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- EMDB-3880: Coxsackievirus A24v in complex with the D1-D2 fragment of ICAM-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3880
タイトルCoxsackievirus A24v in complex with the D1-D2 fragment of ICAM-1
マップデータCoxsackievirus A24v in complex with the D1-D2 fragment of ICAM-1
試料
  • 複合体: Coxsackievirus A24v in complex with the D1 and D2 domains of ICAM-1
    • 複合体: Coxsackievirus A24
      • タンパク質・ペプチド: VP1
      • タンパク質・ペプチド: VP2
      • タンパク質・ペプチド: VP3
    • 複合体: D1 and D2 domains of ICAM-1
      • タンパク質・ペプチド: Intercellular adhesion molecule 1
キーワードEnterovirus / Receptor / Complex / picornavirus / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of leukocyte mediated cytotoxicity / T cell extravasation / positive regulation of cellular extravasation / leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / regulation of ruffle assembly / T cell antigen processing and presentation / membrane to membrane docking / cell-cell adhesion mediated by integrin / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / adhesion of symbiont to host ...regulation of leukocyte mediated cytotoxicity / T cell extravasation / positive regulation of cellular extravasation / leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / regulation of ruffle assembly / T cell antigen processing and presentation / membrane to membrane docking / cell-cell adhesion mediated by integrin / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / adhesion of symbiont to host / establishment of endothelial barrier / heterophilic cell-cell adhesion / leukocyte migration / leukocyte cell-cell adhesion / Interleukin-10 signaling / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / immunological synapse / Integrin cell surface interactions / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / cellular response to leukemia inhibitory factor / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / cellular response to glucose stimulus / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / integrin binding / cellular response to amyloid-beta / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / viral capsid / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / transmembrane signaling receptor activity / host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / virus receptor activity / extracellular matrix / channel activity / signaling receptor activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / monoatomic ion transmembrane transport / receptor-mediated virion attachment to host cell / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell adhesion / RNA helicase activity / membrane raft / endocytosis involved in viral entry into host cell / receptor ligand activity / external side of plasma membrane / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / focal adhesion / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / cell surface / proteolysis / : / RNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / ICAM-1/3/5, D2 domain / Intercellular adhesion molecule / Intercellular adhesion molecule, N-terminal / Intercellular adhesion molecule (ICAM), N-terminal domain / Intercellular adhesion molecule/vascular cell adhesion molecule, N-terminal / : / Immunoglobulin domain / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like ...: / ICAM-1/3/5, D2 domain / Intercellular adhesion molecule / Intercellular adhesion molecule, N-terminal / Intercellular adhesion molecule (ICAM), N-terminal domain / Intercellular adhesion molecule/vascular cell adhesion molecule, N-terminal / : / Immunoglobulin domain / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Immunoglobulin-like domain superfamily / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Immunoglobulin-like fold / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Intercellular adhesion molecule 1 / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Coxsackievirus A24 (コクサッキーウイルス) / homo sapiens (ヒト) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Hurdiss DL / Ranson NA
資金援助 オランダ, ドイツ, 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Netherlands Organization for Scientific ResearchNWO-VICI-91812628 オランダ
German Research FoundationSFB685 ドイツ
Wellcome Trust102572/B/13/Z 英国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Role of enhanced receptor engagement in the evolution of a pandemic acute hemorrhagic conjunctivitis virus.
著者: Jim Baggen / Daniel L Hurdiss / Georg Zocher / Nitesh Mistry / Richard W Roberts / Jasper J Slager / Hongbo Guo / Arno L W van Vliet / Maryam Wahedi / Kimberley Benschop / Erwin Duizer / ...著者: Jim Baggen / Daniel L Hurdiss / Georg Zocher / Nitesh Mistry / Richard W Roberts / Jasper J Slager / Hongbo Guo / Arno L W van Vliet / Maryam Wahedi / Kimberley Benschop / Erwin Duizer / Cornelis A M de Haan / Erik de Vries / José M Casasnovas / Raoul J de Groot / Niklas Arnberg / Thilo Stehle / Neil A Ranson / Hendrik Jan Thibaut / Frank J M van Kuppeveld /
要旨: Acute hemorrhagic conjunctivitis (AHC) is a painful, contagious eye disease, with millions of cases in the last decades. Coxsackievirus A24 (CV-A24) was not originally associated with human disease, ...Acute hemorrhagic conjunctivitis (AHC) is a painful, contagious eye disease, with millions of cases in the last decades. Coxsackievirus A24 (CV-A24) was not originally associated with human disease, but in 1970 a pathogenic "variant" (CV-A24v) emerged, which is now the main cause of AHC. Initially, this variant circulated only in Southeast Asia, but it later spread worldwide, accounting for numerous AHC outbreaks and two pandemics. While both CV-A24 variant and nonvariant strains still circulate in humans, only variant strains cause AHC for reasons that are yet unknown. Since receptors are important determinants of viral tropism, we set out to map the CV-A24 receptor repertoire and establish whether changes in receptor preference have led to the increased pathogenicity and rapid spread of CV-A24v. Here, we identify ICAM-1 as an essential receptor for both AHC-causing and non-AHC strains. We provide a high-resolution cryo-EM structure of a virus-ICAM-1 complex, which revealed critical ICAM-1-binding residues. These data could help identify a possible conserved mode of receptor engagement among ICAM-1-binding enteroviruses and rhinoviruses. Moreover, we identify a single capsid substitution that has been adopted by all pandemic CV-A24v strains and we reveal that this adaptation enhances the capacity of CV-A24v to bind sialic acid. Our data elucidate the CV-A24v receptor repertoire and point to a role of enhanced receptor engagement in the adaptation to the eye, possibly enabling pandemic spread.
履歴
登録2017年9月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年9月27日-
マップ公開2018年1月10日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00701
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00701
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6eit
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6eit
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3880.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3880.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 381.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Coxsackievirus A24v in complex with the D1-D2 fragment of ICAM-1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 464 pix.
= 494.206 Å		1.07 Å/pix.
x 464 pix.
= 494.206 Å		1.07 Å/pix.
x 464 pix.
= 494.206 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0651 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00701 / ムービー #1: 0.00701
最小 - 最大-0.1644654 - 0.17634246
平均 (標準偏差)0.0014059278 (±0.011912413)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ464464464
Spacing464464464
セルA=B=C: 494.2064 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0650991379311.0650991379311.065099137931
M x/y/z464464464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z494.206494.206494.206
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS464464464
D min/max/mean-0.1640.1760.001

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添付データ

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追加マップ: Coxsackievirus A24v in complex with the D1-D2 fragment...

ファイルemd_3880_additional.map
注釈Coxsackievirus A24v in complex with the D1-D2 fragment of ICAM-1 (unsharpened map).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Coxsackievirus A24v in complex with the D1 and D2 domains of ICAM-1

全体名称: Coxsackievirus A24v in complex with the D1 and D2 domains of ICAM-1
要素
  • 複合体: Coxsackievirus A24v in complex with the D1 and D2 domains of ICAM-1
    • 複合体: Coxsackievirus A24
      • タンパク質・ペプチド: VP1
      • タンパク質・ペプチド: VP2
      • タンパク質・ペプチド: VP3
    • 複合体: D1 and D2 domains of ICAM-1
      • タンパク質・ペプチド: Intercellular adhesion molecule 1

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超分子 #1: Coxsackievirus A24v in complex with the D1 and D2 domains of ICAM-1

超分子名称: Coxsackievirus A24v in complex with the D1 and D2 domains of ICAM-1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 8 MDa

-
超分子 #2: Coxsackievirus A24

超分子名称: Coxsackievirus A24 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A24 (コクサッキーウイルス)

-
超分子 #3: D1 and D2 domains of ICAM-1

超分子名称: D1 and D2 domains of ICAM-1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: VP1

分子名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A24 (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 34.378371 KDa
配列文字列: GIEETIDTVI TNALQLSQPK PQKQPTAQST PLTSGVNSQE VPALTAVETG ASGQAVPSDV IETRHVVNYK TRSESTLESF FGRSACVTI LEVENFNATT DADRKKQFTT WAITYTDTVQ LRRKLEFFTY SRFDLEMTFV ITERYYASNT GHARNQVYQL M YIPPGAPR ...文字列:
GIEETIDTVI TNALQLSQPK PQKQPTAQST PLTSGVNSQE VPALTAVETG ASGQAVPSDV IETRHVVNYK TRSESTLESF FGRSACVTI LEVENFNATT DADRKKQFTT WAITYTDTVQ LRRKLEFFTY SRFDLEMTFV ITERYYASNT GHARNQVYQL M YIPPGAPR PTAWDDYTWQ SSSNPSVFYT YGSAPPRMSI PYVGIANAYS HFYDGFARVP LKDETVDSGD TYYGLVTIND FG TLAVRVV NEYNPARITS KIRVYMKPKH VRCWCPRPPR AVPYRGEGVD FKQDSITPLT AVENINTF

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: VP2

分子名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A24 (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 29.817412 KDa
配列文字列: SPNVEACGYS DRVRQITLGN STITTQEAAN AVVAYGEWPS YLDDKEANPI DAPTEPDVSS NRFYTLDSVQ WKSTSRGWWW KLPDALKDM GMFGQNMYYH YLGRSGYTVH VQCNASKFHQ GALGVFAIPE YVMACNTEAK TSYVSYVNAN PGEKGGVFDN A YNPSAEAS ...文字列:
SPNVEACGYS DRVRQITLGN STITTQEAAN AVVAYGEWPS YLDDKEANPI DAPTEPDVSS NRFYTLDSVQ WKSTSRGWWW KLPDALKDM GMFGQNMYYH YLGRSGYTVH VQCNASKFHQ GALGVFAIPE YVMACNTEAK TSYVSYVNAN PGEKGGVFDN A YNPSAEAS EGRKFAALDY LLGCGVLAGN AFVYPHQIIN LRTNNSATLV LPYVNSLAID CMAKHNNWGL VILPLCKLDY AP NSSTEIP ITVTIAPMFT EFNGLRNITV PATQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #3: VP3

分子名称: VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A24 (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 26.637746 KDa
配列文字列: GLPTMLTPGS SQFLTSDDFQ SPCALPNFDV TPPIHIPGEV FNMMELAEID SMIPMNSVTG KANTMEMYPI PLDDKGSATP IFSISLSPA SDKRLQYTML GEILNYYTHW TGSLRFTFLF CGSMMATGKI LLSYSPPGAK PPTTRKDAML GTHIIWDLGL Q SSCTMLAP ...文字列:
GLPTMLTPGS SQFLTSDDFQ SPCALPNFDV TPPIHIPGEV FNMMELAEID SMIPMNSVTG KANTMEMYPI PLDDKGSATP IFSISLSPA SDKRLQYTML GEILNYYTHW TGSLRFTFLF CGSMMATGKI LLSYSPPGAK PPTTRKDAML GTHIIWDLGL Q SSCTMLAP WISNTVYRRC IKDDFTEGGY ITCFYQTRIV VPSGTPTSMF MLAFVSACPD FSVRLLRDTN HISQRTLFAR AQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #4: Intercellular adhesion molecule 1

分子名称: Intercellular adhesion molecule 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.2976 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
QTSVSPSKVI LPRGGSVLVT CSTSCDQPKL LGIETPLPKK ELLLPGNNRK VYELSNVQED SQPMCYSNCP DGQSTAKTFL TVYWT

UniProtKB: Intercellular adhesion molecule 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: TBS buffer (Coxsackievirus A24v) Phosphate buffer (ICAM-1 D1-D2)
グリッドモデル: Lacey grids coated in a 3 nm carbon film (Agar Scientific, UK)
材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 8 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: On-grid binding of the receptor was performed by applying 3 microliters of ICAM-1 (9.85 mg/ml) to the pre-blotted, virus-containing grid, and leaving for 30 seconds before blotting and freezing.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2652 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: 300 Angstrom sphere generated in spider
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 26311
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-6eit:
Coxsackievirus A24v in complex with the D1-D2 fragment of ICAM-1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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