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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron EG.5 spike protein(6P), RBD-closed state | |||||||||
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![]() | SARS-CoV-2 / Omicron / EG.5 / spike protein / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.61 Å | |||||||||
![]() | Li LJ / Gu YH / Shi KY / Qi JX / Gao GF | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of receptor binding and immune escape for SARS-CoV-2 Omicron BA.2.86, EG.5, EG.5.1 and HV.1 sub-variants 著者: Li LJ / Xu ZP / Liu KF / Gao GF | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 449.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.1 KB 14.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 96.1 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 512 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 475.6 MB 475.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 722.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 722.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8xm5MC ![]() 8xlvC ![]() 8xmgC ![]() 8xmtC ![]() 8xn2C ![]() 8xn3C ![]() 8xn5C ![]() 8xnkC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.808 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_38463_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38463_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 Omicron EG.5 spike protein(6P), RBD-closed state
全体 | 名称: SARS-CoV-2 Omicron EG.5 spike protein(6P), RBD-closed state |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 Omicron EG.5 spike protein(6P), RBD-closed state
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 Omicron EG.5 spike protein(6P), RBD-closed state タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Omicron EG.5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 141.06675 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GTQCVNLITR TQSYTNSFTR GVYYPDKVFR SSVLHSTQDL FLPFFSNVTW FHAIHVSGT NGTKRFDNPA LPFNDGVYFA STEKSNIIRG WIFGTTLDSK TQSLLIVNNA TNVVIKVCEF QFCNDPFLDV Y QKNNKSWM ...文字列: MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GTQCVNLITR TQSYTNSFTR GVYYPDKVFR SSVLHSTQDL FLPFFSNVTW FHAIHVSGT NGTKRFDNPA LPFNDGVYFA STEKSNIIRG WIFGTTLDSK TQSLLIVNNA TNVVIKVCEF QFCNDPFLDV Y QKNNKSWM ESEFRVYSSA NNCTFEYVSQ PFLMDLEGKE GNFKNLREFV FKNIDGYFKI YSKHTPINLE RDLPQGFSAL EP LVDLPIG INITRFQTLL ALHRSYLTPV DSSSGWTAGA AAYYVGYLQP RTFLLKYNEN GTITDAVDCA LDPLSETKCT LKS FTVEKG IYQTSNFRVQ PTESIVRFPN ITNLCPFHEV FNATTFASVY AWNRKRISNC VADYSVIYNF APFFAFKCYG VSPT KLNDL CFTNVYADSF VIRGNEVSQI APGQTGNIAD YNYKLPDDFT GCVIAWNSNK LDSKPSGNYN YLYRLLRKSK LKPFE RDIS TEIYQAGNKP CNGVAGPNCY SPLQSYGFRP TYGVGHQPYR VVVLSFELLH APATVCGPKK STNLVKNKCV NFNFNG LTG TGVLTESNKK FLPFQQFGRD IADTTDAVRD PQTLEILDIT PCSFGGVSVI TPGTNTSNQV AVLYQGVNCT EVPVAIH AD QLTPTWRVYS TGSNVFQTRA GCLIGAEYVN NSYECDIPIG AGICASYQTQ TKSHRRARSV ASQSIIAYTM SLGAENSV A YSNNSIAIPT NFTISVTTEI LPVSMTKTSV DCTMYICGDS TECSNLLLQY GSFCTQLKRA LTGIAVEQDK NTQEVFAQV KQIYKTPPIK YFGGFNFSQI LPDPSKPSKR SPIEDLLFNK VTLADAGFIK QYGDCLGDIA ARDLICAQKF NGLTVLPPLL TDEMIAQYT SALLAGTITS GWTFGAGPAL QIPFPMQMAY RFNGIGVTQN VLYENQKLIA NQFNSAIGKI QDSLSSTPSA L GKLQDVVN HNAQALNTLV KQLSSKFGAI SSVLNDILSR LDPPEAEVQI DRLITGRLQS LQTYVTQQLI RAAEIRASAN LA ATKMSEC VLGQSKRVDF CGKGYHLMSF PQSAPHGVVF LHVTYVPAQE KNFTTAPAIC HDGKAHFPRE GVFVSNGTHW FVT QRNFYE PQIITTDNTF VSGNCDVVIG IVNNTVYDPL QPELDSFKEE LDKYFKNHTS PDVDLGDISG INASVVNIQK EIDR LNEVA KNLNESLIDL QELGKYEQGS GYIPEAPRDG QAYVRKDGEW VLLSTFLGSA WSHPQFEKHH HHHHHH UniProtKB: Spike glycoprotein |
-分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 27 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 473611 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |