinked, stabilizing shell around the conserved core. Tightly bound lipids (including cardiolipins) further stabilize interactions between the hydrophobic subunits. Subunits with possible regulatory roles contain additional cofactors, NADPH and two phosphopantetheine molecules, which are shown to be involved in inter-subunit interactions. We observe two different conformations of the complex, which may be related to the conformationally driven coupling mechanism and to the active-deactive transition of the enzyme. Our structure provides insight into the mechanism, assembly, maturation and dysfunction of mitochondrial complex I, and allows detailed molecular analysis of disease-causing mutations.
リンクNature / PubMed:27595392 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.9 Å
構造データ

EMDB-4084:
Entire ovine respiratory complex I
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-4090:
Ovine respiratory complex I, peripheral arm
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-4091:
Ovine respiratory complex I, membrane domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-4093: Entire ovine respiratory complex I, Combined Map
PDB-5lnk: Entire ovine respiratory complex I
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

化合物

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-NDP:
NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH

ChemComp-ZMP:
S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate

ChemComp-PNS:
4'-PHOSPHOPANTETHEINE / パンテテイン4′-りん酸

由来
  • ovis aries (ヒツジ)
  • Sheep (ヒツジ)
キーワードOXIDOREDUCTASE / NADH:ubiquinone / complex I / mammalian / mitochondrial

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EMN文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2021年10月5日: 温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

  • 2021年のノーベル医学・生理学賞は、温度と触覚の受容体を発見したデビッド・ジュリアスとアーデム・パタポウティアンに共同で授与されました
  • EM Navigatorでは、両先駆者によるクライオEM構造データを見つけることができます

外部リンク:The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2021 - NobelPrize.org / Structure data by Ardem Patapoutian / Structure data by David Julius

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年7月5日: テキストデータのダウンロード

テキストデータのダウンロード

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EM Navigator 統計情報表データCSV, TSV

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3DEM構造データから引用されている文献のデータベース

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