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- EMDB-50063: Structure of Far-Red Photosystem I from C. thermalis PCC 7203 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50063
タイトルStructure of Far-Red Photosystem I from C. thermalis PCC 7203
マップデータ
試料
  • 複合体: Far Red Photosystem I
    • タンパク質・ペプチド: x 12種
  • リガンド: x 12種
キーワードChlorophyll f / Photosystem I / Far-red / cyanobacteria / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid membrane / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthesis / endomembrane system / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...thylakoid membrane / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthesis / endomembrane system / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaX / Photosystem I PsaX superfamily / PsaX family / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK ...Photosystem I PsaX / Photosystem I PsaX superfamily / PsaX family / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaA / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem one PsaX / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit IX ...Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem one PsaX / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit II
類似検索 - 構成要素
生物種C. thermalis (バクテリア) / Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Consoli G / Tufaill F / Murray JW / Fantuzzi A / Rutherford AW
資金援助 英国, 4件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/V002015/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R001383/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R00921X 英国
Leverhulme TrustRPG-2022-203 英国
引用
ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Locating the missing chlorophylls f in far-red photosystem I.
著者: Giovanni Consoli / Fiazall Tufail / Ho Fong Leong / Stefania Viola / Geoffry A Davis / Nicholas Rew / Daniel Medranda / Michael Hofer / Paul Simpson / Marco Sandrin / Benoit Chachuat / Jenny ...著者: Giovanni Consoli / Fiazall Tufail / Ho Fong Leong / Stefania Viola / Geoffry A Davis / Nicholas Rew / Daniel Medranda / Michael Hofer / Paul Simpson / Marco Sandrin / Benoit Chachuat / Jenny Nelson / Thomas Renger / James W Murray / Andrea Fantuzzi / A William Rutherford /
要旨: The discovery of chlorophyll f-containing photosystems, with their long-wavelength photochemistry, represented a distinct, low-energy paradigm for oxygenic photosynthesis. Structural studies on ...The discovery of chlorophyll f-containing photosystems, with their long-wavelength photochemistry, represented a distinct, low-energy paradigm for oxygenic photosynthesis. Structural studies on chlorophyll f-containing photosystem I could identify some chlorophyll f sites, but none among the photochemically active pigments, and thus concluded that chlorophyll f plays no photochemical role. Here, we report two cryo-electron microscopy structures of far-red photosystem I from PCC 7203, allowing the assignment of eight chlorophyll f molecules, including the redox active A. Simulations of absorption difference spectra induced by charge separation indicated that the experimental spectra can be reproduced only by considering the presence of a chlorophyll f at the A site. The chlorophyll f locations, wavelength assignments, and conserved far-red-specific residues provide functional insights for efficient use of long-wavelength photons.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix
著者: Murray JW / Afonine PV / Baker ML / Bunkoczi G / Chen VB / Croll TI / Hintze B / Hung LW / Jain S / McCoy AJ / Moriarty NW / Oeffner RD / Poon BK / Prisant MG / Read RJ / Richardson JS / ...著者: Murray JW / Afonine PV / Baker ML / Bunkoczi G / Chen VB / Croll TI / Hintze B / Hung LW / Jain S / McCoy AJ / Moriarty NW / Oeffner RD / Poon BK / Prisant MG / Read RJ / Richardson JS / Richardson DC / Sammito MD / Sobolev OV / Stockwell DH / Terwilliger TC / Urzhumtsev AG / Videau LL / Williams CJ / Adams PD
履歴
登録2024年4月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月23日-
マップ公開2025年4月23日-
更新2025年12月24日-
現状2025年12月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50063.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50063.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.92 Å/pix.
x 600 pix.
= 552.6 Å		0.92 Å/pix.
x 600 pix.
= 552.6 Å		0.92 Å/pix.
x 600 pix.
= 552.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.921 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.054
最小 - 最大-0.1624204 - 0.50372154
平均 (標準偏差)0.00010364095 (±0.0092112655)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 552.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_50063_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_50063_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Far Red Photosystem I

全体名称: Far Red Photosystem I
要素
  • 複合体: Far Red Photosystem I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit PsaK
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem one PsaX
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: Chlorophyll F
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: EICOSANE
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Far Red Photosystem I

超分子名称: Far Red Photosystem I / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#12
詳細: Trimeric photosystem I from C. thermalis grown under far-red light condition.
由来(天然)生物種: C. thermalis (バクテリア) / 株: PCC 7203 / 細胞中の位置: thylakoid membrane

+
分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
分子量理論値: 86.382375 KDa
配列文字列: MTITPEREQK VRVVVDNDPV PTSPELWAKP GHFDRTLARG PKTTTWIWNL HANAHDFDTH TSDLEDISRK IFAAHFGHLA VIFIWLSGM YFHGAKFSNF EAWMANPTGV KPSAQVVWSL VGQDILNADV GGGFHGIQIT SGLFQLWRAA GITNTFQLYC T AIGGLVMA ...文字列:
MTITPEREQK VRVVVDNDPV PTSPELWAKP GHFDRTLARG PKTTTWIWNL HANAHDFDTH TSDLEDISRK IFAAHFGHLA VIFIWLSGM YFHGAKFSNF EAWMANPTGV KPSAQVVWSL VGQDILNADV GGGFHGIQIT SGLFQLWRAA GITNTFQLYC T AIGGLVMA AIMLFAGWFH YHKRAPKLEW FQNWEAMMNH HLAGLLGLGC LGWAGHQIHV ALPVNKLLDA GVAIKDIPLP HE FILNTSL MAELYPSFAK GLVPFFTLQW GQYADFLTFK GGLNPVTGGL WLSDTAHHHL ALAVLFIVAG HFYRTNWGIG HSF KEMLDD AKSPNMLPFL NFIGPVGHEG LDKIFETSWH ANLSIHLVQF GTASLLVAHH MYAMPPYPYL ATDYATALSL FTHH VWIAG FCIVGGAAHA AIFMVRDYDP AHHVNNILDR TLRHRDVIIS HLAWVCQFLG FHSFAMYCHN DTMRAFGRPQ DMFSD TGIQ LQPIFAQWIQ HIHTAAVGAA QVAQPLGDVF GGVRGIELSG LGTTAPGIGA PVSYAWGGGM VAVGGKVAMM PIALGT ADF LIHHIHAFTI HVTVLVLFKG VLFARGSRLV PDKANLGFRF PCDGPGRGGT CQVSAWDHVF LGLFWMYNSL SMVVFHF SW KMQSDVWGTV DSDGIVTHLT GGNFATSSIT NNGWLRDFLW AQSAQVIQSY NSSLSAYGLM FLAGHFIFGF SLMFLFSG R GYWQELIESI VWAHNKLKVA PAIQPRALSI VHGRAVGVAH YLLGGIVTTW AFFLARMSAI G

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

+
分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
分子量理論値: 83.304703 KDa
配列文字列: MATKFPKFSQ DLAQDPTTRR IWYAMATAHD FELHDGMTEE NLYQKIFASH FGHLAIIFLW ASGVLFHVAW QGNFEQWIKD PLNVRPIAH AIWDAQFGPP AIEAFTRAGA TNPVDICYSG VYHWWYTIGM RTNNELYVGA IFLLLLAALF LFAGWLHLQP R YRPTLGWF ...文字列:
MATKFPKFSQ DLAQDPTTRR IWYAMATAHD FELHDGMTEE NLYQKIFASH FGHLAIIFLW ASGVLFHVAW QGNFEQWIKD PLNVRPIAH AIWDAQFGPP AIEAFTRAGA TNPVDICYSG VYHWWYTIGM RTNNELYVGA IFLLLLAALF LFAGWLHLQP R YRPTLGWF KSAEPRLNHH LAGLFGVSSL AWAAHLIHVA IPESRGQHVG WDNFLFTPPH PAGLGAFFTG NWSAYAQNPD TA QHVFNSS QGAGTAILTF LGGFHPQTQS LWLTDMAHHH VAIAVLFIIA GHMYRTNWGI GHSIKEMLNS KSFFGAKVEG PFN LPHQGL YDTINNSLHF QLSFALAALG VASSLTAQHM YSMPPYAFIG QDFTTQAALY THHQYIAGFL MVGAFSHAGI FWIR DYDPE QNKGNVLDRM LRHKEAIISH LSWVSLFLGF HTLGLYVHND VEVAFGAAEK QVLIEPVFAQ FIQAAHGKAL YGFNT LLSN PDSIASTAWP NHANVWLPGW LDAVNNTTNS LFLTIGPGDF YVHHAIALGL HVTTLVLVKG ALDARGSKLM PDKKDF GYA FPCDGPGRGG TCDISAWDAS YLAVFWMLNT LGWVTFYWHW KHLAIWEGNI AQFNESSTYL MGWFRDYLWL HSAQLIN GY NPYGTNSLAI WSWMFLWGHL AWAVSFMFLI TWRGYWQELI ETLVWAHEKT PLSFGYWRDK PVALSIVQAR LVGLTHFT V GYIATYGAFL IASTAGKFG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

+
分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
分子量理論値: 8.839232 KDa
配列文字列:
MSHTVKIYDT CIGCTQCVRA CPTDVLEMVP WDGCKAAQIA SSPRTEDCVG CKRCETACPT DFLSIRVYLG AETTRSMGLA Y

UniProtKB: Photosystem I iron-sulfur center

+
分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
分子量理論値: 15.798022 KDa
組換発現生物種: Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
配列文字列:
MAETLEGQTP IFGGGTGGLL TKAEREEKYV ITWTSPKEQV FEMPTGGSAI MRQGKNKLEI ARKEYGIALG GQQLRAKFKI NDYKIYRVY PNGETQMIHP ADGVFPEKVN QGRPKVRYVD RNIGSNPSPA KLKFSGVQPY DAP

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit II

+
分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
分子量理論値: 7.634748 KDa
配列文字列:
MVERGSKVRI LRRESYWYQD VGLVASVDKS GIKYPVIVRF DKVNYAGVNT NNFADFELLE IEKPKA

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IV

+
分子 #6: Photosystem I reaction center subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
分子量理論値: 17.859723 KDa
配列文字列:
MRRLLFTLAI AFVIWGSTIP TASAANSTLV PCSKSPAFQA RMKNAPDTYY FNKPFKAYAK YELCGTDGLP HLPLDRLDRA TDVLVPIGL FLYVAGFIGW SGRSYLRATK SASDPEMKEI FIDLPLALQS ISKAVLWPLL ALQEFLSGDL TARDEEIPIS P R

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit III

+
分子 #7: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
分子量理論値: 5.879917 KDa
組換発現生物種: Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
配列文字列:
MVDMTQLTGS YAASWLPWIM IPLIFYILPF PVFALIFIWI EKEAGTADEE V

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VIII

+
分子 #8: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
分子量理論値: 5.297427 KDa
配列文字列:
MQHVFKYLTL APVMATFTMV ALSVVLIMLQ IWFPGLQYGT YFKPTP

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IX

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit PsaK

分子名称: Photosystem I reaction center subunit PsaK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
分子量理論値: 8.201732 KDa
配列文字列:
MTVPNTISWS PQVALIISAS SLLILLIASR SIKYPQVGAK LPVNLPVLGS PSVGTFVASM AFGHVVGAGI VLGLSNLGWL

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit PsaK

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit XI

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
分子量理論値: 19.726336 KDa
配列文字列:
MTNTANPSVE SKLNYRLDTD PVQPYKGDPF NSNFSTAITD SPLARAFINN LPAYRKGLTP FMRGLEIGMA HGYFLVGPEV VVGPLRETA HGANLSGLIT AIYIAVSACL GISIFAITTF QGDPRGAYGS TSKDSLRPLR NRDEWYQLNG GIFLGAMGGA V FAYLLLEN FDALDSILRG GVNVN

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XI

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
分子量理論値: 3.540284 KDa
組換発現生物種: Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
配列文字列:
MMNISDTQVF VALVVALLPG LLAFRLATEL YK

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XII

+
分子 #12: Photosystem one PsaX

分子名称: Photosystem one PsaX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
分子量理論値: 3.199871 KDa
組換発現生物種: Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
配列文字列:
APFPFRTIVS LILLAGNILV AAIYFHIIN

UniProtKB: Photosystem one PsaX

+
分子 #13: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 3 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

+
分子 #14: Chlorophyll F

分子名称: Chlorophyll F / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 24 / 式: F6C
分子量理論値: 905.457 Da
Chemical component information


化合物 画像なし

ChemComp-F6C:
Chlorophyll F

+
分子 #15: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 246 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #16: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 6 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE

+
分子 #17: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 9 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER

+
分子 #18: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 66 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE

+
分子 #19: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 15 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / リン脂質*YM

+
分子 #20: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 9 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

+
分子 #21: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 15 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #22: EICOSANE

分子名称: EICOSANE / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 6 / 式: LFA
分子量理論値: 282.547 Da
Chemical component information

ChemComp-LFA:
EICOSANE

+
分子 #23: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 3 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #24: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 405 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度8 mg/mL
緩衝液pH: 6.5
詳細: 20 mM MES NaOH pH 6.5 5 mM CaCl2 5 mM MgCl2 0.03% betaDM
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細the sample was monodisperse, but the concentration high

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8854 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1560000
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 83138
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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