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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2073 | |||||||||
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タイトル | Structure of the dengue virus glycoprotein non-structural protein 1 by electron microscopy and single-particle analysis | |||||||||
マップデータ | 3D reconstruction of recombinant DENV-2 sNS1 protein | |||||||||
試料 |
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キーワード | Flavivirus / Dengue (デング熱) / NS1 / glycoprotein (糖タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | Flavivirus non-structural protein NS1 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Dengue virus 2 (デング熱ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 23.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Muller DA / Landsberg MJ / Bletchly C / Rothnagel R / Waddington L / Hankamer B / Young PR | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Gen Virol / 年: 2012 タイトル: Structure of the dengue virus glycoprotein non-structural protein 1 by electron microscopy and single-particle analysis. 著者: David A Muller / Michael J Landsberg / Cheryl Bletchly / Rosalba Rothnagel / Lynne Waddington / Ben Hankamer / Paul R Young / 要旨: The flavivirus non-structural protein 1 (NS1) is a glycoprotein that is secreted as a soluble hexameric complex during the course of natural infection. Growing evidence indicates that this secreted ...The flavivirus non-structural protein 1 (NS1) is a glycoprotein that is secreted as a soluble hexameric complex during the course of natural infection. Growing evidence indicates that this secreted form of NS1 (sNS1) plays a significant role in immune evasion and modulation during infection. Attempts to determine the crystal structure of NS1 have been unsuccessful to date and relatively little is known about the macromolecular organization of the sNS1 hexamer. Here, we have applied single-particle analysis to images of baculovirus-derived recombinant dengue 2 virus NS1 obtained by electron microscopy to determine its 3D structure to a resolution of 23 Å. This structure reveals a barrel-like organization of the three dimeric units that comprise the hexamer and provides further insights into the overall organization of oligomeric sNS1. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2073.map.gz | 1.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2073-v30.xml emd-2073.xml | 9.9 KB 9.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_2073.jpg | 37.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2073 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2073 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2073.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 3D reconstruction of recombinant DENV-2 sNS1 protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.86 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Secreted form of DENV-2 NS1
全体 | 名称: Secreted form of DENV-2 NS1 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Secreted form of DENV-2 NS1
超分子 | 名称: Secreted form of DENV-2 NS1 / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Monodisperse sample as assessed by SEC / 集合状態: Homohexamer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 246 KDa |
-分子 #1: Non structural protein 1
分子 | 名称: Non structural protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: NS1 / コピー数: 6 / 集合状態: Hexamer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Dengue virus 2 (デング熱ウイルス) / 別称: Dengue virus 2 / 細胞中の位置: Secreted |
分子量 | 理論値: 41 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera (蝶・蛾) / 組換プラスミド: pFastBac |
配列 | InterPro: Flavivirus non-structural protein NS1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris, 300 mM NaCl |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Grids with adsorbed protein washed with an aqueous solution of 2% (w/v) uranyl acetate for 30 seconds. |
グリッド | 詳細: 400 mesh copper grid with thin carbon support, glow discharged |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 12 |
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電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.2 µm / 倍率(公称値): 68000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: FEI single tilt room temperature / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
温度 | 平均: 295 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 93,000 times magnification |
日付 | 2003年9月17日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000 デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 40 / 平均電子線量: 60 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8 |
-画像解析
最終 2次元分類 | クラス数: 174 |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC, EMAN, XMIPP 詳細: An exhaustive evaluation of point symmetry was performed as described in the associated manuscript 使用した粒子像数: 3523 |
詳細 | Particles selected semi-automatically using the SWARM-PS software |