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- EMDB-54068: SIVtal integrase in complex with RNA stem-loop (focused refinemen... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-54068
タイトルSIVtal integrase in complex with RNA stem-loop (focused refinement of the filament repeat unit)
マップデータMap locally filtered using EMReady
試料
  • 複合体: Linear Polymer Assembly of SIV Integrase Octamers with RNA Stem-loop (local refinement).
    • タンパク質・ペプチド: Pol protein
    • RNA: RNA
  • リガンド: ZINC ION
キーワードIntegrase / RNA / Octamer / SIVtal / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA recombination / aspartic-type endopeptidase activity / symbiont entry into host cell ...exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA recombination / aspartic-type endopeptidase activity / symbiont entry into host cell / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase-like, N-terminal ...Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase-like, N-terminal / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Singer MR / Cherepanov P
資金援助 英国, 米国, 5件
OrganizationGrant number国
Cancer Research UKCC2058 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)CC2058 英国
Wellcome TrustCC2058 英国
The Francis Crick InstituteCC2058 英国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U54AI170791 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2026
タイトル: Integrase anchors viral RNA to the HIV-1 capsid interior.
著者: Matthew R Singer / Zhen Li / Juan S Rey / Joshua Hope / Florian Chenavier / Nicola J Cook / Emma Punch / Jamie Smith / Zhiyu Zhou / Sarah Maslen / Laura Masino / Andrea Nans / Mark Skehel / ...著者: Matthew R Singer / Zhen Li / Juan S Rey / Joshua Hope / Florian Chenavier / Nicola J Cook / Emma Punch / Jamie Smith / Zhiyu Zhou / Sarah Maslen / Laura Masino / Andrea Nans / Mark Skehel / Ian A Taylor / Giulia Zanetti / Peijun Zhang / Juan R Perilla / Alan N Engelman / Peter Cherepanov /
要旨: HIV-1 integrase (IN) promotes encapsulation of viral genomic RNA into mature viral cores, and this function is a target for ongoing antiretroviral drug development efforts. Here we determined the ...HIV-1 integrase (IN) promotes encapsulation of viral genomic RNA into mature viral cores, and this function is a target for ongoing antiretroviral drug development efforts. Here we determined the cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structure of a primate lentiviral IN in a complex with RNA, revealing a linear filament made of IN octamer repeat units, each comprising a pair of asymmetric homotetramers. The assembly is stabilized through IN-RNA interactions involving mainly the IN C-terminal domains and RNA backbone. The spacing and orientation of the IN filament repeat units closely matched those of consecutive capsid (CA) hexamers within the mature CA lattice. Using cryo-EM images of native purified HIV-1 cores, we refined the structure of the IN filament as it propagates along the luminal side of the CA lattice. Each IN tetramer within the filament nestled in a CA hexamer, engaging closely with the major homology regions. Substitutions of residues involved in IN-CA contacts yielded eccentric virions with RNA nucleoids located outside of the cores. Collectively, our results establish the structural basis for the HIV-1 IN-RNA interaction and reveal that IN forms an RNA-binding module on the luminal side of the mature CA lattice.
履歴
登録2025年6月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月10日-
マップ公開2025年12月10日-
更新2026年3月4日-
現状2026年3月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_54068.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_54068.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map locally filtered using EMReady
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画像のコントロール

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.95 Å/pix.
x 400 pix.
= 380. Å		0.95 Å/pix.
x 400 pix.
= 380. Å		0.95 Å/pix.
x 400 pix.
= 380. Å

表面

投影像

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断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.95 Å
密度

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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.2
最小 - 最大-0.21548054 - 24.244700999999999
平均 (標準偏差)-0.0073589985 (±0.48377797)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 380.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_54068_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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追加マップ: Local filtered map by CroySPARC

ファイルemd_54068_additional_1.map
注釈Local filtered map by CroySPARC
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_54068_half_map_1.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_54068_half_map_2.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Linear Polymer Assembly of SIV Integrase Octamers with RNA Stem-l...

全体名称: Linear Polymer Assembly of SIV Integrase Octamers with RNA Stem-loop (local refinement).
要素
  • 複合体: Linear Polymer Assembly of SIV Integrase Octamers with RNA Stem-loop (local refinement).
    • タンパク質・ペプチド: Pol protein
    • RNA: RNA
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Linear Polymer Assembly of SIV Integrase Octamers with RNA Stem-l...

超分子名称: Linear Polymer Assembly of SIV Integrase Octamers with RNA Stem-loop (local refinement).
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)

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分子 #1: Pol protein

分子名称: Pol protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: This is the integrase protein of simian immunodeficiency virus (SIV) from the talapoin monkey (SIVtal).
コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 33.424934 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: FVEQIPEAQE EHERYHNNWK DLKARFKLPT IVAKAIIEAC PKCQVQGEPK TGQTNAAVGT WQMDCTHLEG QVICVAVHVA SGYIETKIL PRETGRETAL FLLQVASRWP IEHLHTDNGP NFVSAEMQAT AWWLKIEHTT GVPYNPQSQG SVENKNKQLK K TIQQIRDE ...文字列:
FVEQIPEAQE EHERYHNNWK DLKARFKLPT IVAKAIIEAC PKCQVQGEPK TGQTNAAVGT WQMDCTHLEG QVICVAVHVA SGYIETKIL PRETGRETAL FLLQVASRWP IEHLHTDNGP NFVSAEMQAT AWWLKIEHTT GVPYNPQSQG SVENKNKQLK K TIQQIRDE VQYLSTAVAQ ATFILNFKRR GGLGDMCPAE ALINMIYTEL QTTTLQNQIH NFSDFKVYYR KGANPLWQGP AH LVWKGEG AVVLRTDEGE VITVPRRKAK IIKPYGQAMG NKTDLEGSKE QDAEMGRDN

UniProtKB: Pol protein

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分子 #2: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 2
詳細: A 32-mer of RNA, in place to represent the double stranded section of HIV-1 TAR RNA.
コピー数: 4
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.982484 KDa
配列文字列:
UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAA

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 10 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.134 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES

詳細: 150 mM NaCl, 20 mM HEPES pH 8.0
糖包埋材質: vitreous ice
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 300 sec.
詳細: After glow discharging for 5 minutes at 25 mA, the grids were coated with graphene oxide.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 41.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio model generated in cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / 使用した粒子像数: 53737
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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