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万見
- EMDB-63638: octopamine b2 receptor with bound octopamine -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63638
タイトルoctopamine b2 receptor with bound octopamine
マップデータ
試料
  • 複合体: octopamine b2 receptor and Gs complex with agonist
    • 複合体: octopamine
      • タンパク質・ペプチド: octopamine b2 receptor with bound octopamine
    • タンパク質・ペプチド: G-protein alpha subunit
    • タンパク質・ペプチド: G-protein beta subunit
    • タンパク質・ペプチド: G-protein gamma subunit
    • タンパク質・ペプチド: single chain Fv 16
キーワードGPCR / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G-protein activation / Glucagon signaling in metabolic regulation ...Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G-protein activation / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / photoreceptor disc membrane / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / extracellular vesicle / sensory perception of taste / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / signaling receptor complex adaptor activity / retina development in camera-type eye / GTPase binding / Ca2+ pathway / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / synapse / protein-containing complex binding / signal transduction / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat ...G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Ixodes scapularis (ダニ) / Ixodes scapularis bunyavirus (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å
データ登録者Hori T / Katsuta K / Shirouzu M
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)23K05046 日本
引用ジャーナル: PNAS Nexus / 年: 2025
タイトル: Structural insights into endogenous agonist selectivity of aminergic receptors from the octopamine β receptor.
著者: Tetsuya Hori / Kazushige Katsura / Sayako Miyamoto-Kohno / Tomomi Uchikubo-Kamo / Mayumi Yonemochi / Mikako Shirouzu /
要旨: Tyrosine-derived amines (TDAs), such as octopamine, noradrenaline, dopamine, and tyramine, are essential neurotransmitters that play diverse roles in various physiological processes. The distinct ...Tyrosine-derived amines (TDAs), such as octopamine, noradrenaline, dopamine, and tyramine, are essential neurotransmitters that play diverse roles in various physiological processes. The distinct receptor selectivity of these structurally similar molecules is vital for their specific functions. However, all these receptors belong to the same subfamily of G-protein-coupled receptors and share high sequence homology within their orthosteric binding sites. The molecular basis of this selectivity remains unclear because of the absence of structural data on octopamine and tyramine receptors. In this study, we present cryo-electron microscopy structures of the deer tick octopamine β receptor (octβR) bound to octopamine or -2,4-dimethylphenyl-'-methylformamidine (DPMF), an acaricidal amitraz metabolite. Octopamine and DPMF formed aromatic interactions with Y307 and F328, residues crucial for octβR activation. The lower potency of other TDAs for octβR stems from the subtle effect of functional groups on both interactions, i.e. the meta-hydroxyl group of noradrenaline and dopamine hinders edge-to-edge interaction with Y307, and the absence of a 1-hydroxyl group in dopamine and tyramine prevents π-hydrogen bonding with F328. These structural insights into octβR selectivity are likely applicable across other TDA receptors, highlighting the pivotal role of residues 6.55 and 7.39. Consequently, the elucidated selection mechanism provides fundamental knowledge of aminergic ligand recognition, a process crucial for neurotransmission and overall organismal function.
履歴
登録2025年3月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月17日-
マップ公開2025年12月17日-
更新2026年4月29日-
現状2026年4月29日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63638.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63638.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 212.096 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 212.096 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 212.096 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8285 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.0
最小 - 最大-35.038573999999997 - 49.839466000000002
平均 (標準偏差)0.000000000003224 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 212.096 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63638_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63638_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : octopamine b2 receptor and Gs complex with agonist

全体名称: octopamine b2 receptor and Gs complex with agonist
要素
  • 複合体: octopamine b2 receptor and Gs complex with agonist
    • 複合体: octopamine
      • タンパク質・ペプチド: octopamine b2 receptor with bound octopamine
    • タンパク質・ペプチド: G-protein alpha subunit
    • タンパク質・ペプチド: G-protein beta subunit
    • タンパク質・ペプチド: G-protein gamma subunit
    • タンパク質・ペプチド: single chain Fv 16

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超分子 #1: octopamine b2 receptor and Gs complex with agonist

超分子名称: octopamine b2 receptor and Gs complex with agonist / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Ixodes scapularis (ダニ)

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超分子 #2: octopamine

超分子名称: octopamine / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1

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分子 #1: octopamine b2 receptor with bound octopamine

分子名称: octopamine b2 receptor with bound octopamine / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ixodes scapularis bunyavirus (ウイルス)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda granulovirus (ウイルス)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKENLYFQ GMTVAAPNAS LANLTEEAQA DDESWESVLK LVLKTLALVT IISSAVFGNL LVVTSVIRHH KLRITTNYFI VSLALADTLV ALFAMTFNAS VTISGRWLFN QTVCDFWNSC DVLFSTASIM HLCCISVDRY YAIIKPLEYP ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKENLYFQ GMTVAAPNAS LANLTEEAQA DDESWESVLK LVLKTLALVT IISSAVFGNL LVVTSVIRHH KLRITTNYFI VSLALADTLV ALFAMTFNAS VTISGRWLFN QTVCDFWNSC DVLFSTASIM HLCCISVDRY YAIIKPLEYP TKITGRTVAI MLTCAWVSSG LISFIPIFLG WYTTNEHLVY KVEHPDECIF VVNKPYAIIS SSVSFWIPCC IMLFTYWRIY VEATRQEKML CKSQMGPGML CRNSTDQSMP NVHAPPHRNS HGDDPESGQS TPTKRTINKM KREHKAAKTL GIIMGAFILC WLPFFLWYVS ITMCGDACPC PELVVDLLFW IGYLNSSLNP VIYAYFNREF RQAFKETLQA IFCSSRCSSC ATGSRQTGGR PPGRTHHHHH HHHHH

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分子 #2: G-protein alpha subunit

分子名称: G-protein alpha subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKDHLIHNHH KHEHAHAEHL YFQGSSGSSG MASTLSAEDK AAVERSKMIE KQIQKDKQIY RATHRLLLLG AGESGKNTIV KQMRILHVNG FSEEEKKQKI EDIKKNIRDA ILTITGAMST LVPPVQLQKS ENQWRVDYIQ DVASSPDFDY PAEFYEHTEI LWKDKGVQAA ...文字列:
MKDHLIHNHH KHEHAHAEHL YFQGSSGSSG MASTLSAEDK AAVERSKMIE KQIQKDKQIY RATHRLLLLG AGESGKNTIV KQMRILHVNG FSEEEKKQKI EDIKKNIRDA ILTITGAMST LVPPVQLQKS ENQWRVDYIQ DVASSPDFDY PAEFYEHTEI LWKDKGVQAA FERSNEYQLI DCAKYFLDRV ATIKQLDYTP NEQDILRCRV LTSGIFETKF QVDKVNFHMF DVGAQRDERR KWIQCFNDVT AIIFVTACSS YNMVLREDPN QNRLRASLKL FDSIWNNKWL RDTSVILFLN KQDLLAEKIK AGKSRLEEYF PEFAHYQTPS DAVIETGEDP EVIRAKYFIR DEFLRISTAS GDGKHYCYPH FTCSVDTENI RRVFNDCRDI IQRMHLRQYE LL

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分子 #3: G-protein beta subunit

分子名称: G-protein beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda granulovirus (ウイルス)
配列文字列: mdykddddke nlyfqggsMS ELDQLRQEAE QLKNQIRDAR KACADATLSQ ITNNIDPVGR IQMRTRRTLR GHLAKIYAMH WGTDSRLLVS ASQDGKLIIW DSYTTNKVHA IPLRSSWVMT CAYAPSGNYV ACGGLDNICS IYNLKTREGN VRVSRELAGH TGYLSCCRFL ...文字列:
mdykddddke nlyfqggsMS ELDQLRQEAE QLKNQIRDAR KACADATLSQ ITNNIDPVGR IQMRTRRTLR GHLAKIYAMH WGTDSRLLVS ASQDGKLIIW DSYTTNKVHA IPLRSSWVMT CAYAPSGNYV ACGGLDNICS IYNLKTREGN VRVSRELAGH TGYLSCCRFL DDNQIVTSSG DTTCALWDIE TGQQTTTFTG HTGDVMSLSL APDTRLFVSG ACDASAKLWD VREGMCRQTF TGHESDINAI CFFPNGNAFA TGSDDATCRL FDLRADQELM TYSHDNIICG ITSVSFSKSG RLLLAGYDDF NCNVWDALKA DRAGVLAGHD NRVSCLGVTD DGMAVATGSW DSFLKIWN

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分子 #4: G-protein gamma subunit

分子名称: G-protein gamma subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda granulovirus (ウイルス)
配列文字列:
msyyhhhhhh dydipttenl yfqgamgsMA SNNTASIAQA RKLVEQLKME ANIDRIKVSK AAADLMAYCE AHAKEDPLLT PVPASENPFR EKKFFSAIL

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分子 #5: single chain Fv 16

分子名称: single chain Fv 16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKDHLIHNHH KHEHAHAEHL YFQGSSGSSG DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSED TAMYYCVRSI YYYGSSPFDF WGQGTTLTVS SGGGGSGGGG SGGGGSDIVM ...文字列:
MKDHLIHNHH KHEHAHAEHL YFQGSSGSSG DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSED TAMYYCVRSI YYYGSSPFDF WGQGTTLTVS SGGGGSGGGG SGGGGSDIVM TQATSSVPVT PGESVSISCR SSKSLLHSNG NTYLYWFLQR PGQSPQLLIY RMSNLASGVP DRFSGSGSGT AFTLTISRLE AEDVGVYYCM QHLEYPLTFG AGTKLELKSA WSHPQFEKGG GSGGGSGGSA WSHPQFEK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 410720
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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