[日本語] English
EMN文献
- 3DEM構造データから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルCleavage-independent activation of ancient eukaryotic gasdermins and structural mechanisms.
ジャーナル・号・ページScience, Page eadm9190, Year 2024
掲載日2024年4月25日
著者Yueyue Li / Yanjie Hou / Qi Sun / Huan Zeng / Fanyi Meng / Xiang Tian / Qun He / Feng Shao / Jingjin Ding /
PubMed 要旨Gasdermins (GSDMs) are pore-forming proteins that execute pyroptosis for immune defense. GSDMs are two-domain proteins, activated by proteolytic removal of the inhibitory domain. Here we report two ...Gasdermins (GSDMs) are pore-forming proteins that execute pyroptosis for immune defense. GSDMs are two-domain proteins, activated by proteolytic removal of the inhibitory domain. Here we report two types of cleavage-independent GSDM activation. First, GSDM, a pore-forming-domain-only protein from the basal metazoan , is a disulfides-linked autoinhibited dimer, activated by reduction of the disulfides. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure illustrates assembly mechanism for the 44-mer GSDM pore. Second, RCD-1-1/RCD-1-2, encoded by polymorphic in filamentous fungus , are also pore-forming-domain-only GSDMs. RCD-1-1 and RCD-1-2, when encountering each other, form pores and cause pyroptosis, underlying allorecognition in . Cryo-EM structure reveals a pore of 11 RCD-1-1/RCD-1-2 heterodimers and heterodimerization-triggered pore assembly mechanism. This study shows mechanistic diversities in GSDM activation and indicates versatile functions of GSDMs.
リンクScience / PubMed:38662913
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.86 - 3.63 Å
構造データ

EMDB-36732, PDB-8jyw:
Cryo-EM structure of the gasdermin pore from Trichoplax adhaerens
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-36733: Cryo-EM structure of the gasdermin pore from Trichoplax adhaerens
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.34 Å

EMDB-36734, PDB-8jyz:
Cryo-EM structure of RCD-1 pore from Neurospora crassa
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.63 Å

PDB-8jyv:
Crystal structure of the gasdermin from Trichoplax adhaerens
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.86 Å

PDB-8jyx:
Crystal structure of the gasdermin-like protein RCD-1-1 from Neurospora crassa
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.35 Å

PDB-8jyy:
Crystal structure of the gasdermin-like protein RCD-1-2 from Neurospora crassa
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.65 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER /

由来
  • trichoplax adhaerens (センモウヒラムシ)
  • neurospora crassa (アカパンカビ)
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Pyroptosis / Gasdermnin / Ggasdermin / Pore-forming / Allorecognition / Pore

+
EMN文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2021年10月5日: 温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

  • 2021年のノーベル医学・生理学賞は、温度と触覚の受容体を発見したデビッド・ジュリアスとアーデム・パタポウティアンに共同で授与されました
  • EM Navigatorでは、両先駆者によるクライオEM構造データを見つけることができます

外部リンク:The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2021 - NobelPrize.org / Structure data by Ardem Patapoutian / Structure data by David Julius

+
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年7月5日: テキストデータのダウンロード

テキストデータのダウンロード

EM Navigatorの以下のサービスのデータが、テキスト形式でダウンロードできるようになりました。ダウンロードしたデータをExcelなどで読み込むことができます。

ページデータフォーマット
EM Navigator 検索検索結果CSV, TSV, JSON
EM Navigator 統計情報表データCSV, TSV

関連情報:EMN検索 / EMN統計情報

-
EMN文献

3DEM構造データから引用されている文献のデータベース

  • EMDDBとPDBの3次元電子顕微鏡エントリから引用されている文献のデータベースです。
  • PubMedのデータを利用しています。

関連情報:EMDB / PDB / Q: EM Navigatorの情報源は? / EM Navigator / 万見文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る