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- EMDB-37227: Structure of African swine fever virus topoisomerase II in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37227
タイトルStructure of African swine fever virus topoisomerase II in complex with dsDNA
マップデータC
試料
  • 複合体: pP1192R
    • タンパク質・ペプチド: DNA topoisomerase 2
  • DNA: DNA (38-MER)
  • DNA: DNA (38-MER)
キーワードtopo 2 / VIRAL PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sister chromatid segregation / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
C-terminal associated domain of TOPRIM / C-terminal associated domain of TOPRIM / DNA topoisomerase II, eukaryotic-type / : / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA ...C-terminal associated domain of TOPRIM / C-terminal associated domain of TOPRIM / DNA topoisomerase II, eukaryotic-type / : / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA topoisomerase 2
類似検索 - 構成要素
生物種African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス) / DNA molecule (その他)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.9 Å
データ登録者Cong J / Xin Y / Li X / Chen Y
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the DNA topoisomerase II of the African swine fever virus.
著者: Jingyuan Cong / Yuhui Xin / Huiling Kang / Yunge Yang / Chenlong Wang / Dongming Zhao / Xuemei Li / Zihe Rao / Yutao Chen /
要旨: Type II topoisomerases are ubiquitous enzymes that play a pivotal role in modulating the topological configuration of double-stranded DNA. These topoisomerases are required for DNA metabolism and ...Type II topoisomerases are ubiquitous enzymes that play a pivotal role in modulating the topological configuration of double-stranded DNA. These topoisomerases are required for DNA metabolism and have been extensively studied in both prokaryotic and eukaryotic organisms. However, our understanding of virus-encoded type II topoisomerases remains limited. One intriguing example is the African swine fever virus, which stands as the sole mammalian-infecting virus encoding a type II topoisomerase. In this work, we use several approaches including cryo-EM, X-ray crystallography, and biochemical assays to investigate the structure and function of the African swine fever virus type II topoisomerase, pP1192R. We determine the structures of pP1192R in different conformational states and confirm its enzymatic activity in vitro. Collectively, our results illustrate the basic mechanisms of viral type II topoisomerases, increasing our understanding of these enzymes and presenting a potential avenue for intervention strategies to mitigate the impact of the African swine fever virus.
履歴
登録2023年8月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月3日-
マップ公開2024年4月3日-
更新2024年8月14日-
現状2024年8月14日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37227.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37227.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈C
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 295.2 Å		0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 295.2 Å		0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 295.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.004
最小 - 最大-0.005610354 - 0.016776538
平均 (標準偏差)0.0001146625 (±0.000788823)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 295.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: C

ファイルemd_37227_half_map_1.map
注釈C
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: C

ファイルemd_37227_half_map_2.map
注釈C
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : pP1192R

全体名称: pP1192R
要素
  • 複合体: pP1192R
    • タンパク質・ペプチド: DNA topoisomerase 2
  • DNA: DNA (38-MER)
  • DNA: DNA (38-MER)

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超分子 #1: pP1192R

超分子名称: pP1192R / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: dimer
由来(天然)生物種: African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)

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分子 #1: DNA topoisomerase 2

分子名称: DNA topoisomerase 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
分子量理論値: 138.093359 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: EFATMEAFEI SDFKEHAKKK SMWAGALNKV TISGLMGVFT EDEDLMALPI HRDHCPALLK IFDEIIVNAT DHERACHNKT KKVTYIKIS FDKGVFSCEN DGPGIPIAKH EQASLIAKRD VYVPEVASCH FLAGTNINKA KDCIKGGTNG VGLKLAMVHS Q WAILTTAD ...文字列:
EFATMEAFEI SDFKEHAKKK SMWAGALNKV TISGLMGVFT EDEDLMALPI HRDHCPALLK IFDEIIVNAT DHERACHNKT KKVTYIKIS FDKGVFSCEN DGPGIPIAKH EQASLIAKRD VYVPEVASCH FLAGTNINKA KDCIKGGTNG VGLKLAMVHS Q WAILTTAD GAQKYVQHIN QRLDIIEPPT ITPSREMFTR IELMPVYQEL GYAEPLSETE QADLSAWIYL RACQCAAYVG KG TTIYYND KPCRTGSVMA LAKMYTLLSA PNSTIHTATI KADAKPYSLH PLQVAAVVSP KFKKFEHVSV INGVNCVKGE HVT FLKKTI NEMVVKKFQQ TIKDKNRKTT LRDSCSNIFI VIVGSIPGIE WTGQRKDELS IAENVFKTHY SIPSSFLTSM TKSI VDILL QSISKKDNHK QVDVDKYTRA RNAGGKRAQD CMLLAAEGDS ALSLLRTGLT LGKSNPSGPS FDFCGMISLG GVIMN ACKK VTNITTDSGE TIMVRNEQLT NNKVLQGIVQ VLGLDFNCHY KTQEERAKLR YGCIVACVDQ DLDGCGKILG LLLAYF HLF WPQLIIHGFV KRLLTPLIRV YEKGKTMPVE FYYEQEFDAW AKKQTSLANH TVKYYKGLAA HDTHEVKSMF KHFDNMV YT FTLDDSAKEL FHIYFGGESE LRKRELCTGV VPLTETQTQS IHSVRRIPCS LHLQVDTKAY KLDAIERQIP NFLDGMTR A RRKILAGGVK CFASNNRERK VFQFGGYVAD HMFYHHGDMS LNTSIIKAAQ YYPGSSHLYP VFIGIGSFGS RHLGGKDAG SPRYISVQLA SEFIKTMFPA EDSWLLPYVF EDGQRAEPEY YVPVLPLAIM EYGANPSEGW KYTTWARQLE DILALVRAYV DKDNPKHEL LHYAIKHKIT ILPLRPSNYN FKGHLKRFGQ YYYSYGTYVI SEQRNIITIT ELPLRVPTVA YIESIKKSSN R MTFIEEII DYSSSETIEI LVKLKPNSLN RIVEEFKETE EQDSIENFLR LRNCLHSHLN FVKPKGGIIE FNTYYEILYA WL PYRRELY QKRLMREHAV LKLRIIMETA IVRYINESAE LNLSHYEDEK EASRILSEHG FPPLNHTLII SPEFASIEEL NQK ALQGCY TYILSLQARE LLIAAKTRRV EKIKKMQARL DKVEQLLQES PFPGASVWLE EIDAVEKAII KGRNTQWKFH ENLY FQGHH HHHHHH

UniProtKB: DNA topoisomerase 2

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分子 #2: DNA (38-MER)

分子名称: DNA (38-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: DNA molecule (その他)
分子量理論値: 16.058391 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT) (DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA) (DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA) ...文字列:
(DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT) (DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA) (DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)

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分子 #3: DNA (38-MER)

分子名称: DNA (38-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: DNA molecule (その他)
分子量理論値: 15.965361 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA) (DC)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DC) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA) ...文字列:
(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA) (DC)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DC) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DG)(DC)(DA)(DT)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 15000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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