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- EMDB-32215: Cryo-EM structure of Depo32, a Klebsiella phage depolymerase targ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32215
タイトルCryo-EM structure of Depo32, a Klebsiella phage depolymerase targets the K2 serotype K. pneumoniae
マップデータ
試料
  • 複合体: Tail spike protein Depo32
    • タンパク質・ペプチド: Depolymerase
キーワードDepolymerase / Klebsiella pneumoniae / K2 capsular type / Capsular polysaccharides / LYASE
機能・相同性biological process involved in interaction with host / Pectin lyase fold/virulence factor / viral life cycle / virion component / Depolymerase
機能・相同性情報
生物種Klebsiella phage 020009 (ファージ) / Klebsiella phage GH-K3 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Cai R / Ren Z
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32072824 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31872505 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)U19A2038 中国
引用ジャーナル: Microbiol Spectr / 年: 2023
タイトル: Structural biology and functional features of phage-derived depolymerase Depo32 on with K2 serotype capsular polysaccharides.
著者: Ruopeng Cai / Zhuolu Ren / Rihong Zhao / Yan Lu / Xinwu Wang / Zhimin Guo / Jinming Song / Wentao Xiang / Rui Du / Xiaokang Zhang / Wenyu Han / Heng Ru / Jingmin Gu /
要旨: Depolymerases specific to more than 20 serotypes of spp. have been identified, but most studies only evaluated the single-dose treatment of depolymerases with relatively simple clinical evaluation ...Depolymerases specific to more than 20 serotypes of spp. have been identified, but most studies only evaluated the single-dose treatment of depolymerases with relatively simple clinical evaluation indices and did not reveal the anti-infection mechanism of these depolymerases in depth. On the basis of determining the biological characteristics, the structure of Depo32 was analyzed by cryo-electron microscopy, and the potential active center was further identified. In addition, the effects of Depo32 on macrophage phagocytosis, signaling pathway activation, and serum killing were revealed, and the efficacy of the depolymerase (single treatment, multiple treatments, or in combination with gentamicin) against acute pneumonia caused by was evaluated. Moreover, the roles of the active sites of Depo32 were also elucidated in the and studies. Therefore, through structural biology, cell biology, and experiments, this study demonstrated the mechanism by which Depo32 targets K2 serotype . infection.
履歴
登録2021年11月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月30日-
マップ公開2023年8月30日-
更新2024年9月11日-
現状2024年9月11日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32215.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32215.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 256 pix.
= 278.272 Å		1.09 Å/pix.
x 256 pix.
= 278.272 Å		1.09 Å/pix.
x 256 pix.
= 278.272 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0136
最小 - 最大-0.10526239 - 0.2379665
平均 (標準偏差)-0.000010317065 (±0.006657631)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 278.272 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: sharpened by B-factor -50

ファイルemd_32215_additional_1.map
注釈sharpened by B-factor -50
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_32215_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_32215_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tail spike protein Depo32

全体名称: Tail spike protein Depo32
要素
  • 複合体: Tail spike protein Depo32
    • タンパク質・ペプチド: Depolymerase

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超分子 #1: Tail spike protein Depo32

超分子名称: Tail spike protein Depo32 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Klebsiella phage 020009 (ファージ) / 株: vB_KpnS_GH-K3
分子量理論値: 300 KDa

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分子 #1: Depolymerase

分子名称: Depolymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella phage GH-K3 (ファージ)
分子量理論値: 98.645289 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MALYREGKAA MAADGTVTGT GTKWQSSLSL IRPGATIMFL SSPIQMAVVN KVVSDTEIKA ITTNGAVVAS TDYAILLSDS LTVDGLAQD VAETLRYYQS QETVIADAVE FFKEFDFESL QNLANQIKAD SEASESSAAA AAASESKAKT SEDNAKSSEN A AKNSEVAA ...文字列:
MALYREGKAA MAADGTVTGT GTKWQSSLSL IRPGATIMFL SSPIQMAVVN KVVSDTEIKA ITTNGAVVAS TDYAILLSDS LTVDGLAQD VAETLRYYQS QETVIADAVE FFKEFDFESL QNLANQIKAD SEASESSAAA AAASESKAKT SEDNAKSSEN A AKNSEVAA ETTRDQIQQI IDNAGDQSTL VVLAQPDGFD SIGRVSSFAA LRNLKPKKSG QHVLLTSYYD GWAAENKMPT GG GEFISSI GTATDDGGYI AAGPGYYWTR VVNNNSFTAE DFGCKTTATP PPNFNVLPAE LFDNTARMQA AFNLAISKSF KLN LSAGTY YFESSDTLRI TGPIHIEGRP GTVFYHNPSN KANPKTDAFM NISGCSMGRI SSINCFSNSY LGKGINFDRS VGDN RKLVL EHVYVDTFRW GFYVGEPECI NQIEFHSCRA QSNYFQGIFI ESFKEGQEYG HSAPVHFFNT ICNGNGPTSF ALGAT YKTT KNEYIKVMDS VNDVGCQAYF QGLSNVQYIG GQLSGHGSPR NTSLATITQC NSFIIYGTDL EDINGFTTDG TAITAD NID TIESNYLKDI SGAAIVVSSC LGFKIDSPHI FKIKTLSTIK LMNNTYNYEI GGFTPDEALK YNVWDANGLA TNRISGV IH PRLVNSRLGI NSVAFDNMSN KLDVSSLIHN ETSQIIGLTP STGSNVPHTR IMWSNGAMYS STDLNNGFRL NYLSNHNE P LTPMHLYNEF SVSEFGGSVT ESNALDEIKY IFIQTTYANS GDGRFIIQAL DASGSVLSSN WYSPQSFNST FPISGFVRF DVPTGAKKIR YGFVNSANYT GSLRSHFMSG FAYNKRFFLK IYAVYNDLGR YGQFEPPYSV AIDRFRVGDN TTQMPSIPAS SATDVAGVN EVINSLLASL KANGFMSS

UniProtKB: Depolymerase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMNH2C(CH2OH)3tris(hydroxymethyl)aminomethane
150.0 mMNaClsodium chloride
0.5 mMC9H15O6Ptris(2-carboxyethyl)phosphine
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 285.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot 3.5 to 4 seconds before plunging.
詳細This sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 2.56 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 81000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 462388
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7vyv:
Cryo-EM structure of Depo32, a Klebsiella phage depolymerase targets the K2 serotype K. pneumoniae

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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