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- EMDB-44260: Cryo-EM structure of the avian great tit TRPM8 channel in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44260
タイトルCryo-EM structure of the avian great tit TRPM8 channel in complex with the antagonist TC-I 2014
マップデータThe final full map sharpened with a B factor of -60
試料
  • 複合体: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: 3-{7-(trifluoromethyl)-5-[2-(trifluoromethyl)phenyl]-1H-benzimidazol-2-yl}-1-oxa-2-azaspiro[4.5]dec-2-ene
キーワードTRPM8 / menthol receptor / cold receptor / PI(4 / 5)P2 / cooling agonists / temperature sensing / ion channel / sensory transduction / transient receptor potential ion channel / TRPM8 activation / TRPM8 inhibition / TRPM8 desensitization / TRPM8 antagonists / MEMBRANE PROTEIN
生物種Parus major (シジュウカラ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者Yin Y / Park C-G / Zhang F / Fedor J / Feng S / Suo Y / Im W / Lee S-Y
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS) 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Mechanisms of sensory adaptation and inhibition of the cold and menthol receptor TRPM8.
著者: Ying Yin / Cheon-Gyu Park / Feng Zhang / Justin G Fedor / Shasha Feng / Yang Suo / Wonpil Im / Seok-Yong Lee /
要旨: Our sensory adaptation to cold and chemically induced coolness is mediated by the intrinsic property of TRPM8 channels to desensitize. TRPM8 is also implicated in cold-evoked pain disorders and ...Our sensory adaptation to cold and chemically induced coolness is mediated by the intrinsic property of TRPM8 channels to desensitize. TRPM8 is also implicated in cold-evoked pain disorders and migraine, highlighting its inhibitors as an avenue for pain relief. Despite the importance, the mechanisms of TRPM8 desensitization and inhibition remained unclear. We found, using cryo-electron microscopy, electrophysiology, and molecular dynamics simulations, that TRPM8 inhibitors bind selectively to the desensitized state of the channel. These inhibitors were used to reveal the overlapping mechanisms of desensitization and inhibition and that cold and cooling agonists share a common desensitization pathway. Furthermore, we identified the structural determinants crucial for the conformational change in TRPM8 desensitization. Our study illustrates how receptor-level conformational changes alter cold sensation, providing insights into therapeutic development.
履歴
登録2024年3月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月21日-
マップ公開2024年8月21日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44260.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44260.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The final full map sharpened with a B factor of -60
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 345.6 Å		1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 345.6 Å		1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 345.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-1.0524747 - 1.7377378
平均 (標準偏差)0.0023498004 (±0.04436436)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 345.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map A of the final 3D reconstruction

ファイルemd_44260_half_map_1.map
注釈Half map A of the final 3D reconstruction
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B of the final 3D reconstruction

ファイルemd_44260_half_map_2.map
注釈Half map B of the final 3D reconstruction
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8

全体名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
要素
  • 複合体: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: 3-{7-(trifluoromethyl)-5-[2-(trifluoromethyl)phenyl]-1H-benzimidazol-2-yl}-1-oxa-2-azaspiro[4.5]dec-2-ene

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超分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8

超分子名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Parus major (シジュウカラ)

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分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8

分子名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Parus major (シジュウカラ)
分子量理論値: 131.966203 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAIAEGVLGH ILETLVSMGS MRHRRNGNFE SSRLLYSSMS RSIDVACSDA DLANFIQENF KKRECVFFTK DTKSMGNLCK CGYPENQHI EGTQVNTTEK WNYKKHTKEL PTDAFGDIQF ENLGKRGKYI RLSCDTDSET LYDLMTQHWH LKTPNLVISV T GGAKNFAL ...文字列:
MAIAEGVLGH ILETLVSMGS MRHRRNGNFE SSRLLYSSMS RSIDVACSDA DLANFIQENF KKRECVFFTK DTKSMGNLCK CGYPENQHI EGTQVNTTEK WNYKKHTKEL PTDAFGDIQF ENLGKRGKYI RLSCDTDSET LYDLMTQHWH LKTPNLVISV T GGAKNFAL KPRMRKIFSR LIYIAQSKGA WIFTGGTHYG LMKYIGEVVR DNTISRSSEE NVVAIGIAAW GMISNRETLI RT ADSDGSF LARYIMDDLK RDPLYCLDNN HTHLLLVDNG THGHPTTEAK VRTQLEKYIS ERVIPESNYG GKIPIVCFAQ GGG KETLKS INVAIKSKIP CVVVEGSGRI ADVIASLVEA EGTLASSCVK ESLLRFLPRT ISRLSEEETE SWIKWIKEVL ESPH LLTVI KIEEAGDEIV SNAISFALYK AFSTNEHDRD NWNGQLKLLL EWNQLDLASD EIFTNDRNWE SADLQDVMFT ALVKD RPKF VRLFLENGLN LRKFLTTEVL RELYTNNFSS LVFKNLQIAK NSYNDALLTF VWKMVEDFRR GFKRDYKNSK DEMEIQ LSE ECPITRHPLQ ALFIWSVLQN KKELSKVIWE QTRGCTLAAL GASKLLKSMA KVKNDINAAG ESEELANEYE TRAVELF TE CYSNDEDLAE QLLTYSCEAW GGSNCLELAV EARDQQFIAQ PGVQNFLSKQ WYGEISRDTK NWKIIMCLFF FPLIGCGF I SFRKKPVEKS KKLFLYYVSF FTSPFVVFSW NVIFYIAFLL LFAYVLLMDF QKEPTALEII LYVLVFVLLC DEWYMNGSK YFSDLWNVMD TLAIFYFIAG IVFRLHSDES SWYSGRVIFC LDYIVFTLRL IHIFTVSRNL GPKIIMLQRM MIDVFFFLFL FAVWMVAFG VARQGILRKN EHRWEWIFRS VIYEPYLAMF GQYPDDIDGT TYNFDRCTFS GNESKPLCVE LDANNQPRFP E WITIPLVC IYMLSTNILL VNLLVAMFGY TVGSVQENND QVWKFQRFFL VQEYCSRLTI PFPFVIFAYI FMVMRKCFKC CC NKESKEP SICCSRNEDN EILAWEAVMK ENYLVKINTK ANDSSEEMVH RFRQLDAKLS DLKGLLKEIS SKIKSNSLEV LFQ GPDYKD DDDKAHHHHH HHHHH

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分子 #2: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #3: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 16 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

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分子 #4: 3-{7-(trifluoromethyl)-5-[2-(trifluoromethyl)phenyl]-1H-benzimida...

分子名称: 3-{7-(trifluoromethyl)-5-[2-(trifluoromethyl)phenyl]-1H-benzimidazol-2-yl}-1-oxa-2-azaspiro[4.5]dec-2-ene
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: T14
分子量理論値: 467.407 Da
Chemical component information

ChemComp-T14:
3-{7-(trifluoromethyl)-5-[2-(trifluoromethyl)phenyl]-1H-benzimidazol-2-yl}-1-oxa-2-azaspiro[4.5]dec-2-ene

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
ソフトウェア名称: Latitude
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 10266 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3535129
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

7127


詳細: The EM map for the previously reported apo TRPM8 structure (EMD-7127) was low-pass filtered to 30-angstrom and used as an initial model without a reference mask.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 82123
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
Chain詳細PDB ID
source_name: Other, initial_model_type: experimental modelAnother structural model from this study was used as the initial model for model building.
source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6o77

ソフトウェア名称: Coot
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9b6i:
Cryo-EM structure of the avian great tit TRPM8 channel in complex with the antagonist TC-I 2014

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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