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- EMDB-6998: Cryo-EM structure of the human alpha5beta3 GABAA receptor in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6998
タイトルCryo-EM structure of the human alpha5beta3 GABAA receptor in complex with GABA and Nb25
マップデータCryoEM Structure of the human %u03B15%u03B23 GABAA receptor
試料
  • 複合体: Pentameric complex of 1 alpha and 4 beta GABA receptor
    • タンパク質・ペプチド: Nb25
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5
  • リガンド: GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID
キーワードIRON CHANNEL / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


circadian sleep/wake cycle, REM sleep / reproductive behavior / GABA receptor binding / hard palate development / cellular response to histamine / GABA receptor activation / inner ear receptor cell development / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / inhibitory synapse assembly ...circadian sleep/wake cycle, REM sleep / reproductive behavior / GABA receptor binding / hard palate development / cellular response to histamine / GABA receptor activation / inner ear receptor cell development / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / inhibitory synapse assembly / GABA-A receptor activity / innervation / response to anesthetic / postsynaptic specialization membrane / inhibitory postsynaptic potential / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / neuronal cell body membrane / synaptic transmission, GABAergic / motor behavior / cellular response to zinc ion / roof of mouth development / exploration behavior / Signaling by ERBB4 / cochlea development / associative learning / social behavior / chloride channel complex / behavioral fear response / dendrite membrane / cytoplasmic vesicle membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / cerebellum development / chloride transmembrane transport / learning / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / GABA-ergic synapse / memory / signaling receptor activity / presynaptic membrane / dendritic spine / postsynaptic membrane / postsynapse / response to xenobiotic stimulus / cell surface / signal transduction / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha 5 subunit / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha subunit / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, beta subunit / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily ...Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha 5 subunit / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha subunit / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, beta subunit / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3 / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.51 Å
データ登録者Liu S / Xu L
資金援助 中国, 米国, 13件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (China)2016YFA0500404 中国
Ministry of Science and Technology (China)2014CB910300 中国
Ministry of Science and Technology (China)2016YFA0501102 中国
National Natural Science Foundation of China31630030 中国
National Natural Science Foundation of China31525001 中国
National Natural Science Foundation of China31430019 中国
National Natural Science Foundation of China31600606 中国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM071940 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)S10RR23057 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)S10OD018111 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)U24GM116792 米国
National Science Foundation (China)DBI-1338135 中国
National Science Foundation (China)DMR-1548924 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM structure of the human α5β3 GABA receptor.
著者: Si Liu / Lingyi Xu / Fenghui Guan / Yun-Tao Liu / Yanxiang Cui / Qing Zhang / Xiang Zheng / Guo-Qiang Bi / Z Hong Zhou / Xiaokang Zhang / Sheng Ye /
履歴
登録2018年7月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年10月3日-
マップ公開2018年10月3日-
更新2025年9月17日-
現状2025年9月17日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6a96
  • 表面レベル: 7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6998.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6998.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM Structure of the human %u03B15%u03B23 GABAA receptor
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 7.0 / ムービー #1: 7
最小 - 最大-12.891079 - 22.949110000000001
平均 (標準偏差)-0.023008518 (±0.8374582)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 273.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z273.920273.920273.920
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-12.89122.949-0.023

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Pentameric complex of 1 alpha and 4 beta GABA receptor

全体名称: Pentameric complex of 1 alpha and 4 beta GABA receptor
要素
  • 複合体: Pentameric complex of 1 alpha and 4 beta GABA receptor
    • タンパク質・ペプチド: Nb25
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5
  • リガンド: GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID

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超分子 #1: Pentameric complex of 1 alpha and 4 beta GABA receptor

超分子名称: Pentameric complex of 1 alpha and 4 beta GABA receptor
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Nb25

分子名称: Nb25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 13.673024 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLQESGGG LVQAGGSLRL SCAASGHTFN YPIMGWFRQA PGKEREFVGA ISWSGGSTSY ADSVKDRFTI SRDNAKNTVY LEMNNLKPE DTAVYYCAAK GRYSGGLYYP TNYDYWGQGT QVTVSS

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分子 #2: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Gamma-aminobutyri...

分子名称: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.052711 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MWGLAGGRLF GIFSAPVLVA VVCCAQSVND PGNMSFVKET VDKLLKGYDI RLRPDFGGPP VCVGMNIDIA SIDMVSEVNM DYTLTMYFQ QYWRDKRLAY SGIPLNLTLD NRVADQLWVP DTYFLNDKKS FVHGVTVKNR MIRLHPDGTV LYGLRITTTA A CMMDLRRY ...文字列:
MWGLAGGRLF GIFSAPVLVA VVCCAQSVND PGNMSFVKET VDKLLKGYDI RLRPDFGGPP VCVGMNIDIA SIDMVSEVNM DYTLTMYFQ QYWRDKRLAY SGIPLNLTLD NRVADQLWVP DTYFLNDKKS FVHGVTVKNR MIRLHPDGTV LYGLRITTTA A CMMDLRRY PLDEQNCTLE IESYGYTTDD IEFYWRGGDK AVTGVERIEL PQFSIVEHRL VSRNVVFATG AYPRLSLSFR LK RNIGYFI LQTYMPSILI TILSWVSFWI NYDASAARVA LGITTVLTMT TINTHLRETL PKIPYVKAID MYLMGCFVFV FLA LLEYAF VNYIFFSQPA RAAAIDRWSR IVFPFTFSLF NLVYWLYYVN

UniProtKB: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3, Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3

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分子 #3: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5,Gamma-aminobutyr...

分子名称: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.456113 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDNGMFSGFI MIKNLLLFCI SMNLSSHFGF SQMPTSSVKD ETNDNITIFT RILDGLLDGY DNRLRPGLGE RITQVRTDIY VTSFGPVSD TEMEYTIDVF FRQSWKDERL RFKGPMQRLP LNNLLASKIW TPDTFFHNGK KSIAHNMTTP NKLLRLEDDG T LLYTMRLT ...文字列:
MDNGMFSGFI MIKNLLLFCI SMNLSSHFGF SQMPTSSVKD ETNDNITIFT RILDGLLDGY DNRLRPGLGE RITQVRTDIY VTSFGPVSD TEMEYTIDVF FRQSWKDERL RFKGPMQRLP LNNLLASKIW TPDTFFHNGK KSIAHNMTTP NKLLRLEDDG T LLYTMRLT ISAECPMQLE DFPMDAHACP LKFGSYAYPN SEVVYVWTNG STKSVVVAED GSRLNQYHLM GQTVGTENIS TS TGEYTIM TAHFHLKRKI GYFVIQTYLP CIMTVILSQV SFWLNRESVP ARTVFGVTTV LTMTTLSISA RNSLPKVAYA TAM DWFIAV CYAFVFSALI EFATVNYFTK SQPARAAKID KMSRIVFPVL FGTFNLVYWA TYLNREPVIK GAASPK

UniProtKB: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5, Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5

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分子 #8: GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID

分子名称: GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: ABU
分子量理論値: 103.12 Da
Chemical component information

ChemComp-ABU:
GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / 神経伝達物質, 阻害剤*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 56.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.51 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.55) / 使用した粒子像数: 161455
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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