[日本語] English
万見
- EMDB-3868: Cryo-EM single particle reconstruction of Melbournevirus particle. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3868
タイトルCryo-EM single particle reconstruction of Melbournevirus particle.
マップデータMelbournevirus capsid(applied inner mask)
試料Melbournevirus particle != Melbournevirus

Melbournevirus particle

  • ウイルス: Melbournevirus (ウイルス)
生物種Melbournevirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 26.3 Å
データ登録者Okamoto K / Miyazaki N / Reddy KNH / Hantke FM / Maia RNCF / Larsson SDD / Abergel C / Claverie JM / Hajdu J / Murata K / Svenda M
引用ジャーナル: Virology / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM structure of a Marseilleviridae virus particle reveals a large internal microassembly.
著者: Kenta Okamoto / Naoyuki Miyazaki / Hemanth K N Reddy / Max F Hantke / Filipe R N C Maia / Daniel S D Larsson / Chantal Abergel / Jean-Michel Claverie / Janos Hajdu / Kazuyoshi Murata / Martin Svenda /
要旨: Nucleocytoplasmic large DNA viruses (NCLDVs) blur the line between viruses and cells. Melbournevirus (MelV, family Marseilleviridae) belongs to a new family of NCLDVs. Here we present an electron ...Nucleocytoplasmic large DNA viruses (NCLDVs) blur the line between viruses and cells. Melbournevirus (MelV, family Marseilleviridae) belongs to a new family of NCLDVs. Here we present an electron cryo-microscopy structure of the MelV particle, with the large triangulation number T = 309 constructed by 3080 pseudo-hexagonal capsomers. The most distinct feature of the particle is a large and dense body (LDB) consistently found inside all particles. Electron cryo-tomography of 147 particles shows that the LDB is preferentially located in proximity to the probable lipid bilayer. The LDB is 30 nm in size and its density matches that of a genome/protein complex. The observed LDB reinforces the structural complexity of MelV, setting it apart from other NCLDVs.
履歴
登録2017年9月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年12月20日-
マップ公開2018年3月14日-
更新2018年3月14日-
現状2018年3月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3868.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3868.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Melbournevirus capsid(applied inner mask)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.31 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.6 / ムービー #1: 0.6
最小 - 最大-0.99535125 - 1.470726
平均 (標準偏差)-0.016885828 (±0.2911426)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ840840840
Spacing840840840
セルA=B=C: 2780.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.313.313.31
M x/y/z840840840
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z2780.4002780.4002780.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS840840840
D min/max/mean-0.9951.471-0.017

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Melbournevirus particle

全体名称: Melbournevirus particle
要素
  • ウイルス: Melbournevirus (ウイルス)

-
超分子 #1: Melbournevirus

超分子名称: Melbournevirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 1560514 / 生物種: Melbournevirus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Acanthamoeba (真核生物)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 2320.0 Å / T番号(三角分割数): 309

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: R1.2/1.3 Quantifoil Micro Tools GmbH / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL / ホルダー冷却材: NITROGEN

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 7005
CTF補正ソフトウェア - 名称: EMAN2
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Random initial model was generated by EMAN2 software.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 7005
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る