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- EMDB-73245: Local refinement of Fab-14/SARS-CoV-2 D614G spike complex, Mode I... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-73245
タイトルLocal refinement of Fab-14/SARS-CoV-2 D614G spike complex, Mode IV, Subgroup I conformation
マップデータ
試料
  • 複合体: Local refinement of Fab-14/SARS-CoV-2 D614G spike complex, Mode IV, subgroup I conformation
    • タンパク質・ペプチド: Fab-14 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab-14 light chain
  • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードSARS-CoV-2 / neutraling antibody / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular region / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / positive regulation of viral entry into host cell ...symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular region / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / positive regulation of viral entry into host cell / membrane fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Attachment and Entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / endocytosis involved in viral entry into host cell / receptor ligand activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / virion membrane / membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Wang Y / Hu Y / Leiman P / Xie X
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM139034 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM158090 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2026
タイトル: Neutralization of SARS-CoV-2 by IgM-14 via engagement of two distinct spike epitopes.
著者: Yan Wang / Yanping Hu / Zhiqiang Ku / Jason Yeung / Jing Zou / Michael Woodson / Nikolai S Prokhorov / Ekaterina S Knyazhanskaya / Haiqing Zhao / Michael B Sherman / Zhiqiang An / Stephen F ...著者: Yan Wang / Yanping Hu / Zhiqiang Ku / Jason Yeung / Jing Zou / Michael Woodson / Nikolai S Prokhorov / Ekaterina S Knyazhanskaya / Haiqing Zhao / Michael B Sherman / Zhiqiang An / Stephen F Carroll / Pei-Yong Shi / Petr G Leiman / Xuping Xie /
要旨: Engineered immunoglobulin M (IgM) antibodies typically exhibit superior neutralization potency and avidity compared to their parental IgG counterparts, primarily due to multivalent binding to ...Engineered immunoglobulin M (IgM) antibodies typically exhibit superior neutralization potency and avidity compared to their parental IgG counterparts, primarily due to multivalent binding to repeated epitopes on a targeting antigen. In this study, we characterize the neutralization breadth and mechanism of action of IgM-14, a previously reported intranasally deliverable antibody targeting SARS-CoV-2. IgM-14 demonstrates remarkably potent antiviral activity against all pre-Omicron variants but significantly reduced efficacy against Omicron BA.1, and complete loss of activity against the later subvariant JN.1. Resistance selection identified two key mutations in the receptor-binding domain (RBD), G476D and F486P, which disrupt IgM-14 binding and confer strong resistance. Cryo-electron microscopy analysis uncovered two distinct Fab-RBD interfaces: a primary interface overlapping the angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2)-binding region, and a unique secondary interface formed only when the RBD adopts the ACE2-inaccessible "down" conformation, involving a neighboring spike protomer. Site-directed mutagenesis and structural modeling revealed a critical role of this secondary site in IgM-14-mediated neutralization. Unlike IgG-14, structural modeling suggested that IgM-14 can simultaneously engage both interfaces in diverse modes, indicating a noncanonical avidity mechanism. Collectively, these findings highlight the structural and functional uniqueness of IgM-14 and offer valuable insights into the rational design of next-generation spike-targeted antibody therapeutics with enhanced breadth and potency.
履歴
登録2025年10月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月18日-
マップ公開2026年3月18日-
更新2026年4月8日-
現状2026年4月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_73245.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_73245.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 480 pix.
= 402.672 Å		0.84 Å/pix.
x 480 pix.
= 402.672 Å		0.84 Å/pix.
x 480 pix.
= 402.672 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8389 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.3669631 - 0.7299511
平均 (標準偏差)0.00017087691 (±0.012329418)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 402.67203 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_73245_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_73245_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Local refinement of Fab-14/SARS-CoV-2 D614G spike complex, Mode I...

全体名称: Local refinement of Fab-14/SARS-CoV-2 D614G spike complex, Mode IV, subgroup I conformation
要素
  • 複合体: Local refinement of Fab-14/SARS-CoV-2 D614G spike complex, Mode IV, subgroup I conformation
    • タンパク質・ペプチド: Fab-14 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab-14 light chain
  • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Local refinement of Fab-14/SARS-CoV-2 D614G spike complex, Mode I...

超分子名称: Local refinement of Fab-14/SARS-CoV-2 D614G spike complex, Mode IV, subgroup I conformation
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2-#3 / 詳細: Two Fab-14 bind to 2-up-RBD
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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分子 #1: Spike protein S1

分子名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 23.031822 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TESIVRFPNI TNLCPFGEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNSA SFSTFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGDEVRQIA PGQTGKIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNNL DSKVGGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGSTPCN G VEGFNCYF ...文字列:
TESIVRFPNI TNLCPFGEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNSA SFSTFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGDEVRQIA PGQTGKIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNNL DSKVGGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGSTPCN G VEGFNCYF PLQSYGFQPT NGVGYQPYRV VVLSFELLHA PATVCGP

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #2: Fab-14 heavy chain

分子名称: Fab-14 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.583445 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLQQSGPG LVKPSQTLSL TCAISGDSVS SNSAAWNWIR QSPSRGLEWL GRTYYRSKWY NDYAVSVKSR ITINPDTSKN QFSLQLNSV TPEDTAVYYC AREEQQLVHD YYYYGMDVWG QGTMVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS ...文字列:
EVQLQQSGPG LVKPSQTLSL TCAISGDSVS SNSAAWNWIR QSPSRGLEWL GRTYYRSKWY NDYAVSVKSR ITINPDTSKN QFSLQLNSV TPEDTAVYYC AREEQQLVHD YYYYGMDVWG QGTMVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS WNSGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NTKVDKRVEP KSCDKTH

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分子 #3: Fab-14 light chain

分子名称: Fab-14 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.518879 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QAVVTQPASV SGSPGQSITI SCTGTSSDIG AYNYISWYQQ HPGKAPKLII YEVSNRPSGI SYRFSGSKSG NTASLTISGL QAEDEANYY CSSYAGSISF GGGTKVTVLQ PKANPTVTLF PPSSEELQAN KATLVCLISD FYPGAVTVAW KADGSPVKAG V ETTKPSKQ ...文字列:
QAVVTQPASV SGSPGQSITI SCTGTSSDIG AYNYISWYQQ HPGKAPKLII YEVSNRPSGI SYRFSGSKSG NTASLTISGL QAEDEANYY CSSYAGSISF GGGTKVTVLQ PKANPTVTLF PPSSEELQAN KATLVCLISD FYPGAVTVAW KADGSPVKAG V ETTKPSKQ SNNKYAASSY LSLTPEQWKS HRSYSCQVTH EGSTVEKTVA PTECS

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 43.17 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 10500
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 66402
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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