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- EMDB-64385: Structure of C. elegans piezo channel -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64385
タイトルStructure of C. elegans piezo channel
マップデータ
試料
  • 複合体: C. elegans Piezo channel
    • タンパク質・ペプチド: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1
キーワードmechanosensitive channel / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of brood size / positive regulation of ovulation / detection of mechanical stimulus / flagellated sperm motility / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / monoatomic cation transmembrane transport / response to mechanical stimulus / monoatomic cation channel activity / regulation of membrane potential / cellular response to mechanical stimulus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Piezo family / Piezo non-specific cation channel, R-Ras-binding domain / Piezo domain / : / : / : / Piezo non-specific cation channel, cap domain / Piezo TM25-28 / Piezo1-like, transmembrane helical unit / Piezo TM1-24 / Piezo, THU9 and anchor domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Liu Y / Guo YR
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2025
タイトル: Membrane dome-based regulation mechanism of the mechanosensitive PIEZO channel.
著者: Yushuang Liu / Bowen Liu / Weiran Zhan / Lun Zhang / Anbing Shi / Long Lin / Man Jiang / Yusong R Guo /
要旨: PIEZO channels are mechanosensitive ion channels essential for various physiological processes. How activation of PIEZO channels is regulated for distinct mechanical environments remains largely ...PIEZO channels are mechanosensitive ion channels essential for various physiological processes. How activation of PIEZO channels is regulated for distinct mechanical environments remains largely unclear. Here, we use patch-clamp electrophysiology to record pressure-activated currents of natural splicing isoforms of Caenorhabditis elegans PIEZO channels that differ in sequence length. These isoforms are sensitive in different tension regimes, consistent with the quantitative prediction from the membrane dome mechanism, based on structural measurement from cryo-electron microscopy data. Furthermore, these isoforms show different localization in the worm body and are involved in different physiological functions. Therefore, inspired by the membrane dome mechanism, a distinct regulatory strategy is found for PIEZO channels to tune the mechanosensitivity by adjusting the dome area via alternative splicing to adapt to the physiological environment.
履歴
登録2025年4月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月24日-
マップ公開2025年12月24日-
更新2025年12月24日-
現状2025年12月24日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64385.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64385.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.95 Å/pix.
x 560 pix.
= 532. Å		0.95 Å/pix.
x 560 pix.
= 532. Å		0.95 Å/pix.
x 560 pix.
= 532. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.95 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.075
最小 - 最大-0.1404821 - 0.40091273
平均 (標準偏差)-0.000092268696 (±0.009174447)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ560560560
Spacing560560560
セルA=B=C: 532.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: sharpened

ファイルemd_64385_additional_1.map
注釈sharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_64385_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_64385_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : C. elegans Piezo channel

全体名称: C. elegans Piezo channel
要素
  • 複合体: C. elegans Piezo channel
    • タンパク質・ペプチド: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1

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超分子 #1: C. elegans Piezo channel

超分子名称: C. elegans Piezo channel / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)

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分子 #1: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1

分子名称: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 277.068031 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTVPPLLKSC VVKLLLPAAL LAAAIIRPSF LSIGYVLLAL VSAVLPPIRK SLALPKLVGT FVIITFLFCL AVALGVGSYQ ISEQVVHKN DRTYICNRSD TTLFRSIGLV RFHPTGTFES TRAFLPEIIA TSAALLTIII VMFLSHRDEQ LDVVGDVVTV R SESGREQR ...文字列:
MTVPPLLKSC VVKLLLPAAL LAAAIIRPSF LSIGYVLLAL VSAVLPPIRK SLALPKLVGT FVIITFLFCL AVALGVGSYQ ISEQVVHKN DRTYICNRSD TTLFRSIGLV RFHPTGTFES TRAFLPEIIA TSAALLTIII VMFLSHRDEQ LDVVGDVVTV R SESGREQR RQRKLAAIMW SAIGNSLRRL TNFVLFLFTA YVGIVKPSLS NSIYFLAFLF ISTWWSTYTP LRHGVYNQIK KF LIFYSAL HFLVLYTYQI PIVHHSWLPT GSFLPRLFGL TVLMDSSCPE WWKFPFVAPD FNDDDLIMKW PLYANPIVVL VFF YLTVAQ YKFTRNGSRE YIDDNEYGSS VHEERFVSAG TVETNVDDVG QLISISESTA SAPSGRGRGN TLLLSNASSS ANDD EQGRA RSRSPLRNGE EQGSIPLRKV TSQVVDRNKL SNIFNTTAPG DKESAASKGM IAVMTFVIFH SYSIALTAMM TWALL YHSI FGLILLILTC ILWIFRDTRK SSFAMAPIIL MYIEFLLILQ YFLSMDIHAE IGDPAWMNFV GIEWTTLPVH AVIILC VQT LLTLPVFLLL RLARREKFYE SLSDYERQRR INSYGTFGAS KTGAGGVAVA KFQDPKSRKF AAFVEYLSNK VSVYFIF VV SVVLLVVSTC FAPNFYNILF FALWALNLIY LKFSFRLYRG LAYAFWLTLT FYTSIVIIAL YIYQFPGVSQ WIIRNTSL S QEWLNAIGLV DFRAIGESGA LFLQLLAPIA LFVVTMLQLK FFHGPWSRAT SPRRAENDPP TSTTEAAAVA STSGTQGRA HAAGDTLVKK LHKLANQTIE LLWRFFEVHI SKIVFVIIAI FIANNINALY IPLVILLSLA ICLPSAADGI FSLFMCAYLF LVALSKMIY QLDIVPELSQ IDRGVGADNC SHGNISMPEW FGLKKEVEGT EPIYMLFGVI VSIIALAFQS IVIYRQRHYR A SLGLPESM RAKVFPDFHH SHFDRSLKNA IQFLIDYGFY KFGLEITMIA IGIDIFNRMD ALAAIQCFWL VLFALNKRVF VR RIWVFYV IYMAILYPLQ FFSYVGLPPD SCIEYPWSYW IPSYSDDARF NLSYLLNLSI YGVNWPSAYL IGDFFVLLLA SCQ LAVFRR EGEDNDSIYN DGNFVIKPEN PQYDFIDTKK SYVDYFKSFV FHYGHWITLM STLAAGIAGT SLFALGYIIF TLTM LWSGN NLYVMNSTLR SFEHTLKRWN ALLGYTLFTI TMKVCLQIFG CVFLSWFDQS GGWGKTLCIV RQLFSITCVN NECHV LKEL EDFSKACAVE TKEGNIGFDV IALSFLVFQI RIFHSWYFQH CMVEYRSEVI LANRGAVLKN QLIEKEMKEQ NEQQKA KFN DIRRRTEAIR ERYQKQIERG AAERDFEPVT YGHAKRAGDY YMFKYDPEND DLVEPVDSFV PEVDPKATAY DRLDPGQ IM YAATAHDLDL AKTVQQVKKG DTIKDPDSRA LIAVSEPEAR KPGGTEETDG DEDEDNKDSK VESTAKFIQK MIASALDL C SVTLNKLCRE HRYVGFVLSK EKQKLKSGHS ESLSNTSRKL TDIRSAVDLP SLQLVQSAND VEKMETAVSV DWQQKSSAT RLLNAVVNCI GAHTDILCYF FAIMTQVMTG GLITLPLPLM SLFWGNLSNP RPSKFFWVTM ITYTECVIVI KFVCQFAFMP YNSITWRTE HQMDPMSLDK LFGVSQRDSF ALWDIVLLFS LFFHRYMLRK LGLWKDANLT DTFTLKEEPR SASGSDTGSP K KIAQEPKV VVTQSDTLEG TSGGEIVIPS DPNAVSNMEE LDCEPPIPEK QSGPIGRFIH QLFHPKFRYI RDLYPIMFGI DV ICFLIMT FGYSAFGEGG SGNVLDDVKA SRIPVTLVVM LVGMTLAIII DRALYLRKSV VGKLIYQVLM IAFLHIWVFL VLP NMTRRS AISNHVAQAL YVIKSCYFLV SAWQIRNGYP ELCIGNLLTH SYGMTNMIAF KVFMNIPFLF ELRTAIDWTW TDTS MPLFD FFNMENFYAH IFNIKCARQF EAAYPAPRGI PKGKLVKYMM GFPIIIGVVI FIFSPLLLWS LLNQIGTISM PEKVT LRIS IEGYPPLYEM EAQGSNHDNA ELGMIKPDQL ASLNQALTDS YTTRDTNSIL RSRMSVSYLK GYTYEDILIV RFRPES EIY WPISQDSRNA MIDKLSRNTS VNFEVSLEFT RPYDPNENAA LKHSKSWLVP ISLDMTIRAK IQSALRGDPG HPILIPQ SI PAFIQVPNQG ELTLPTSIGN TIINDGNPRI NTTGMEKSDE ARAWFDSLTL NLEQGKSQNE KMWIATSEHP GDQNAKLW I KTANTTYSGR PYLQVVGFID RAFPSFLAKV FKGGVIAVYL SVILVVGRGL VRGIFTTSPS TVMFTELPNA DHLLKICLD IYLVREAKDF MLEQDLFAKL IFLFRSPATL IEWTRMSKKK QE

UniProtKB: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 163221
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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