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- EMDB-30823: Structure of GraFix PSI tetramer from Cyanophora paradoxa -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30823
タイトルStructure of GraFix PSI tetramer from Cyanophora paradoxa
マップデータ
試料
  • 複合体: PSI tetramer
    • タンパク質・ペプチド: x 11種
  • リガンド: x 7種
キーワードPhotosystem I / ELECTRON TRANSPORT / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


cyanelle thylakoid membrane / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity ...cyanelle thylakoid membrane / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD ...Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaA / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit II, cyanelle
類似検索 - 構成要素
生物種Cyanophora paradoxa (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Kato K / Nagao R
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure of a tetrameric photosystem I from a glaucophyte alga Cyanophora paradoxa.
著者: Koji Kato / Ryo Nagao / Yoshifumi Ueno / Makio Yokono / Takehiro Suzuki / Tian-Yi Jiang / Naoshi Dohmae / Fusamichi Akita / Seiji Akimoto / Naoyuki Miyazaki / Jian-Ren Shen /
要旨: Photosystem I (PSI) is one of the two photosystems functioning in light-energy harvesting, transfer, and electron transfer in photosynthesis. However, the oligomerization state of PSI is variable ...Photosystem I (PSI) is one of the two photosystems functioning in light-energy harvesting, transfer, and electron transfer in photosynthesis. However, the oligomerization state of PSI is variable among photosynthetic organisms. We present a 3.8-Å resolution cryo-electron microscopic structure of tetrameric PSI isolated from the glaucophyte alga Cyanophora paradoxa, which reveals differences with PSI from other organisms in subunit composition and organization. The PSI tetramer is organized in a dimer of dimers with a C2 symmetry. Unlike cyanobacterial PSI tetramers, two of the four monomers are rotated around 90°, resulting in a completely different pattern of monomer-monomer interactions. Excitation-energy transfer among chlorophylls differs significantly between Cyanophora and cyanobacterial PSI tetramers. These structural and spectroscopic features reveal characteristic interactions and excitation-energy transfer in the Cyanophora PSI tetramer, suggesting that the Cyanophora PSI could represent a turning point in the evolution of PSI from prokaryotes to eukaryotes.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Structural insights into an evolutionary turning-point of photosystem I from prokaryotes to eukaryotes
著者: Kato K / Nagao R / Ueno Y / Yokono M / Suzuki T / Jiang TY / Dohmae N / Akita F / Akimoto S / Miyazaki N / Shen JR
履歴
登録2020年12月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月16日-
マップ公開2022年2月16日-
更新2025年11月19日-
現状2025年11月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7dr2
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30823.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30823.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 266.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 412 pix.
= 450.316 Å		1.09 Å/pix.
x 412 pix.
= 450.316 Å		1.09 Å/pix.
x 412 pix.
= 450.316 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.093 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.103816226 - 0.22017008
平均 (標準偏差)0.0006426144 (±0.005867366)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ412412412
Spacing412412412
セルA=B=C: 450.316 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0931.0931.093
M x/y/z412412412
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z450.316450.316450.316
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ535455
NX/NY/NZ134138134
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS412412412
D min/max/mean-0.1040.2200.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PSI tetramer

全体名称: PSI tetramer
要素
  • 複合体: PSI tetramer
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II, cyanelle
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
超分子 #1: PSI tetramer

超分子名称: PSI tetramer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#11
由来(天然)生物種: Cyanophora paradoxa (真核生物)
分子量理論値: 1.4 MDa

+
分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Cyanophora paradoxa (真核生物)
分子量理論値: 83.397305 KDa
配列文字列: MRISPPEREA KKVKIVIDKD PVSTSFDKWA VPGHFSRTLA KGPKTTTWIW NLHADVHDFD SYTSDLEEVS RKIFSAHFGH LAVVFIWLS GAYFHGARFS NYEAWLSNPT TIKPSAQVVW PIVGQEILNG DVGGGFQGIQ ITSGLFQMWR ASGITTELQL Y VTAIGALV ...文字列:
MRISPPEREA KKVKIVIDKD PVSTSFDKWA VPGHFSRTLA KGPKTTTWIW NLHADVHDFD SYTSDLEEVS RKIFSAHFGH LAVVFIWLS GAYFHGARFS NYEAWLSNPT TIKPSAQVVW PIVGQEILNG DVGGGFQGIQ ITSGLFQMWR ASGITTELQL Y VTAIGALV MAALMLFAGW FHYHKAAPKL EWFQNAESMM NHHLGGLFGL GSLSWAGHQI HVSLPVNKLL DSGVSPQEIP LP HEFILNK DLIAQLYPSF GQGLTPFFTL NWNEYSDFLT FKGGLNPVTG GLWLSDSAHH HLAIAVLFIV AGHMYRTNWG IGH SMKEMY DSHKGPFTGE GHKGVYEIFT NSWHAQLSLN LALFGSLSII VAHHMYSMPP YPYLATDYAT SLCLFTHHVW IGGF LIVGA GAHAAIFMVR DYDPAQNYNN LVDRVLRHRD AIISHLNWVC IFLGFHSFGL YIHNDTMRAL GRPQDMFSDA AIQLQ PVFA QWVQGVNSAA AGNTAPNALA NASYAFGGDI VSVGGKVAMM PISLGTADFL VHHIHAFTIH VTVLILLKGV LFARNS RLI PDKANLGFRF PCDGPGRGGT CQVSAWDHVF LGLFWMYNSL SVVLFHFSWK MQSDVWGNVT ADGAVSHITG NNFAQGA IT INGWLRDFLW AQASQVIQSY GSALSAYGLM FLGAHFIWAF SLMFLFSGRG YWQELIESIV WAHNKLKFAP SIQPRALS I TQGRAVGVAH YLLGGIATTW SFFHARIISV G

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

+
分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Cyanophora paradoxa (真核生物)
分子量理論値: 82.316312 KDa
配列文字列: MGTKFPKASQ ALAQDPTTRR IWYGIATAND FETNDGITEE NLYQKIFASH FGHLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFEQWVKD PLNTRPIAH AISDPHFGQR AIEAFSQAGA SSPVNISYSG VYQWWYTQGM RTNEELYNGA IFLLILSALS LFAGWLHLQP K FRPNLSWF ...文字列:
MGTKFPKASQ ALAQDPTTRR IWYGIATAND FETNDGITEE NLYQKIFASH FGHLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFEQWVKD PLNTRPIAH AISDPHFGQR AIEAFSQAGA SSPVNISYSG VYQWWYTQGM RTNEELYNGA IFLLILSALS LFAGWLHLQP K FRPNLSWF KNAESRLNHH LGGLFGTSSL AWTGHIVHVA IPESRGQHVG WDNFLQVAPH PAGLQPFFTG NWGVYTENPD TA NHVFGSS DGAGTAILTF LGGFHPQTQS LWLTDIAHHH LAIAVLFIVA GHMYRTNFGI GHSIKEILNG HRPPGGRLGA GHV GLYDTV NNSLHFQLGL ALAALGVITS LVAQHMYSIP PYAYLARDFT TQAALYTHHQ YIAGFLMVGA FAHGAIFLVR DYDA EQNKN NVLARIIDHK EAIISHLSWV SLFLGFHTLG LYVHNDVVQA FGTPEKQILI EPVFAQWIQS VHGKSLYGFE VLLNN ADSI TRVAPGSAQP IWLPGWLDAI NSGNNSLFLT IGPGDFLVHH AIALGLHTTT LILVKGALDA RGSKLMPDKK DFGYSF PCD GPGRGGTCDI SAWDAFYLAV FWMLNTIGWT TFYWHWKHLG VWQGNVAQFN ESSTYLMGWF RDYLWLNSSQ LINGYNP FG MNNLSVWAWM FLFGHLIWAT GFMFLISWRG YWQELIETLV WAHERTPLAN LVRWKDKPVA LSIVQARLVG LAHFAVGY I VTYAAFLIAS TASKFG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

+
分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Cyanophora paradoxa (真核生物)
分子量理論値: 8.850221 KDa
配列文字列:
MAHTVKIYDT CIGCTQCVRA CPTDVLEMVP WDGCRANQIA SAPRTEDCVG CKRCESACPT DFLSIRVYLG AETTRSMGLG Y

UniProtKB: Photosystem I iron-sulfur center

+
分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II, cyanelle

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II, cyanelle / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cyanophora paradoxa (真核生物)
分子量理論値: 23.693258 KDa
配列文字列: MNAFVASVAP IAVAGSATLS SAVCAQKKAF FGAQVAAKKT TFEAAPARFI VRAEEEEAAP AEKVEKKAAA PKPFSVPTLN LNAPTPIFG GSTGGLLRKA EVEEFYSITW TGKSETVFEL PTGGAAIMRA GENLLRLARK EQCIALGAQL KDKFKITDYK I YRVYPSGE ...文字列:
MNAFVASVAP IAVAGSATLS SAVCAQKKAF FGAQVAAKKT TFEAAPARFI VRAEEEEAAP AEKVEKKAAA PKPFSVPTLN LNAPTPIFG GSTGGLLRKA EVEEFYSITW TGKSETVFEL PTGGAAIMRA GENLLRLARK EQCIALGAQL KDKFKITDYK I YRVYPSGE VQFLHPKDGV FPEKVNPGRV AVGSNKRRIG QNPDPAKLKF KGQETFDSDL KL

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit II, cyanelle

+
分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cyanophora paradoxa (真核生物)
分子量理論値: 8.058164 KDa
配列文字列:
MVQRGSKVRI LRKESYWYQE IGTVASIDQS GIKYPVIVRF EKVNYSNVNS NNFSLDEVVE VEPPPSKKKA

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IV

+
分子 #6: Photosystem I reaction center subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cyanophora paradoxa (真核生物)
分子量理論値: 20.697777 KDa
配列文字列:
MRKLFLLMFC LSGLILTTDI RPVRADVAGL IPCSQSDAFE RRLKNTTQRL ENRLKKYEPG SAPAEALQKQ IDKTQQRFDK YRNSGLLCG ADGLPHLITD GRWSHAGEFT IPGLLFLYIA GFIGWSGRSY LQAVAASDNS TEKEIIIDIP VALQSVSKGF V WPLAALQE FSSGKLTARD EEITISPR

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit III

+
分子 #7: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cyanophora paradoxa (真核生物)
分子量理論値: 3.77262 KDa
配列文字列:
MVSNLPSILV PMVGIVLPAI VMALLFVYIE TDEIA

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VIII

+
分子 #8: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cyanophora paradoxa (真核生物)
分子量理論値: 4.483274 KDa
配列文字列:
MSFSKYLSTA PVIGTLTAFF LAGLLIEINR FNPDLLVYPF

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IX

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1

分子名称: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cyanophora paradoxa (真核生物)
分子量理論値: 15.704348 KDa
配列文字列:
MAFVAPAPLA PARKFDAAQA RNVCIRGAAV RPAAKPAAQP AVSFEVEAAD KKAKFVAAAS VASAIFLAHT GAAHAAEMVP VIAGAMTQS VGEAAEKSFV MLASVLFAGA VGGPGIKMKG QGPAWPFNAQ IPFTPSEFLA VTALGHIIGT GVILGIGL

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit XI

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cyanophora paradoxa (真核生物)
分子量理論値: 15.376591 KDa
配列文字列:
MAKDAVKPFY DDAFIGHLST PISNSSAVNG LLANLPAYRK GLTPRLRGLE IGMAHGYFLT GPFVELGPLR NTDGGILYGS LSAVGLVVI LTACLALYGK ANFSGSSKSK DATLWESGEG WSDFVSGWLI GGAGSVGFAY LLLQYIL

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cyanophora paradoxa (真核生物)
分子量理論値: 3.334065 KDa
配列文字列:
MLADGQIFTA LAVALVPGIL ALRLALELYK F

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XII

+
分子 #12: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 4 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

+
分子 #13: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 326 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #14: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 8 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE

+
分子 #15: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 76 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE

+
分子 #16: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 8 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / リン脂質*YM

+
分子 #17: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 12 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER

+
分子 #18: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 4 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.048 mg/mL
緩衝液pH: 6.5 / 構成要素:
濃度式
50.0 mMMES-NaOH
0.03 %DDM
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 723316
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.18) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: De novo generation
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 40679
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7dr2:
Structure of GraFix PSI tetramer from Cyanophora paradoxa

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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