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- EMDB-30882: Photosystem I from a chlorophyll d-containing cyanobacterium Acar... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30882
タイトルPhotosystem I from a chlorophyll d-containing cyanobacterium Acaryochloris marina
マップデータ
試料
  • 複合体: Photosystem I from a chlorophyll d-containing cyanobacterium Acaryochloris marina
    • タンパク質・ペプチド: x 10種
  • リガンド: x 8種
キーワードPhotosystem I / reaction center / cryo-EM / cyanobacteria / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthesis / endomembrane system / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity ...photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthesis / endomembrane system / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD ...Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaA / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I iron-sulfur center
類似検索 - 構成要素
生物種Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア) / Acaryochloris marinan MBIC11017 (バクテリア) / Acaryochloris marina MBIC 11017 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Chen JH / Zhang X
引用ジャーナル: J Integr Plant Biol / 年: 2021
タイトル: A unique photosystem I reaction center from a chlorophyll d-containing cyanobacterium Acaryochloris marina.
著者: Caihuang Xu / Qingjun Zhu / Jing-Hua Chen / Liangliang Shen / Xiaohan Yi / Zihui Huang / Wenda Wang / Min Chen / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Xing Zhang / Guangye Han /
要旨: Photosystem I (PSI) is a large protein supercomplex that catalyzes the light-dependent oxidation of plastocyanin (or cytochrome c ) and the reduction of ferredoxin. This catalytic reaction is ...Photosystem I (PSI) is a large protein supercomplex that catalyzes the light-dependent oxidation of plastocyanin (or cytochrome c ) and the reduction of ferredoxin. This catalytic reaction is realized by a transmembrane electron transfer chain consisting of primary electron donor (a special chlorophyll (Chl) pair) and electron acceptors A , A , and three Fe S clusters, F , F , and F . Here we report the PSI structure from a Chl d-dominated cyanobacterium Acaryochloris marina at 3.3 Å resolution obtained by single-particle cryo-electron microscopy. The A. marina PSI exists as a trimer with three identical monomers. Surprisingly, the structure reveals a unique composition of electron transfer chain in which the primary electron acceptor A is composed of two pheophytin a rather than Chl a found in any other well-known PSI structures. A novel subunit Psa27 is observed in the A. marina PSI structure. In addition, 77 Chls, 13 α-carotenes, two phylloquinones, three Fe-S clusters, two phosphatidyl glycerols, and one monogalactosyl-diglyceride were identified in each PSI monomer. Our results provide a structural basis for deciphering the mechanism of photosynthesis in a PSI complex with Chl d as the dominating pigments and absorbing far-red light.
履歴
登録2021年1月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月2日-
マップ公開2021年6月2日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • 原子モデル: PDB-7dwq
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  • 原子モデルPDB-7dwq
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30882.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30882.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.31 Å/pix.
x 400 pix.
= 522.8 Å		1.31 Å/pix.
x 400 pix.
= 522.8 Å		1.31 Å/pix.
x 400 pix.
= 522.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.307 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.171 / ムービー #1: 0.6
最小 - 最大-1.735202 - 5.061297
平均 (標準偏差)-0.0012252178 (±0.07993085)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 522.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3071.3071.307
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z522.800522.800522.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-1.7355.061-0.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Photosystem I from a chlorophyll d-containing cyanobacterium Acar...

全体名称: Photosystem I from a chlorophyll d-containing cyanobacterium Acaryochloris marina
要素
  • 複合体: Photosystem I from a chlorophyll d-containing cyanobacterium Acaryochloris marina
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I protein PsaD
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P740 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P740 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I protein PsaF
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I protein PsaL
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I protein Psa27
  • リガンド: CHLOROPHYLL D
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: CHLOROPHYLL D ISOMER
  • リガンド: PHEOPHYTIN A
  • リガンド: (6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta,beta-carotene
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

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超分子 #1: Photosystem I from a chlorophyll d-containing cyanobacterium Acar...

超分子名称: Photosystem I from a chlorophyll d-containing cyanobacterium Acaryochloris marina
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)

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分子 #1: Photosystem I protein PsaD

分子名称: Photosystem I protein PsaD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア) / 株: MBIC 11017
分子量理論値: 15.114146 KDa
配列文字列:
MAETLTGQTP LFGGSTGGLL SSAETEEKYA ITWTSPKQQV FEMPTGGAAV MNEGENLLYL ARKEQCLALG LRQLRTKKIM DYKIYRVLP DGSNTLLHPK DGVFPEKSNE GRAAVNSVAR SIGENPNPGA IKYTGKKAYD

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit II

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分子 #2: Photosystem I P740 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P740 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア) / 株: MBIC 11017
分子量理論値: 83.470539 KDa
配列文字列: MTTSPGGPET KGRTAEVDIN PVSASLEVAG KPGHFNKSLS KGPQTTTWIW NLHALAHDFD TQTNDLEEIS RKIFSAHFGH LSIIFVWIS GMIFHAARFS NYYAWLADPL GNKPSAHVVW PIVGQDILNA DVGNGFRGVQ ITSGLFHILR GAGMTDPGEL Y SAAIGALV ...文字列:
MTTSPGGPET KGRTAEVDIN PVSASLEVAG KPGHFNKSLS KGPQTTTWIW NLHALAHDFD TQTNDLEEIS RKIFSAHFGH LSIIFVWIS GMIFHAARFS NYYAWLADPL GNKPSAHVVW PIVGQDILNA DVGNGFRGVQ ITSGLFHILR GAGMTDPGEL Y SAAIGALV AAVVMMYAGY YHYHKKAPKL EWFQNAESTM THHLIVLLGL GNLAWTGHLI HVSLPVNKLL DSGVAPQDIP IP HEFLFDN GFMADLYPSF AQGLMPYFTL NWGAYSDFLT FKGGLDPTTG GLWMTDIAHH HLALAVMYII AGHMYRTNWG IGH SMKEIM ESHKGPFTGE GHKGLYEVLT TSWHAQLAIN LATWGSFSII VAHHMYAMPP YPYLATDYGT QLNLFVHHMW IGGF LIVGG AAHAAIFMVR DYDPAVNQNN VLDRMLRHRD TIISHLNWVC IFLGFHSFGL YIHNDNMRSL GRPQDMFSDT AIQLQ PIFS QWVQNLQANV AGTIRAPLAE GASSLAWGGD PLFVGGKVAM QHVSLGTADF MIHHIHAFQI HVTVLILIKG VLYARS SRL IPDKANLGFR FPCDGPGRGG TCQSSGWDHI FLGLFWMYNC ISIVNFHFFW KMQSDVWGAA NANGGVNYLT AGNWAQS SI TINGWLRDFL WAQSVQVINS YGSALSAYGI LFLGAHFIWA FSLMFLFSGR GYWQELIESI VWAHSKLKIA PAIQPRAM S ITQGRAVGLG HYLLGGIVTS WSFYLARILA LG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

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分子 #3: Photosystem I P740 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P740 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア) / 株: MBIC 11017
分子量理論値: 82.210555 KDa
配列文字列: MATKFPSFSQ DLAQDPTTRR IWYGIATVHD FETHDGMTEE NLYQKIFATH FGHLSIIFLW SAGHLFHVAW QGNFEQWIQD PLTIRPIAH AIWDPHLGDA ATQAFTQAGA SGPVDLCYSG LYQWWYTIGM RTNGDLYIGS VFLMIVAAVM LFAGWLHLQP K FRPSLAWF ...文字列:
MATKFPSFSQ DLAQDPTTRR IWYGIATVHD FETHDGMTEE NLYQKIFATH FGHLSIIFLW SAGHLFHVAW QGNFEQWIQD PLTIRPIAH AIWDPHLGDA ATQAFTQAGA SGPVDLCYSG LYQWWYTIGM RTNGDLYIGS VFLMIVAAVM LFAGWLHLQP K FRPSLAWF RDAESQMNHH LAVLFGASSL GWTGHLIHVA IPEARGQHVG WDNFLSTMPH PAGLAPFFTG RWGVYAQNPD TA GHIFGTS EGAGTAIITF IGGFHPQTEA LWLTDIAHHH LAIAVMYIIA GHMYRTQFGI GHSMKEILEA HTPPSGMLGD AHK GLYDTY NESLHFQLGF HLAALGVITS VVAQHMYSLP SYAFISQDHV TQAALYTHHQ YIAGILAIGA FAHGGIFFVR DYDP ERNKN NVLARALEHK EAIISHLSWV SMFSGFHTLG VYVHNDTVVA FGTPEKQILV EPIFAQWIQA AHGKLLLGFE TLLSN PNGL AYNPPNISPD VFVPGWVEAM NNPVIGPFMS QGPGDFLVHH GIAFSLHVTV LICVKGCLDA RGSKLMPDKK DFGYSF PCD GPGRGGTCDI SAWDSFYLAF FWMLNTIGWI VFYFNWKHLA IWSGNEAQFN TNSTYLMGWL RDYLWGYSAQ LINGYTP FG VNSLSVWAWI FLLGHLCWAT GFLFLISWRG YWQELIETLV WAHQRTPLAN LVTWKDKPVA LSIVQGRLVG LVHFAVGY Y VTYAAFVIGA TAPLG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

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分子 #4: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Acaryochloris marinan MBIC11017 (バクテリア)
株: MBIC 11017
分子量理論値: 8.825207 KDa
配列文字列:
MSHTVKIYDT CIGCTQCVRA CPTDVLEMVP WDGCKAGQIA SSPRTEDCVG CKRCETACPT DFLSIRVYLG AETTRSMGLA Y

UniProtKB: Photosystem I iron-sulfur center

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分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア) / 株: MBIC 11017
分子量理論値: 9.560822 KDa
配列文字列:
MVQRGSKVRI LRPESYWFRE IGTVASVDQS GIKYPVIVRF DTCNYNGISG TAAGINTNNF GVHELEEVEA PKGGKKPAAK PAAAPKAEG

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IV

+
分子 #6: Photosystem I protein PsaF

分子名称: Photosystem I protein PsaF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア) / 株: MBIC 11017
分子量理論値: 17.844621 KDa
配列文字列:
MRRLFAVLLV MTLFLGVVPP ASADIGGLVP CSESPKFQER AAKARNTTAD PNSGQKRFEM YSSALCGPED GLPRIIAGGP MRRAGDFLI PGLFFIYIAG GIGNSSRNYQ IANRKKNAKN PAMGEIIIDV PLAVSSTIAG MAWPLTAFRE LTSGELTVPD S DVTVSPR

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit III

+
分子 #7: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC 11017 (バクテリア)
株: MBIC 11017
分子量理論値: 5.900939 KDa
配列文字列:
MGDVPLKIDS EKDFMKFFST APVIALVFFT LTAGFLVELN RFFPDILFFP Y

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IX

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分子 #8: Photosystem I protein PsaL

分子名称: Photosystem I protein PsaL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC 11017 (バクテリア)
株: MBIC 11017
分子量理論値: 15.349588 KDa
配列文字列:
MTMDLVKHGG DPLVGDLATP VNSSGIVKAW INNLPAYRKG MSANARGLEI GMAHGYYLYG PFATSGPIRG TTMSLVSGVL SASAVVIVL SVAIQIYSSV SSAKPLPSVT TADPGSDFGT KEGWSAVGSG FLIGGCGGAV IAGVLSYAIA AFVG

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XI

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分子 #9: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア) / 株: MBIC 11017
分子量理論値: 3.190899 KDa
配列文字列:
MELSDLQIVI ALVVALLPAL LALNLGSALS K

+
分子 #10: Photosystem I protein Psa27

分子名称: Photosystem I protein Psa27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア) / 株: MBIC 11017
分子量理論値: 3.648337 KDa
配列文字列:
MISDILPAIM TPLVVLIGGG AAMTAFFYYV EREG

+
分子 #11: CHLOROPHYLL D

分子名称: CHLOROPHYLL D / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 76 / 式: CL7
分子量理論値: 895.462 Da
Chemical component information

ChemComp-CL7:
CHLOROPHYLL D

+
分子 #12: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE

+
分子 #13: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER

+
分子 #14: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / リン脂質*YM

+
分子 #15: CHLOROPHYLL D ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL D ISOMER / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 1 / 式: G9R
分子量理論値: 895.462 Da
Chemical component information

ChemComp-G9R:
CHLOROPHYLL D ISOMER

+
分子 #16: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 2 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A

+
分子 #17: (6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta...

分子名称: (6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta,beta-carotene
タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 13 / 式: 8CT
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-8CT:
(6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta,beta-carotene

+
分子 #18: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 1 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 47.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 2.5 µm / 倍率（補正後）: 38244 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1523356 / 詳細: raw particles
CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12) / 使用した粒子像数: 240880
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 129823 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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