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基本情報
| 登録情報 | ![]() | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Cryo-EM structure of the HIV-1 nuclear export complex | ||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | HIV Karyopherin Rev Crm1 / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | ||||||||||||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報cellular response to triglyceride / cellular response to salt / HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / annulate lamellae / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA nuclear export complex / pre-miRNA export from nucleus / snRNA import into nucleus / nuclear export signal receptor activity / cellular response to mineralocorticoid stimulus ...cellular response to triglyceride / cellular response to salt / HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / annulate lamellae / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA nuclear export complex / pre-miRNA export from nucleus / snRNA import into nucleus / nuclear export signal receptor activity / cellular response to mineralocorticoid stimulus / manchette / regulation of centrosome duplication / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / importin-alpha family protein binding / regulation of protein export from nucleus / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / protein localization to nucleolus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / tRNA processing in the nucleus / GTP metabolic process / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / protein-containing complex localization / nucleocytoplasmic transport / MicroRNA (miRNA) biogenesis / DNA metabolic process / dynein intermediate chain binding / Maturation of hRSV A proteins / mitotic sister chromatid segregation / viral process / spermatid development / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / ribosomal large subunit export from nucleus / nuclear pore / protein localization to nucleus / sperm flagellum / Cajal body / ribosomal subunit export from nucleus / mRNA export from nucleus / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / NPAS4 regulates expression of target genes / ribosomal small subunit export from nucleus / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / protein export from nucleus / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / mitotic spindle organization / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / male germ cell nucleus / hippocampus development / Heme signaling / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / centriole / Transcriptional regulation by small RNAs / RHO GTPases Activate Formins / positive regulation of protein import into nucleus / MAPK6/MAPK4 signaling / recycling endosome / kinetochore / small GTPase binding / protein import into nucleus / melanosome / Separation of Sister Chromatids / GDP binding / nuclear envelope / mitotic cell cycle / ribosome biogenesis / actin cytoskeleton organization / G protein activity / midbody / nuclear membrane / DNA-binding transcription factor binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cadherin binding / response to xenobiotic stimulus / ribonucleoprotein complex / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / cell division / GTPase activity / chromatin binding / GTP binding / chromatin / protein-containing complex binding / nucleolus / magnesium ion binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
| 生物種 | Homo sapiens (ヒト) / ![]() Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||||||||||||||
| 手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.25 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Smith AM / Cheng Y / Frankel AD | ||||||||||||||||||
| 資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: To Be Publishedタイトル: Structure of the HIV-1 RNA Nuclear Export Complex Reveals Crm1 Versatility 著者: Smith AM / Cheng Y / Frankel AD / Li Y / Velarde A | ||||||||||||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
| マップデータ | emd_42494.map.gz | 31.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
|---|---|---|---|---|
| ヘッダ (付随情報) | emd-42494-v30.xml emd-42494.xml | 30.3 KB 30.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
| FSC (解像度算出) | emd_42494_fsc.xml | 10 KB | 表示 | FSCデータファイル |
| 画像 | emd_42494.png | 59.6 KB | ||
| マスクデータ | emd_42494_msk_1.map | 40.6 MB | マスクマップ | |
| Filedesc metadata | emd-42494.cif.gz | 8.3 KB | ||
| その他 | emd_42494_half_map_1.map.gz emd_42494_half_map_2.map.gz | 31.4 MB 31.4 MB | ||
| アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42494 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42494 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 8urjMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
|---|---|
| 類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 F&H 検索 |
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リンク
| EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
|---|---|
| 「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
| ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_42494.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.67 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 密度 |
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| 対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
| ファイル | emd_42494_msk_1.map | ||||||||||||
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| 投影像・断面図 |
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| 密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
| ファイル | emd_42494_half_map_1.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
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| 密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
| ファイル | emd_42494_half_map_2.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
| ||||||||||||
| 密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : HIV-1 Nuclear Export complex
| 全体 | 名称: HIV-1 Nuclear Export complex |
|---|---|
| 要素 |
|
-超分子 #1: HIV-1 Nuclear Export complex
| 超分子 | 名称: HIV-1 Nuclear Export complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
|---|---|
| 分子量 | 理論値: 445 KDa |
-超分子 #2: Crm1
| 超分子 | 名称: Crm1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Crm1 forms a dimer |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 123 KDa |
-超分子 #3: Ran Q69L 1-180
| 超分子 | 名称: Ran Q69L 1-180 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 / 詳細: Each Crm1 subunit binds a Ran molecule |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 20.75 KDa |
-超分子 #4: HIV-1 Rev/RRE RNP
| 超分子 | 名称: HIV-1 Rev/RRE RNP / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2, #4 詳細: RRE was generated from T7 polymerase on a linearized plasmid |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: ![]() Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
| 分子量 | 理論値: 158 KDa |
-分子 #1: Exportin-1
| 分子 | 名称: Exportin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 122.267984 KDa |
| 組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 配列 | 文字列: GAMGSGMPAI MTMLADHAAR QLLDFSQKLD INLLDNVVNC LYHGEGAQQR MAQEVLTHLK EHPDAWTRVD TILEFSQNMN TKYYGLQIL ENVIKTRWKI LPRNQCEGIK KYVVGLIIKT SSDPTCVEKE KVYIGKLNMI LVQILKQEWP KHWPTFISDI V GASRTSES ...文字列: GAMGSGMPAI MTMLADHAAR QLLDFSQKLD INLLDNVVNC LYHGEGAQQR MAQEVLTHLK EHPDAWTRVD TILEFSQNMN TKYYGLQIL ENVIKTRWKI LPRNQCEGIK KYVVGLIIKT SSDPTCVEKE KVYIGKLNMI LVQILKQEWP KHWPTFISDI V GASRTSES LCQNNMVILK LLSEEVFDFS SGQITQVKSK HLKDSMCNEF SQIFQLCQFV MENSQNAPLV HATLETLLRF LN WIPLGYI FETKLISTLI YKFLNVPMFR NVSLKCLTEI AGVSVSQYEE QFVTLFTLTM MQLKQMLPLN TNIRLAYSNG KDD EQNFIQ NLSLFLCTFL KEHDQLIEKR LNLRETLMEA LHYMLLVSEV EETEIFKICL EYWNHLAAEL YRESPFSTSA SPLL SGSQH FDVPPRRQLY LPMLFKVRLL MVSRMAKPEE VLVVENDQGE VVREFMKDTD SINLYKNMRE TLVYLTHLDY VDTER IMTE KLHNQVNGTE WSWKNLNTLC WAIGSISGAM HEEDEKRFLV TVIKDLLGLC EQKRGKDNKA IIASNIMYIV GQYPRF LRA HWKFLKTVVN KLFEFMHETH DGVQDMACDT FIKIAQKCRR HFVQVQVGEV MPFIDEILNN INTIICDLQP QQVHTFY EA VGYMIGAQTD QTVQEHLIEK YMLLPNQVWD SIIQQATKNV DILKDPETVK QLGSILKTNV RACKAVGHPF VIQLGRIY L DMLNVYKCLS ENISAAIQAN GEMVTKQPLI RSMRTVKRET LKLISGWVSR SNDPQMVAEN FVPPLLDAVL IDYQRNVPA AREPEVLSTM AIIVNKLGGH ITAEIPQIFD AVFECTLNMI NKDFEEYPEH RTNFFLLLQA VNSHCFPAFL AIPPTQFKLV LDSIIWAFK HTMRNVADTG LQILFTLLQN VAQEEAAAQS FYQTYFCDIL QHIFSVVTDT SHTAGLTMHA SILAYMFNLV E EGKISTSL NPGNPVNNQI FLQEYVANLL KSAFPHLQDA QVKLFVTGLF SLNQDIPAFK EHLRDFLVQI KEFAGEDTSD LF LEEREIA LRQADEEKHK RQMSV UniProtKB: Exportin-1 |
-分子 #2: Rev HIV-1
| 分子 | 名称: Rev HIV-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 詳細: Native NES was exchanged with NS2Val NES Native NES: LPPLERLTL Ns2Val NES: TVDEMTKKFGTLTI コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: ![]() Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)株: HXB3 |
| 分子量 | 理論値: 10.687159 KDa |
| 組換発現 | 生物種: ![]() |
| 配列 | 文字列: AMAGRSGDSD EDLLKAVRLI KFLYQSNPPP NPEGTRQARR NRRRRWRARQ RQIHSISERI RSTYLGRSAE PVPLQTVDEM TKKFGTLTI DCN |
-分子 #3: GTP-binding nuclear protein Ran
| 分子 | 名称: GTP-binding nuclear protein Ran / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: Q69L 1-180 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 20.722076 KDa |
| 組換発現 | 生物種: ![]() |
| 配列 | 文字列: GHMTAQGEPQ VQFKLVLVGD GGTGKTTFVK RHLTGEFEKK YVATLGVEVH PLVFHTNRGP IKFNVWDTAG LEKFGGLRDG YYIQAQCAI IMFDVTSRVT YKNVPNWHRD LVRVCENIPI VLCGNKVDIK DRKVKAKSIV FHRKKNLQYY DISAKSNYNF E KPFLWLAR KLIGDPNLEF VAM UniProtKB: GTP-binding nuclear protein Ran |
-分子 #4: Rev HIV-1
| 分子 | 名称: Rev HIV-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 詳細: Native NES was exchanged with NS2Val NES Native NES: LPPLERLTL Ns2Val NES: TVDEMTKKFGTLTI コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: ![]() Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)株: HXB3 |
| 分子量 | 理論値: 10.644108 KDa |
| 組換発現 | 生物種: ![]() |
| 配列 | 文字列: GAMAGRSGDS DEDLLKAVRL IKFLYQSNPP PNPEGTRQAR RNRRRRWRER QRQIHSISER ILSTYLGRSA EPVPLQTVDE MTKKFGTLT IDC |
-分子 #5: HIV-1 RRE
| 分子 | 名称: HIV-1 RRE / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1 |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: ![]() Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
| 分子量 | 理論値: 114.996102 KDa |
| 配列 | 文字列: UGAACCAUUA GGAAUAGCAC CCACCAAGGC AAAGAGAAGA GUGGUGCAGA GAGAAAAAAG AGCAGUGGGA AUAGUAGGAG CUAUGUUCC UUGGGUUCUU GGGAGCAGCA GGAAGCACUA UGGGCGCAGU GUCAUUGACG CUGACGGUAC AGGCCAGACA A UUAUUGUC ...文字列: UGAACCAUUA GGAAUAGCAC CCACCAAGGC AAAGAGAAGA GUGGUGCAGA GAGAAAAAAG AGCAGUGGGA AUAGUAGGAG CUAUGUUCC UUGGGUUCUU GGGAGCAGCA GGAAGCACUA UGGGCGCAGU GUCAUUGACG CUGACGGUAC AGGCCAGACA A UUAUUGUC UGGUAUAGUG CAACAGCAGA ACAAUUUGCU GAGGGCUAUU GAGGCGCAAC AACAUCUGUU GCAACUCACA GU CUGGGGC AUCAAGCAGC UCCAAGCAAG AAUCCUGGCU GUGGAAAGAU ACCUAAGGGA UCAACAGCUC CUAGGGGAAU UCG GUUGCU CUGGAAAACU CAUUUGCACC ACUGCUGUG GENBANK: GENBANK: K02007.1 |
-実験情報
-構造解析
| 手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
|---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
| 試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
| 濃度 | 0.7 mg/mL | |||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
| |||||||||||||||
| グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER | |||||||||||||||
| 凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Washed grid 2x outside of vitrobot; with the second drop of buffer I loaded the tweezers; moved the grid into the chamber and then I blotted.. |
-
電子顕微鏡法
| 顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
|---|---|
| 特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
| 撮影 | #0 - Image recording ID: 1 #0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) #0 - 撮影したグリッド数: 6 / #0 - 実像数: 24447 / #0 - 平均電子線量: 66.0 e/Å2 #0 - 詳細: graphene oxide grids treated with single stranded DNA oligos; tilt angles 0 and 25 degrees #1 - Image recording ID: 2 #1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) #1 - 撮影したグリッド数: 3 / #1 - 実像数: 22762 / #1 - 平均電子線量: 68.0 e/Å2 #1 - 詳細: Graphene oxide grids treated with polyamine; tilt angles 0, 15 and 30 degrees |
| 電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
| 電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率(補正後): 59880 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 105000 |
| 試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
| 実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
| 初期モデル |
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 325 | ||||||||||||||||||
| 得られたモデル | ![]() PDB-8urj: |
ムービー
コントローラー
万見について




キーワード
Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
データ登録者
米国, 5件
引用













Z (Sec.)
Y (Row.)
X (Col.)













































FIELD EMISSION GUN



