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- PDB-8jyx: Crystal structure of the gasdermin-like protein RCD-1-1 from Neur... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jyx
タイトルCrystal structure of the gasdermin-like protein RCD-1-1 from Neurospora crassa
要素Maltodextrin-binding protein,Gasdermin-like protein rcd-1-1
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Pyroptosis / Gasdermnin / Allorecognition
機能・相同性
機能・相同性情報


wide pore channel activity / プログラム細胞死 / carbohydrate transmembrane transporter activity / outer membrane-bounded periplasmic space / protein heterodimerization activity / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Maltodextrin-binding protein / Gasdermin-like protein rcd-1-1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Neurospora crassa (アカパンカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Li, Y. / Hou, Y.J. / Ding, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: Cleavage-independent activation of ancient eukaryotic gasdermins and structural mechanisms.
著者: Yueyue Li / Yanjie Hou / Qi Sun / Huan Zeng / Fanyi Meng / Xiang Tian / Qun He / Feng Shao / Jingjin Ding /
要旨: Gasdermins (GSDMs) are pore-forming proteins that execute pyroptosis for immune defense. GSDMs are two-domain proteins, activated by proteolytic removal of the inhibitory domain. Here we report two ...Gasdermins (GSDMs) are pore-forming proteins that execute pyroptosis for immune defense. GSDMs are two-domain proteins, activated by proteolytic removal of the inhibitory domain. Here we report two types of cleavage-independent GSDM activation. First, GSDM, a pore-forming-domain-only protein from the basal metazoan , is a disulfides-linked autoinhibited dimer, activated by reduction of the disulfides. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure illustrates assembly mechanism for the 44-mer GSDM pore. Second, RCD-1-1/RCD-1-2, encoded by polymorphic in filamentous fungus , are also pore-forming-domain-only GSDMs. RCD-1-1 and RCD-1-2, when encountering each other, form pores and cause pyroptosis, underlying allorecognition in . Cryo-EM structure reveals a pore of 11 RCD-1-1/RCD-1-2 heterodimers and heterodimerization-triggered pore assembly mechanism. This study shows mechanistic diversities in GSDM activation and indicates versatile functions of GSDMs.
履歴
登録2023年7月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltodextrin-binding protein,Gasdermin-like protein rcd-1-1
B: Maltodextrin-binding protein,Gasdermin-like protein rcd-1-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,9154
ポリマ－139,2312
非ポリマー6852
水2,918162
1
A: Maltodextrin-binding protein,Gasdermin-like protein rcd-1-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9582
ポリマ－69,6151
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Maltodextrin-binding protein,Gasdermin-like protein rcd-1-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9582
ポリマ－69,6151
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.144, 91.911, 105.868
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.380, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Maltodextrin-binding protein,Gasdermin-like protein rcd-1-1 / Regulator of cell death 1-1


分子量: 69615.359 Da / 分子数: 2
変異: D108A, K109A, E198A, N199A, K265A, K388A, D389A, K174A, K175A, K176A
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Neurospora crassa (アカパンカビ)
遺伝子: malE, NCTC8450_00456, NCTC9775_03059, rcd-1-1, NCU05712
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A376KDN7, UniProt: Q7SBA0
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 栄養素栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.84 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.1 M Bicine pH 7.4, 11% PEG 3350, 3% (w/v) D(+)-Glucose monohydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→79.55 Å / Num. obs: 63588 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 45.4 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4459 / CC1/2: 0.881 / Rpim(I) all: 0.465 / Rrim(I) all: 0.886 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→45.96 Å / SU ML: 0.3492 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.9576
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2481 2000 3.15 %
Rwork0.2165 61475 -
obs0.2175 63475 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→45.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8741 0 46 162 8949
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00219010
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.460212220
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.18261328
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00311559
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.35353280
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.410.39981420.32734362X-RAY DIFFRACTION99.78
2.41-2.470.36531410.31454350X-RAY DIFFRACTION99.76
2.47-2.550.3951440.30194394X-RAY DIFFRACTION99.71
2.55-2.630.35061410.28964342X-RAY DIFFRACTION99.78
2.63-2.720.35441420.27814365X-RAY DIFFRACTION99.91
2.72-2.830.27211420.2544369X-RAY DIFFRACTION99.91
2.83-2.960.26061440.2494410X-RAY DIFFRACTION99.91
2.96-3.120.25751430.24664402X-RAY DIFFRACTION99.87
3.12-3.310.27991420.25244378X-RAY DIFFRACTION99.96
3.31-3.570.2561430.22654379X-RAY DIFFRACTION100
3.57-3.930.26571420.22754390X-RAY DIFFRACTION99.26
3.93-4.490.21221440.18174411X-RAY DIFFRACTION99.87
4.49-5.660.20311440.16544437X-RAY DIFFRACTION99.96
5.66-45.960.1791460.16684486X-RAY DIFFRACTION99.04

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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